孫文主義學(xué)會的陰謀策劃，直接導(dǎo)致了中山艦事件的發(fā)生。他們曾警告蔣介石，對俄國人的遷就只能以一個共產(chǎn)主義的中國而告結(jié)束，左派力量正在成為主要威脅，對其采取行動的時機(jī)已經(jīng)到來。據(jù)包惠僧反應(yīng)，這一事件“完全是王柏齡、歐陽格、徐桴、吳鐵城等陰謀制造出來的?！笨梢钥隙?，中山艦事件就是“蔣介石與孫文主義學(xué)會、國民黨右派經(jīng)過多次討論，有計(jì)劃有準(zhǔn)備去進(jìn)行的?！彼?，當(dāng)中山艦開到黃埔之后，孫文主義學(xué)會立即散布謠言，說共產(chǎn)黨要舉行暴動，推翻國民政府，逮捕蔣介石。

本來，在事件發(fā)生前夕，蔣介石就收到一封署名李之龍的來信，建議蔣介石在三天之內(nèi)通過國民政府把廣東企業(yè)收歸國有，并且威脅說，如果蔣介石拒絕，就逮捕他，把他送到俄國去。

這封信顯然是偽造的，但孫文主義學(xué)會借題發(fā)揮，向蔣介石解釋說，派中山艦和寫信本身就說明，“俄國共產(chǎn)黨人和中國共產(chǎn)黨人要把蔣介石驅(qū)逐出廣東”。

曾在廣州擔(dān)任季山嘉翻譯的維什尼亞科娃-阿基莫娃回憶說，這個學(xué)會和戴季陶在中山艦事件中的作用是無可置疑的，她常聽人說，1925年秋，蔣介石就已受到這個學(xué)會的有力慫恿，“3月20日他僅僅是執(zhí)行者，為他出謀劃策的是戴季陶。有人把蔣介石比作武裝的戴季陶?！?/p>

關(guān)于孫文主義學(xué)會在中山艦事件中所起的作用，王柏齡直言不諱地說過：“其收功之總樞，我敢說，是孫文主義學(xué)會。若沒有學(xué)會的話，黨老早就沒有辦法了。學(xué)會能立了這點(diǎn)功，也不枉這些對黨熱心效忠的同志”。

3月20日凌晨，蔣介石下令廣州戒嚴(yán)，命令陳肇英、王柏齡逮捕了李之龍，讓劉峙扣押了第二師各級黨代表，還派軍隊(duì)包圍了省港工人罷工委員會，收繳了糾察隊(duì)的武裝，該師第五團(tuán)占領(lǐng)了海軍局，并解除了海軍局的武器。陳策、歐陽格率部劫持了中山艦，解除了軍艦上的武裝。

上午9時，第二師第五團(tuán)的一個連包圍了坐落在東山的蘇聯(lián)顧問團(tuán)住地和辦公室。一時間，東山崗哨林立，如臨大敵。不準(zhǔn)蘇聯(lián)顧問外出，不準(zhǔn)到辦公室去，甚至不準(zhǔn)上醫(yī)院，還剪斷了電話線，解除了衛(wèi)兵的武裝，甚至揚(yáng)言要把顧問們驅(qū)逐出廣東。

當(dāng)時，蘇聯(lián)顧問也考慮過進(jìn)行抵抗，無賴他們在廣州的人數(shù)只有40多人，力量單薄。直到下午2時，包圍東山的部隊(duì)才撤走，并發(fā)還了軍械。

布勃諾夫使團(tuán)親眼目睹了中山艦事件的發(fā)生，他們“實(shí)際上遭到暫時的拘禁”。事件發(fā)生之后，布勃諾夫斷定，這是一次“針對俄國顧問和中國共產(chǎn)黨代表的小型的半暴動”。

張國燾也是這么認(rèn)為的，他在回憶錄中寫道：這一事變包含著反抗蘇俄控制的民族觀念，要對中共加以壓抑的反共意識。領(lǐng)導(dǎo)這一事變的蔣介石所采取的手段，卻是一種推翻原有領(lǐng)導(dǎo)的軍事異動。