一個(gè)月以后，后醍醐天皇又逃出京都，蟄居于大和地方的吉野山里，宣稱(chēng)為正統(tǒng)的天皇，盡管徒具形式，但還是建立了朝廷。從此，就開(kāi)始了所謂的南朝（吉野朝）與北朝（京都朝）的對(duì)立戰(zhàn)爭(zhēng)。南朝得到各國(guó)反足利派武士的支持，暫時(shí)還有勢(shì)力，但到公元1338年為止，可資依靠的新田義貞、北畠顯家等強(qiáng)有力的武士都陸續(xù)地戰(zhàn)歿。這一年，足利尊氏自北朝天皇得到翹望已久的征夷大將軍的稱(chēng)號(hào)。南朝可資依靠的雖然是以貴族、寺院和神社為本所的商人行會(huì)的經(jīng)濟(jì)力，但隨著南朝軍隊(duì)的屢敗，商人階層的支持也日益減弱。后醍醐天皇自己，于公元1339年（南朝延元四年，北朝歷應(yīng)二年）8月病歿于吉野山中。

失敗幾次也不絕望，即使被流放于海島或是被軟禁，仍脫逃出來(lái)始終戰(zhàn)斗不息的后醍醐帝，在皇室史上雖是無(wú)先例的剛毅不屈的天皇，但卻沒(méi)有洞察歷史大勢(shì)的眼光。以復(fù)舊古代天皇制盛世為目標(biāo)的后醍醐天皇，一切考慮都是向后看的，是以貴族階級(jí)為中心的，是與歷史大勢(shì)相悖行的。因此，就只有失敗了。

南北朝的戰(zhàn)爭(zhēng)，在后醍醐天皇歿后仍在進(jìn)行。但矛盾的主要內(nèi)容已不再是宣稱(chēng)為正統(tǒng)王朝的一小部分的，公家勢(shì)力對(duì)冠以北朝這頂王冠的武家幕府的抵抗了，而是武士階級(jí)內(nèi)部的對(duì)立。在他們之間有急進(jìn)派與緩進(jìn)派及其他各種矛盾。由于其中一派還不斷與南朝聯(lián)系（甚至足利尊氏與足利直義，有時(shí)也與南朝聯(lián)系），因此，南朝也只能暫時(shí)延續(xù)下來(lái)。

急進(jìn)派武士的天皇觀(guān)與足利尊氏的態(tài)度

足利尊氏是緩進(jìn)派，他是想及早地掌握全國(guó)統(tǒng)治權(quán)的。但卻未直接建立把在鄉(xiāng)武士組織起來(lái)的新體制，而是任命其一族及其他心腹武士為各國(guó)的守護(hù)，并給予他們對(duì)領(lǐng)地所在國(guó)武士的論軍功行賞權(quán)以及隨之而來(lái)的撥給土地的權(quán)限，供他們負(fù)責(zé)統(tǒng)轄武士與維持治安。另外，在鐮倉(cāng)設(shè)置鐮倉(cāng)府，在奧州與九州分別設(shè)置探題，并委其一族負(fù)責(zé)，指揮與統(tǒng)轄管區(qū)內(nèi)守護(hù)以下的武士。足利尊氏就是這樣通過(guò)對(duì)其一族的羈縻，企圖以與鐮倉(cāng)幕府無(wú)大差別的方式鞏固幕府的權(quán)利。

當(dāng)權(quán)者總是希望“秩序”。從南朝的立場(chǎng)描寫(xiě)南北朝動(dòng)亂歷史的《太平記》說(shuō)：“將軍兄弟（足利尊氏與足立直義）如果對(duì)應(yīng)該崇敬的‘寡人’君主不尊重，‘執(zhí)事’及其他‘家人’也會(huì)對(duì)將軍不尊重。此乃因果之理?！弊憷鹗蠈?duì)此是心領(lǐng)神會(huì)的。如果破壞了皇室處于“秩序”頂端這一傳統(tǒng)，封建秩序的原理就將被破壞，因之，武士們對(duì)幕府的忠貞也會(huì)被破壞，足利尊氏就害怕這個(gè)。因此，足利尊氏既不像源賴(lài)朝那樣是“貴族”出身，也無(wú)特別理由要尊重皇室，但卻不僅擁立北朝，而且對(duì)公家的莊園也不得不在某種程度上予以保護(hù)。

與此相反，“執(zhí)事”高師直是以那些不奢望“守護(hù)”的地位，又從正面否定莊園領(lǐng)主權(quán)以期當(dāng)個(gè)真正的封建領(lǐng)主的近畿地方的武士們?yōu)槠鋭?shì)力基礎(chǔ)的。因此，據(jù)《太平記》一書(shū)，高師直就曾出言不羈地說(shuō)：“在京城有個(gè)稱(chēng)王的人，占據(jù)了大量領(lǐng)地，又有‘宮’和‘殿’，要叫他‘下馬’是很難的呀。如果有道理能說(shuō)清沒(méi)有王也可以的話(huà)，那么，就可以用木來(lái)雕一個(gè)或以鐵鑄一個(gè)，而把活的‘院’和‘國(guó)王’順?biāo)拥侥硞€(gè)地方去。”高師直之弟高師泰對(duì)其部下的武士們嫌賞賜的領(lǐng)地太少一事就命令說(shuō)：“何必嫌少？附近如有寺院、神社和‘本所’的領(lǐng)地，就越境去占用嘛！”除此以外，《太平記》一書(shū)還描述了武士完全漠視天皇和公家權(quán)威的故事。諸如有個(gè)名為土岐賴(lài)遠(yuǎn)的有勢(shì)力的武士，在京都街上與光嚴(yán)院的車(chē)相遇，并被命令下馬時(shí)，他卻說(shuō)：“什么？是‘院’（日語(yǔ)音ｙīｎ——譯者）還是‘犬’（日語(yǔ)音ｙìnu，與yin音諧——譯注）？要是犬，就要射下來(lái)?！辈⑾蛏匣实能?chē)射了一箭。伊勢(shì)國(guó)的仁木義長(zhǎng)，曾侵占了“伊勢(shì)神宮”（神社）的領(lǐng)地，天皇與將軍下了禁令。相反，他卻到五十鈴川捕魚(yú)，在神路山狩獵（按常規(guī)，在該神宮附近水域不許捕魚(yú)，附近的山林不許狩獵——譯者注），絲毫不畏敬神宮等。