接到李大釗寄來的《青春》，陳獨秀一氣讀完，深深為李大釗的浩然正氣所觸動，陳獨秀忽又想起章士釗對李大釗的評價：“才不如識，識不如德”。他嘴角不禁浮起一絲笑意，自言自語道：“守常（編者按：指李大釗，下同）其文如其人?。　?/p>

正如陳獨秀所料，《青年雜志》影響迅速擴大開來，但是樹大招風(fēng)，康有為于9月20日發(fā)表致總統(tǒng)總理書，主張“以孔子為大教，納入憲法”。這顯然與《新青年》所主張的革新思想是格格不入的。

陳獨秀針鋒相對，在10月1日出版的《新青年》第2卷2號上，他提出學(xué)習(xí)西洋文明的主張，認(rèn)為“不必遠(yuǎn)道乞靈于孔教”，掀起了打倒孔家店的文學(xué)革命風(fēng)潮。此后，《新青年》的影響繼續(xù)擴大，在國內(nèi)有發(fā)行處74處，國外已發(fā)行到新加坡。

1917年1月4日，蔡元培任北京大學(xué)校長。隨即，他向教育部請示派陳獨秀為北京大學(xué)文科學(xué)長。陳獨秀就任文科學(xué)長，在北京大學(xué)校園里一時議論紛紛，贊同與貶斥沸沸揚揚，引發(fā)了一陣風(fēng)波。風(fēng)波平息下去后，陳獨秀住到北池子箭桿胡同9號（今20號），《新青年》編輯部同時搬到了北京。

1917年1月底，陳獨秀為繼續(xù)倡導(dǎo)文學(xué)革命，響應(yīng)胡適《文學(xué)改良芻議》一文，寫了《文學(xué)革命論》：“余甘冒全國學(xué)究之?dāng)常邚垺膶W(xué)革命軍’大旗，以為吾友之聲援。旗上大書特書吾革命軍三大主義，曰，推翻雕琢的阿諛的貴族文學(xué)，建設(shè)平易的抒情的國民文學(xué)；曰，推倒陳腐的鋪張的古典文學(xué)，建設(shè)新鮮的立誠的寫實文學(xué)；曰，推倒迂晦的艱澀的山林文學(xué)，建設(shè)明暸的通俗的社會文學(xué)?！苯Y(jié)尾，他豪氣干云地宣稱：“予愿拖四十二生的大炮，為之前驅(qū)！”

陳獨秀始終高舉“民主”和“科學(xué)”兩面旗幟，活躍在批判封建主義的最前線。《新青年》直接發(fā)起了新文化運動，并推動它在全國的發(fā)展，為馬克思主義在上海乃至全國的傳播準(zhǔn)備了條件。1919年6月，陳獨秀因為散發(fā)《北京市民宣言》遭到反動政府逮捕，在監(jiān)獄中關(guān)押了98天才被釋放。這期間陳獨秀受李大釗的影響，思想慢慢發(fā)生轉(zhuǎn)變，逐漸向馬克思主義者轉(zhuǎn)變。