周恩來還籌建了一支特種革命隊伍——大元帥府鐵甲車隊。這實際上是中國共產(chǎn)黨直接領(lǐng)導(dǎo)下的第一支革命軍隊。后來，這支隊伍擴(kuò)建成為國民革命軍第四軍獨立團(tuán)，成為北伐軍的先鋒。

1925年，革命軍進(jìn)行了兩次東征，周恩來都是政治部的領(lǐng)導(dǎo)人。他規(guī)定了“不拉夫，不籌餉，不強(qiáng)占民房，不用軍用券”等。東征軍紀(jì)律嚴(yán)明，雞犬不驚，當(dāng)時曾有“莫走人家取門板，莫拆民房搬磚石，莫踏禾苗壞田產(chǎn)，莫打民間鴨和雞”的《愛民歌》?！案锩娝街?，人民樂于貿(mào)易，自愿幫助運輸并代做偵探工作，所以作戰(zhàn)順利，一戰(zhàn)而克服東江，此乃中國軍隊第一次戰(zhàn)時政治工作之成績。”

在東征中，周恩來不僅取得了政治部工作的實踐經(jīng)驗，而且有了軍事指揮、后方勤務(wù)和地方行政工作的實踐。

第一次東征中，他參加了進(jìn)攻淡水之役。淡水是一個地勢險要、易守難攻的城池，陳炯明部約4？000人守城。蔣介石、周恩來等聽葉劍英匯報了敵情和作戰(zhàn)方案，詳細(xì)商定了攻城計劃。2月13日發(fā)起攻擊，周恩來和各級黨代表鼓勵學(xué)生軍奮勇戰(zhàn)斗，協(xié)同粵軍第二師占領(lǐng)了淡水。第二次東征中，周恩來參與指揮了攻打惠州城的戰(zhàn)役。在戰(zhàn)爭的關(guān)鍵時刻，他命令蔣先云組織以共產(chǎn)黨員和共青團(tuán)員為骨干的敢死隊強(qiáng)行登城?；葜莨タ?，取得了這次東征的決定性勝利。接著，他又與何應(yīng)欽率第一師攻占海豐，同陳炯明部近萬人決戰(zhàn)于華陽、河婆一帶，全殲敵中路主力。陳炯明殘部退入福建，東征軍入閩追殲，周恩來留在汕頭主持后方工作。東征勝利結(jié)束后，他受命行政主要職務(wù)。他幫助地方建立政黨、政權(quán)和工會、農(nóng)會等組織，擴(kuò)大了軍隊的群眾基礎(chǔ)。

在兩次東征之間，廣州發(fā)生了著名的沙基慘案。6月23日，為了聲援“五卅”后上海工人的斗爭，從香港返回廣州的罷工工人和廣州的工人、農(nóng)民、士兵、學(xué)生10萬人游行示威，經(jīng)過沙面租界對岸的沙基村時，遭到英、法等國的武裝鎮(zhèn)壓，死50余人，重傷170多人。周恩來參加了群眾游行隊伍，3個人一排行進(jìn)，機(jī)關(guān)槍掃射過來，他兩邊的人都中彈身亡，他得以幸免。這是他回國后領(lǐng)導(dǎo)群眾斗爭遇到的第一次險情。他總是勇于站在斗爭的第一線。

1926年12月，周恩來離開廣東到上海，任中共中央組織部秘書和中央軍委委員，次年2月，任中共上海區(qū)委軍委書記。

2月23日，中共中央、中共上海區(qū)委舉行聯(lián)席會議，決定成立特別委員會，由陳獨秀、羅亦農(nóng)、趙世炎、何松林（汪壽華）、尹寬、彭述之、周恩來、蕭子璋組成，并決定成立以周恩來為首的特別軍委，準(zhǔn)備進(jìn)行上海工人第三次武裝起義。武裝起義發(fā)動時，周恩來擔(dān)任了總指揮。

北洋軍閥駐在上海的，是畢庶澄部，約3？000人，加上當(dāng)?shù)鼐旃?？000人左右，兵力不強(qiáng)，軍心不穩(wěn)。這對于舉行起義是有利的。陳獨秀作為中共中央總書記、特委負(fù)責(zé)人，對于這次起義是積極的，對組織起義也提出過正確的意見。但是他不主張組織和訓(xùn)練工人的武裝隊伍。周恩來不同，他認(rèn)為敵人部隊對我們能起多大作用，這取決于我們對工人的武裝程度，取決于工人擁有的力量。他重視“自己的準(zhǔn)備”，“糾察隊、自衛(wèi)團(tuán)都有規(guī)定特別工作”，“并加暴動起來奪取武裝”。周恩來根據(jù)特別軍委的討論，提出了軍事工作的綱領(lǐng)性計劃，包括建立領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，組織武裝力量，加強(qiáng)隊伍訓(xùn)練，準(zhǔn)備武器，搜集情報，并且加強(qiáng)敵軍工作，核心是建立一支由中共直接領(lǐng)導(dǎo)的有戰(zhàn)斗力的武裝隊伍，成為武裝起義的主力。他們組織了糾察隊2？300人，赤衛(wèi)隊800多人，特別隊數(shù)百人。周恩來親自到各訓(xùn)練地點作政治報告并進(jìn)行軍事訓(xùn)練。