對于張盛藻的這份上疏，由兩宮皇太后和奕訢所主導(dǎo)之下的清廷在剛開始并不是一味駁斥，而是以溫婉的口氣予以解釋，并曉之以大義。在明發(fā)的上諭中，皇帝明確駁斥道：“朝廷設(shè)立同文館取用正途學(xué)習(xí)，原以天文、算學(xué)為儒者所當(dāng)知，不得目為機(jī)巧，正途人員用心較精，則學(xué)習(xí)自易，亦于讀書學(xué)道，無所偏廢，是以派令徐繼畬總管其事，以責(zé)專成，不過借西法以引證中法，并非舍圣道而入歧途，何至有礙于人心士習(xí)？”[《籌辦夷務(wù)始末》（同治朝），上海古籍出版社，2008年1月第1版]

也許是看到了朝廷對于張盛藻的態(tài)度并不嚴(yán)厲，另一位反對派的重量級人物、理學(xué)大師、同治帝的師傅大學(xué)士倭仁便親自出馬上陣了。

在同治六年二月十五日（1867年3月20日）和三月初八日（4月12日），倭仁先后兩次上疏，先是要求“廢止同文館取正途學(xué)習(xí)”，之后更是變本加厲地要求“同文館以不行為是”，公開主張終止同文館的運(yùn)作。

倭仁的這兩道上疏尤以第一疏最為“慷慨激烈，義正詞嚴(yán)”——

天文、算學(xué)為益甚微，西人教習(xí)正途，所損甚大。竊聞立國之道，尚禮儀不尚權(quán)謀；根本之圖，在人心不在技藝。今求之一藝之末，而又奉夷人為師，無論夷人詭譎未必傳其精巧，即使教者誠教，學(xué)者誠學(xué)，所成就者不過術(shù)數(shù)之士，古往今來未聞有恃術(shù)數(shù)而能起衰振弱者也。天下之大，不患無才。如以天文、算學(xué)必須講習(xí)，博采旁求，必有精其術(shù)者，何必夷人，何必師事夷人？且夷人吾仇也。倘延夷人為師，禍患無窮，甚至亡國滅種。（見上書）

面對保守派的詰責(zé)，奕訢等人轉(zhuǎn)變態(tài)度，開始奮起反駁倭仁為代表的愚昧落后的觀點(diǎn)。奕訢批評倭仁的議論雖然“陳義甚高，持論甚正”，但終不過是“空談道義、好為爭辯”而已。

在給皇帝的上疏中，奕訢反守為攻，在表明了這些年來為中國尋求自強(qiáng)之路的心跡之后，他開始將倭仁的軍——

該大學(xué)士既以此舉為窒礙，自必別有良圖。如果實(shí)有妙策，可以制外國而不為外國所制，臣等自當(dāng)追隨該大學(xué)士之后，竭其昧悉心商辦，用示和衷共濟(jì)，上慰宸廑。如別無良策，僅以忠信為甲胄、禮義為干櫓等詞，謂可折沖樽俎，足以制敵之命，臣等實(shí)未敢信。（見上書）