1984年我的《明末農(nóng)民戰(zhàn)爭史》由中國社會科學出版社出版。這部書在史料的收集、史事的考證、論點的分析上都較之前人有相當大的推進。書的下限只寫到李自成的大順政權(quán)、張獻忠的大西政權(quán)覆亡為止，大順軍和大西軍余部的抗清斗爭擬放在《南明史》中敘述。南明的歷史在辛亥革命前后和抗日戰(zhàn)爭時期都曾經(jīng)受到愛國志士的關注，掀起過熱潮，先后有柳亞子、謝國楨等先生的專著問世。但是，南明史覆蓋面太廣，它包括了清方撲滅各地抗清武裝謀求統(tǒng)一的活動，南明幾個小朝廷的史實，大順軍、大西軍先后聯(lián)明抗清的歷程，鄭成功等在東南沿海的斗爭，以及清統(tǒng)治區(qū)內(nèi)反清復明的活動。不僅頭緒紛雜，而且各種史籍、文獻的記載又常常互有出入，最困難的還是由于南明是失敗的一方，大量文獻資料被毀滅，留下的部分當時人記載數(shù)量既龐雜，而作者入清以后往往有所顧忌不愿據(jù)事直書，再加上清朝統(tǒng)治穩(wěn)定后屢興文字獄，大量收繳銷毀“違礙”書籍，更增加了關鍵史料不足的困難。為了整理出頭緒，盡量恢復歷史的原貌，只有大量查閱檔案、文集、各種私家記述、地方志等文獻和非常有限的實物，進行綜合研究。《南明史》直到1996年才完稿，次年由中國青年出版社出版。有人評論這部著作是“十年磨一劍”，其實很難說清自己在這部書稿上花費的歲月。因為南明史資料的收集工作有相當一部分是在探討明末農(nóng)民起義的史實時就已同步進行，開始寫作初稿固然是在1982年11月《明末農(nóng)民戰(zhàn)爭史》交稿以后，可是中間又停頓了兩三年，原因是《明末農(nóng)民戰(zhàn)爭史》交稿后曾同中國社會科學出版社簽訂了合同，預定在三至五年內(nèi)交出《南明史》稿。大約寫了一半章節(jié)的初稿，出版社通知我，他們奉命集中力量出版“當代中國”叢書，無力顧及其他書籍，建議《南明史》推遲交稿，這意味著單方面廢除合同。而我當時正對明代衛(wèi)所制度頗感興趣，認為明代衛(wèi)所制度決不像一般史籍中說得那么簡單，似乎只是明前期的一種軍事制度，中期以后即為募兵制度取代，而是同明帝國許多領域密切相關的重要課題。最初感到衛(wèi)所制度值得研究還同李巖問題有關。許多史籍里都說李巖是河南杞縣舉人，大司馬李精白（大司馬即兵部尚書，李精白在天啟年間任山東巡撫，加兵部尚書銜)的兒子。查李精白的材料時，除了弄清他同“李巖”毫無關系，還發(fā)現(xiàn)他祖上是山東曹縣人，明初跟隨大將軍徐達北征后定衛(wèi)于潁川衛(wèi)；潁川衛(wèi)位于南直隸阜陽縣境，而隸屬于河南都司。因此，李精白作為衛(wèi)籍人士必須到河南開封去參加鄉(xiāng)試，而不能像同居于阜陽縣境內(nèi)的民籍生員要到南京鄉(xiāng)試?！陡逢柨h志》選舉志表列本縣舉人名單中相當一部分下注“河南中式”，這些參加河南鄉(xiāng)試中舉的就是世代居住于阜陽縣境內(nèi)而屬于潁川衛(wèi)籍的人。從此，開始注意到明人傳記中衛(wèi)籍的問題，如李東陽、焦竑、楊嗣昌、史可法、何騰蛟、王錫袞以至清初著名學者王夫之、萬斯同都是衛(wèi)籍，他們上距祖軍原籍少則四代，多則八九代。但衛(wèi)籍人士的籍貫在史籍中弄得很亂，有的寫祖軍原籍，如說史可法是河南祥符人，李東陽是湖廣茶陵人，有的又寫世代所居的衛(wèi)籍。這不僅在寫人物傳記時常造成混亂和謬誤，更重要的是不明白明太祖實行的衛(wèi)所制度在人口遷徙、邊疆開發(fā)等方面都起了深遠的影響。