糧船按照所屬省份，分為江蘇、浙江、江西、安徽、湖廣、河南、山東諸幫，每一幫又按照該省的地區(qū)，分成若干個分幫。各幫隸屬于某一衛(wèi)所，如蘇松衛(wèi)、杭州衛(wèi)、金衢衛(wèi)等。幫一般與所屬的衛(wèi)所名稱相一致，如稱江西衛(wèi)四十幫、江安衛(wèi)五十二幫。也有直接稱幫名的，如淮泗總幫、興武六幫、嘉白總幫等。每幫有糧船二三十到五六十艘，清代后期全國共有漕船118幫，6283艘糧船，每船以10-12丁配運，需要大量的糧船水手。

清廷為了保證漕運的順利進行，專門設有各級官員進行管理，其名稱亦沿襲明制，即設立漕運總督，駐在江蘇，既有行政權，又有帶兵權。其下設有漕標副將一員，管轄直隸、山東、江南、江西、湖北、湖南等省的衛(wèi)所。每個衛(wèi)所設守備一員，每個幫設千總一員，俗稱“運弁”，每只船設有旗丁一名，又稱“運丁”。在漕運改為民運以后，每船由運丁一名領運，由他雇覓水手若干名。這樣，每年就需要領運六七千人，雇募水手、舵工五六萬人。另外，還要有專門拉纖的纖夫，所以合計人數(shù)約在10萬以上。這些水手、舵工大多來自山東、直隸一帶。康熙年間，每只漕船有運丁一名，其余九名以諳熟駕馭的水手充任。雍正二年，清軍綠旗各省衛(wèi)所被裁撤，漕運的衛(wèi)所雖然仍予以保留，但因運丁可以雇傭水手充任，所以衛(wèi)所運丁的軍籍與被雇傭充任水手的民籍之間，已經不再有實質性差別。

這樣，漕運水手行幫，在性質上也從原來屬于衛(wèi)所的軍事性組織，演化為具有手工業(yè)行會性質的勞動組織。以前漕船上的運丁是由國家僉派，享有各項津貼，包括行糧、月糧及船只修繕費；免稅攜帶的“土宜”及分派的屯田。而受雇于運丁的舵工水手，則依靠工錢為生。他們的收入微薄，清代前期，嘉白等幫水手，在重運時，頭工給工價銀六兩五錢，舵工給銀五兩二錢，水手給銀四兩?；乜諘r，舵工給銀一兩七錢，水手一兩三錢。按照雍正年間的物價計算，糧船由南到北往返一次，水手、舵工、頭工所得銀兩，僅能購買米五至七石。