鮑羅廷的建議無疑使廣州的中共黨組織陷入尷尬境地。譚平山時任國民黨中央組織部部長，一直被看作是親近汪精衛(wèi)的左派人士，中山艦事件后始終沒有同蔣介石接觸。他對鮑羅廷的建議“苦笑不語”。張國燾宣稱，廣州市流傳的有關破壞國共合作的謠言與中共無關，中共方面只知道有個黨務整理方案，卻不了解詳細的內(nèi)容，如果中共方面向蔣介石表示忠誠，這“未免太過抹煞中共的地位”。但在鮑羅廷的再三勸說下，張國燾、譚平山只好前往東山拜訪蔣介石。他們按照鮑羅廷的要求，向蔣介石表達了中共對國民黨二屆二中全會的態(tài)度。蔣介石自然是“色然而喜，頻頻表示欣慰”。

5月15日，國民黨二屆二中全會在廣州召開。蔣介石當選為主席團成員，并擔任當天會議的執(zhí)行主席。會上，蔣介石以“消除疑慮，杜絕糾紛”以及“改善中國共產(chǎn)黨與國民黨的關系”為由，提出《整理黨務案》、《選舉中央執(zhí)行委員會主席案》、《國民黨與共產(chǎn)黨協(xié)定事項案》以及《全體黨員重新登記案》等4項提案。

其中，《整理黨務案》是蔣介石與譚延闿、孫科、朱培德、宋子文、甘乃光、陳公博、伍朝樞等聯(lián)名提出的。主要內(nèi)容有兩條：一是整理黨務案的四項原則：改善國民黨與中國共產(chǎn)黨的關系；糾正兩黨黨員妨礙兩黨合作的行動與言論；保障國民黨黨綱黨章的統(tǒng)一權(quán)威；確定中國共產(chǎn)黨員加入國民黨的地位與意義。二是組織國共兩黨聯(lián)席會議，審查兩黨黨員妨礙合作的行動、言論及其糾紛問題，協(xié)定兩黨有連帶關系的各種重要事件。

《選舉中央執(zhí)行委員會主席案》由蔣介石、譚延闿、譚平山、伍朝樞、程潛、甘乃光、陳公博等聯(lián)名提出。建議設立國民黨中央常務委員會主席一人，監(jiān)督黨務工作的進行。這項提案實際上從組織上進一步排斥了汪精衛(wèi)。

《國民黨與共產(chǎn)黨協(xié)定事項案》是蔣介石單獨提出來的，共有九條。大部分條文是蔣介石同鮑羅廷事先商談好的。后來又增加了一條，即：凡他黨黨員加入國民黨者，在高級黨部（中央黨部、省黨部、特別市黨部）任執(zhí)行委員時，數(shù)額不得超過各該黨部執(zhí)行委員總數(shù)的三分之一。這項議案一提出，“全場相顧驚愕”。

《全體黨員重新登記案》也是蔣介石單獨提出來的。內(nèi)容是：國民黨全部黨員進行重新登記；各地黨部需要統(tǒng)一，沒有中央命令的黨部一律取消。

這段時間，蔣介石同鮑羅廷又親熱起來。5月16日，蔣介石在審查整理黨務案之后會見了鮑羅廷，說國民黨黨員消極抵制共產(chǎn)黨，不能積極地奮發(fā)自強。甚至擔憂國共兩黨黨員“混合革命，小黨勝于大黨”。他乘機提出，革命非統(tǒng)制不可，否則不能成功。鮑羅廷竟然被蔣介石的花言巧語所感動。當晚，蔣介石又趕往鮑公館看電影。

5月20日，會議選出國共兩黨聯(lián)席會議代表。其中，國民黨5名，包括蔣介石在內(nèi)，共產(chǎn)黨只有3名。5月21日，會議發(fā)布北伐宣言。22日，會議閉幕。蔣介石在當天發(fā)表講話，為提出整理黨務案辯解。他說，他這次是以國民黨員的身份提出整理黨務案的，如果像外界所說的那樣，以為提出整理黨務案的是一位有實力的軍人，那就完全錯了。他提出整理黨務案，是“鑒于現(xiàn)在時局的糾紛和環(huán)境的險惡，實在有不能不整理之勢，才提出整理黨務的辦法?！彼谥v話中還標榜自己如何擁護革命。他說，如果今天有人說我不革命，那就無異于說我反革命，“我不但不能承認，而且要起來反對他?！?/p>