在那是非顛倒、黑白混淆的年代里，周恩來殫精竭慮，努力保護他所能保護的黨內(nèi)外干部。他以高超巧妙的斗爭藝術保護許多人過關，使他們在驚心動魄的風浪里得到安全。

江青背著中央一線的領導同志，策劃了評《海瑞罷官》，全國學術界一片嘩然，周恩來也措手不及

1966年春，正當周恩來以很大的精力投入領導北方八省抗旱的時候，他沒有想到，一場席卷全國的政治大風暴正在悄悄地襲來。這就是持續(xù)達十年之久的“無產(chǎn)階級文化大革命”。

周恩來和其他中央“一線”領導人一樣，對毛澤東一如既往地敬重和服從。長期以來經(jīng)歷的風風雨雨，使他們對毛澤東重大決策的正確性深信不疑，認為他總是比自己看得更遠些，更深刻些。即便在某些問題上有不同看法，最后還是照毛澤東的主張去做，并且努力去理解和跟上他。

1965年9月30日，周恩來在人民大會堂宴會廳主持盛大招待會，隆重慶祝中華人民共和國成立16周年。毛澤東、劉少奇、宋慶齡、董必武、朱德、鄧小平等都出席了。招待會上，周恩來致詞說：

在過去的一年中，中國人民在社會主義革命和社會主義建設各個戰(zhàn)線上取得了新的偉大成就，我國的工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)出現(xiàn)了新的全面高漲，我國國民經(jīng)濟進入了一個新發(fā)展時期?，F(xiàn)在，我國人民展望著無限美好的未來，正在滿懷信心地迎接將要在1966年開始的第三個五年計劃。

顯然，這時周恩來的注意力，依然集中在經(jīng)過幾年調(diào)整后已見成效的經(jīng)濟建設上。

然而，只隔一個月，“文化大革命”的導火索已點燃了。11月10日，上?！段膮R報》突然發(fā)表姚文元的《評新編歷史劇〈海瑞罷官〉》，對北京市副市長、著名歷史學家吳晗進行嚴厲的政治批判。這件事震動了全國。

由江青等一手組織策劃的這篇文章，發(fā)表前有意隱瞞了中央“一線”領導人。周恩來事先對這件事一無所知。江青后來說，他們?yōu)榇恕皳撕艽蟮娘L險”，“保密了七八個月”。

文章發(fā)表后，在學術理論界引起普遍的反對。但由于它得到毛澤東的支持，11月30日，在拖延20天后，《人民日報》奉命轉載，把它登在“學術研究”欄內(nèi)。同時發(fā)表經(jīng)周恩來、彭真修改審訂的“編者按”，其中多處強調(diào)黨對科學和藝術工作一貫倡導的“百花齊放”、“百家爭鳴”的方針?！熬幷甙础敝兄赋觯骸拔覀兿Ｍㄟ^這次辯論，能夠進一步發(fā)展各種意見之間的相互爭論和相互批評。我們的方針是：既容許批評的自由，也容許反批評的自由；對于錯誤的意見，我們也采取說理的方法，實事求是，以理服人?！睂顷?，周恩來是有長期了解的，他力圖把問題放在學術討論的范圍內(nèi)，避免導致一場政治批判。

但問題沒有到此罷休。不久，又把《海瑞罷官》同1959年廬山會議“聯(lián)系”起來?？瞪岢鲈搫〉囊κ恰傲T官”，是為彭德懷鳴不平。他的說法得到毛澤東的認可。吳晗和《海瑞罷官》的性質，變得越來越嚴重了。

1966年2月6日，周恩來和在北京主持中央日常工作的劉少奇、鄧小平等，聽取以彭真為首的文化革命五人小組關于當前學術討論的匯報，并同意彭真的意見，即：吳晗問題是學術問題而不是政治問題，吳晗和彭德懷沒有任何聯(lián)系，在學術問題上要堅持“百花齊放”、“百家爭鳴”的方針。2月8日，彭真等趕到武漢，向毛澤東匯報經(jīng)中央政治局常委同意的《匯報提綱》。毛澤東對《匯報提綱》沒有表示反對。2月12日，中共中央正式批轉了《文化革命五人小組關于當前學術討論的匯報提綱》。

彭真對吳晗的保護，使毛澤東更加深了對彭真主持下的中共北京市委是“針插不進”、“水潑不進”的“獨立王國”的印象。在打倒羅瑞卿、陸定一、楊尚昆時，毛澤東也已下定打倒彭真的決心。

周恩來沒有立刻意識到問題的嚴重程度。幾乎和毛澤東在武漢聽取彭真匯報的同時，周恩來在外交部召開的第四次駐外使節(jié)會議上講話，充分肯定彭真提出的“要樹立一個新的外交風格”的建議。在另外的場合他還表示：今年中央要好好抓農(nóng)業(yè)，我也準備下去。

3月12日，即將離京赴河北一些地區(qū)進行為期一個月調(diào)查的周恩來寫信給劉少奇、彭真等，提出：在劉少奇、陳毅等出國訪問期間，可將中央掌管的外交、國防工作交彭真負責，并說：“需要我回京時，請彭真同志給我打電話，隨告隨到?！敝芏鱽磉€向一個外國黨的領導人說過，我是得到中央的批準，常常想到農(nóng)村、地方上去看看。但是，在北京的中央同志現(xiàn)在不多，所以，我跟彭真同志訂了個協(xié)定，一旦有重要的事情，他打電話要我回來，我馬上回來。在場的彭真插話說：“總理在家，我們比較享福一點?！?

面對日益嚴重的“階級斗爭”問題，周恩來不得不中斷正常的生產(chǎn)指揮工作，來應付日益增多的政治活動

1966年3月中旬起，離京不久的周恩來不得不中斷他正在抓的華北農(nóng)業(yè)工作，開始頻繁地出席中央會議，討論愈來愈嚴重的“階級斗爭”形勢。

3月17日-20日，毛澤東在杭州召開中央政治局常委擴大會議，研究進一步開展學術界、教育界的政治批判。周恩來從天津回北京后，18日趕到杭州出席會議。劉少奇、鄧小平、彭真等也到會。會上，毛澤東提出全國都要開展廣泛的階級斗爭，包括教育、出版、報紙、文藝、電影、戲劇等各個方面。同時，毛澤東還批評中宣部在當前學術批判中沒有支持“左派”，是在壓制“左派”。