據事后了解，確系日本外務省又有異議，電令刪改。因田中雖兼外務首相，而由政務次官森恪操實權。森恪出身于三井財閥，系三井財團一流人物。田中侵華政策，有其在后撐腰。加之其對于外交又非內行，又有點眾議員野性，對于其在外代表的立場，不假思索，故出此輕率之舉。芳澤自知理虧，甘受王正廷之嚴厲斥責而不加多辯。此后數(shù)日，中方鄙之不屑為對手，芳澤就在上海寓所借酒澆愁。一天周龍光去訪他，芳澤一籌莫展，最后舉杯向周龍光說：“哎！周先生，我真想跳黃浦江去！”說完連連搖頭。

交涉再三發(fā)生變化。以后改為周龍光與日本駐滬總領事重光葵秘密會談。到由外交部長王正廷和日本公使芳澤謙吉終于簽訂協(xié)定，則是翌年3月28日的事了。協(xié)定沒有追究任何一方的軍事責任，而只決定了：一、自簽訂日起兩個月內，日軍在山東的駐軍全部撤退。二、雙方損害，共同組織調查委員會另行調查等項。

中國外交官蔡公時之被殘殺，不再追究，賠償損失問題實際也予以擱置。這是由于中國方面片面讓步而告終結。然而，“濟南慘案”在中國民眾中，無疑是一把烈火，抗日情緒燃遍了全國每一角落。在日本，則敞開了軍閥專橫干政的大門。同時，這更是在日本昭和時期將中日關系攪拌上火藥、涂滿了鮮血的最初一個記號。