他與斯內(nèi)普的相看兩厭是在一年級的第一堂魔藥課后開始的。上課前他感到斯內(nèi)普只是不太喜歡他，第一堂課后，他才知道“斯內(nèi)普教授不是不喜歡他，而是恨他”。課上，斯內(nèi)普總是找盡各種理由故意刁難他、侮辱他、譏笑他，并借機(jī)扣除格蘭芬多學(xué)院分，他對斯內(nèi)普“特別不講理”的作風(fēng)憤恨非常。出于馬爾福的一再挑釁，他與羅恩同意了其要求單獨(dú)決斗的挑戰(zhàn)，當(dāng)他們打算在深夜十一點(diǎn)半偷偷溜到獎品陳列室時，卻在公共休息室遇到了尚與他們不熟悉的赫敏。赫敏極力阻止他們違反校規(guī)，并跟隨他們一起爬出休息室。由于出了點(diǎn)小情況，赫敏與在休息室外露宿的納威都無法返回休息室，無奈之下，哈利與羅恩只得罵罵咧咧地任由赫敏和納威跟著前往獎品陳列室。很快地，他們發(fā)現(xiàn)馬爾福的決斗邀請不過是個引誘他們被費(fèi)爾奇逮住的計劃。為了躲避費(fèi)爾奇，他們誤闖進(jìn)四樓曾被鄧布利多明令禁止入內(nèi)的走廊，并在那里發(fā)現(xiàn)了三個頭的大狗路威和一個被它看守住的活板門，在大狗震耳欲聾的咆哮聲中，他與伙伴們冒著隨時被費(fèi)爾奇逮住的危險飛速逃離了這條可怕的走廊。

經(jīng)此一劫，赫敏與哈利、羅恩的關(guān)系變得更加糟糕，她似乎已經(jīng)不打算再和他們說話了。在一段時間里哈利為終于能擺脫赫敏這個“一向自以為是、喜歡發(fā)號施令”的麻煩人物感到高興。然而在萬圣節(jié)前夕，當(dāng)羅恩對他說“她簡直就像一個噩夢”卻被赫敏聽到后，他們命運(yùn)的軌跡便開始與赫敏的緊密交纏在一起。由于羅恩毫不留情的評價，高傲的赫敏躲進(jìn)了女廁所偷偷哭泣，她并不知道奇洛曾一頭沖進(jìn)禮堂告知全校師生巨怪被放出來的消息，也不知道鄧布利多已下令各學(xué)院級長迅速帶學(xué)生返回宿舍，她的處境相當(dāng)危險，哈利與羅恩都覺得必須要對赫敏負(fù)責(zé)。于是他們悄悄離隊搭救赫敏，稀里糊涂中，他們卻把赫敏與巨怪鎖在了一起，在經(jīng)過一番置生死于度外的搏斗和互相拯救后，赫敏·格蘭杰終于成了他與羅恩最要好且最可以信賴的朋友。在未來七年甚至往后更多的時間里，她成了他們這個三人組的智囊，她憑借著自己聰穎非常的頭腦與他們一起赴湯蹈火、生死與共。

斯內(nèi)普無緣無故受傷的腿引起了三人組的注意，同時他們也從說漏嘴的海格口中獲知一個叫尼可·勒梅的人與這件事情有著密切聯(lián)系。赫敏查出了尼可與能使人長生不老的魔法石有關(guān)，當(dāng)赫敏推斷出海格奉鄧布利多之命神神秘秘地從古靈閣帶走的小包就是魔法石且路威守護(hù)的活板門下便是魔法石藏匿點(diǎn)后，哈利也發(fā)現(xiàn)了斯內(nèi)普要挾奇洛、計劃突破活板門搶奪魔法石、企圖幫助伏地魔復(fù)活的陰謀。他與兩個伙伴迅速行動，在入夜后披上父親的隱身斗篷趕赴路威守護(hù)的活板門。在那兒，他們發(fā)現(xiàn)活板門已被突破，而那條三只頭的大狗還在傻乎乎地“三個鼻子全朝著他們這邊瘋狂地抽動、嗅吸”。當(dāng)他與伙伴們各顯其能地設(shè)法突破重重障礙、傷痕累累地站在最后一個房門前時，為了保護(hù)自己最好的朋友，哈利一口氣把魔藥喝光并穿過了黑色火焰。在最后一個房間里，哈利發(fā)現(xiàn)自己原來一直錯怪了斯內(nèi)普，站在魔鏡面前的是面色蒼白、看起來非常脆弱且說話結(jié)結(jié)巴巴的奇洛教授。奇洛講述了自己是怎樣聽從伏地魔的命令放出巨怪、給哈利的掃帚施咒以及自己在被斯內(nèi)普懷疑后受到警告和要挾的所有事情，他告訴哈利，斯內(nèi)普憎恨其父親，并向哈利灌輸伏地魔“世界上沒有什么善惡是非，只有權(quán)力，還有那些無法獲取權(quán)勢的無能之輩”的偏激思想。隨后，他要求哈利站在魔鏡前把看到的一切告訴他，就在這一瞬間，魔法石悄無聲息地落到了哈利的口袋里。在奇洛的逼供下，他鼓起勇氣胡編亂造謊言希望蒙混過關(guān)，心浮氣躁的奇洛聽從了身體里另一個聲音的命令，他解下頭上的圍巾，在奇洛裸露且小得出奇的后腦勺，哈利生平第一次驚恐地與伏地魔對峙。面對伏地魔惡狠狠地?fù)寠Z，他大聲喊叫著“休想”，頓時他的傷疤“鉆心地疼起來”，疼得“腦袋仿佛要裂成兩半了”。他死死抓住奇洛的手臂，把奇洛痛得無法施咒，在強(qiáng)烈的眩暈下，他聽到伏地魔“殺死他！殺死他！”的咆哮，他感到奇洛的手臂掙脫了他，他感到一切都完了，隨后他陷入了昏迷。

然而，魔法石最終并沒有被奇洛奪走，聞訊而至的鄧布利多制伏了奇洛并奪下魔法石，伏地魔以那副生不如死的姿態(tài)再次潛逃，魔法石被銷毀；哈利成功地幫助鄧布利多拖延了時間。在龐弗雷夫人的病房里，鄧布利多向他解釋了伏地魔不能碰他的原因：因?yàn)槟赣H出于對他強(qiáng)烈的愛，為了保護(hù)他而死，并且她在哈利身上留下了一個看不見的印記，使世上所有邪惡的事物都無法傷害他。隨后，他還從鄧布利多口中獲知父親詹姆與斯內(nèi)普的一段往事，并得知詹姆曾救過斯內(nèi)普的命，鄧布利多告訴哈利，為了還清這份人情，斯內(nèi)普整個學(xué)期都在想方設(shè)法保護(hù)他。哈利與羅恩、赫敏的這段冒險經(jīng)歷不知不覺為全校師生所了解，他也因?yàn)槠洹按鬅o畏的膽量和過人的勇氣”，為格蘭芬多學(xué)院分贏得了當(dāng)之無愧的六十分。

哈利的第一個學(xué)年便在贏得學(xué)院杯的喝彩中轟轟烈烈拉下帷幕，接下來，他不得不返回德思禮家度過漫長的暑假。在二年級開學(xué)之初，一個穿著舊枕套、長著兩只蝙蝠似的大耳朵和一對網(wǎng)球般大小的綠眼睛小怪物憑空出現(xiàn)在他臥室的床上，他自稱多比，是個家養(yǎng)小精靈。他一邊以各種方式折磨著自己，一邊向哈利透露今年霍格沃茨將會發(fā)生可怕的事情，他勸誡哈利放棄上學(xué)，遭到拒絕后，多比使用懸停魔法把佩妮姨媽的廚房摔得一塌糊涂，隨后，送來魔法部警告信函的貓頭鷹把弗農(nóng)姨父的客人嚇得魂飛魄散。當(dāng)?shù)滤级Y一家獲悉未成年的他無法在校外使用魔法、他們不會一覺醒來變成蝙蝠后，哈利失去了唯一的武器，他立刻被弗農(nóng)姨父鎖進(jìn)臥室，并在窗戶上安滿鐵條，弗農(nóng)姨父告訴他“你永遠(yuǎn)別想回那個學(xué)?！?。

多比的意圖似乎達(dá)到了，但他懷疑自己很有可能會被德思禮一家餓死：他被關(guān)在房間里，每天只能喝一碗連海德薇都不屑一顧的冷罐頭湯。他深夜躺在黑漆漆的臥室里，筋疲力盡，饑腸轆轆，睡得迷迷糊糊，已經(jīng)沒有精力考慮是否會被霍格沃茨開除的問題了。朦朧中，他看見羅恩連同他的雙胞胎哥哥弗雷德和喬治開著韋斯萊先生改造過的飛天汽車停在他二樓臥室的窗前，在弗農(nóng)姨父的鼻子底下，他們不管不顧地把哈利救出女貞路4號，并把他帶到了韋斯萊家—陋居。在這里，哈利再次看到了和善的韋斯萊夫婦以及害羞得出奇的金妮和依舊喜歡裝模作樣的珀西。當(dāng)他認(rèn)為小精靈多比的警告完全是馬爾福阻止他上學(xué)的惡作劇后，他放心地收拾行裝準(zhǔn)備開學(xué)。然而，莫名其妙封上的通往九又四分之三站臺的通道把他與羅恩堵在外面，他們錯過了火車，最后他只得坐在羅恩身邊，聽?wèi){羅恩駕駛韋斯萊先生的飛天汽車飛往霍格沃茨。當(dāng)韋斯萊先生的汽車“帶著遍體的傷痕和大坑，冒著蒸汽，隆隆駛進(jìn)黑暗中”后，他們被摔在校外。遲到、乘飛車張揚(yáng)返校還被麻瓜們看到、損害打人柳再加上斯內(nèi)普的挑唆，哈利認(rèn)為自己這次肯定要被開除了，但他與羅恩得到的懲罰卻僅僅是校長親自給家里寫信，看著斯內(nèi)普“就好像是聽說圣誕節(jié)被取消了”的表情，他簡直不敢相信自己竟能這么走運(yùn)。然而他的好運(yùn)并沒有維持多久，很快地，他被一個總愛把自己打扮得花里胡哨、認(rèn)為全世界都瘋狂希望得到自己簽名照的家伙盯上了，更糟糕的是，那家伙還是他的新黑魔法防御術(shù)課老師。當(dāng)洛哈特認(rèn)為哈利開汽車飛到學(xué)校是為了大出風(fēng)頭后，他只能可憐巴巴地在城堡里到處躲躲藏藏。在一次被迫與洛哈特相處的過程中，他突然聽到一個“令人毛骨悚然、呼吸停止、冰冷惡毒的說話聲”，而在一旁的洛哈特顯然沒有聽見。隨后，他與羅恩、赫敏一同參加忌辰晚會，那個“冷冰冰的、殺氣騰騰的”神秘聲音再度出現(xiàn)，而一旁的伙伴們也同樣沒有聽見。聲音過后，他們在一條空蕩蕩的走廊里發(fā)現(xiàn)了被石化的洛麗絲夫人—管理員費(fèi)爾奇的貓，以及一行猩紅的字—“密室被打開了，與繼承人為敵者，警惕”。

洛麗絲夫人的遭遇在學(xué)校里掀起一場不小的恐慌，從魔法史老師口中哈利得知，密室不過是霍格沃茨眾多傳說中的一個。傳說中，它是由霍格沃茨的創(chuàng)始人之一薩拉查·斯萊特林秘密建造，用來放置某種只有斯萊特林的繼承人才能控制的怪獸，密室也只有斯萊特林的繼承人才能開啟。神秘聲音繼續(xù)出現(xiàn)，這一次遭難的是崇拜哈利的科林·克里維。多比也再次出現(xiàn)，他告訴哈利是他封上了九又四分之三站臺的通道，也是他操縱游走球把哈利打下掃帚，他一邊懲罰自己，一邊淚汪汪地告訴哈利有人在策劃一場陰謀，并且“歷史即將重演，密室又一次被打開”，他再三勸誡哈利必須馬上離開。