抗日戰(zhàn)爭成為時代主旋律，值此民族危亡關(guān)頭，藝專有不少學(xué)生放棄讀書，投筆從戎。而對更多的師生而言，那只是一種背景，盡管日常生活已發(fā)生很大變化，但大家考慮問題和應(yīng)對事物的方式還是一如往常。

1月，學(xué)校又遷往長沙，借住在雅禮中學(xué)。不久便接到教育部命令，杭州藝專和北平藝專兩校合并而成國立藝專，校址暫時設(shè)置在沅陵老鴉溪。這樣做與戰(zhàn)時經(jīng)費不足、管理不便等諸多因素都有關(guān)系。此時的杭州藝專有34名教職員，百余名學(xué)生，而北平藝專有教職員13人，學(xué)生三四十人。

合并后的國立藝專廢除原來的校長制、改為委員制，林風(fēng)眠當(dāng)上了主任委員，原北平藝專校長趙畸、西畫組主任常書鴻為委員。

大難當(dāng)頭，本來應(yīng)當(dāng)同仇敵愾，事實上由于處境艱難，各種矛盾更容易產(chǎn)生和爆發(fā)。之后一段時間，原來分屬兩校的師生由于經(jīng)濟問題（杭州藝專人多錢少，北平藝專人少錢多）、藝術(shù)觀念的差異（杭州藝專偏重現(xiàn)代主義，北平藝專堅守寫實主義）等具體原因發(fā)生了一系列爭斗，也包括原本一校師生的內(nèi)斗，林風(fēng)眠不得已兩次辭職，又兩次被請回學(xué)校，但最終還是覺得無法應(yīng)付復(fù)雜的局面，向教育部長陳立夫再次提出辭呈，其中說道：“目前風(fēng)潮似告平息，然蓄謀已深，隱患無窮，何況各有所恃而無恐，風(fēng)眠暨無進步之權(quán)，又無處罰之力，將來隨時仍有發(fā)生事情之可能?！?/p>

從中似可隱約讀出一些消息，即當(dāng)時兩校師生在上面各有人脈和支持者，因此才“有恃無恐”，甚至發(fā)展到械斗和圍毆。現(xiàn)代化是個漫長的社會轉(zhuǎn)型過程，中國到這個時候乃至今天，仍沒能脫出種種非現(xiàn)代因素的牽系，實現(xiàn)以數(shù)字來管理，即按規(guī)則辦事。當(dāng)年林風(fēng)眠所要求的不過是實行這種管理的權(quán)限，卻不可得。于是他選擇了離開。

這段往事不同人各有各的說法，孫志遠(yuǎn)在《感謝苦難——彥涵傳》中，以這位當(dāng)年學(xué)生會主席的眼光（頗有階級分析意味）來回顧歷史，描述翔實，其中一個細(xì)節(jié)尤其引人注意：

學(xué)校陷入了混亂。

就在這時，盧鴻基找到了彥涵和羅工柳，同他們商量，他決定首先打擊八大教授中的為首分子李教授（即李有行）。李教授是搞戲劇的。據(jù)說與張道藩有來往，八大教授給林風(fēng)眠的信，就是他秉承上面的旨意起草的。此人平時對學(xué)生態(tài)度就不好，現(xiàn)在又出賣了林校長，名聲很壞，拿他開刀，必得人心。

彥涵帶著幾十名杭州同學(xué)來到李教授的住處，一聲令下，朱德群等同學(xué)就把李教授抓到了屋前空地上。接著就是一頓批斗。

李教授嚇得臉色慘白，一個勁兒地點頭認(rèn)錯，說是對不起林先生。

學(xué)生們沖他高喊：“立即辭職，滾出學(xué)校！”

李教授連連點頭：“好，我辭職，我辭職。”

“那好，”彥涵把紙和筆遞給他，“請你寫個辭職保證?！?/p>

李教授就趴在屋前門口的臺階上寫了個東西，表示愿意辭職，然后交給彥涵。

彥涵說：“限你一個星期內(nèi)必須離開學(xué)校。”

“一定，一定?！?/p>

不到一星期，李教授就卷起鋪蓋，匆匆逃走。八大教授中的其他人自知理虧，嚇得紛紛躲了起來——他們真怕學(xué)生急了會采取過激行動。

秋天，日軍進攻武漢，威脅到長沙，學(xué)校奉命取道貴陽遷往昆明，大部分師生坐臨時包租的汽車，李霖燦、李浴、李長白等10名學(xué)生，自己組織徒步宣傳隊，邊走邊畫速寫與水彩，描繪沿途風(fēng)光與民俗，這段經(jīng)歷影響其中一些同學(xué)后來投身西南地區(qū)少數(shù)民族文化研究，如李霖燦，著作等身，成為臺灣故官博物院副院長。