肯雅塔試圖安然度過動亂期，并沒有去煽風點火，而是在努力平息危機。內羅畢那些頭面激進分子一面打著他的旗號，一面又對他疑心重重。政府要他公開譴責茅茅，他俯首聽命，于1952年8月在基安布用基庫尤族的傳統(tǒng)咒語向大批集會群眾說：“讓茅茅遺臭萬年吧。大家動員起來，一起查茅茅，滅茅茅?！贝朔捈づ酥醒胛瘑T會。不久，他被召到內羅畢肯聯(lián)總部，出席中央委員會的會議。在那里，他驚訝地發(fā)現(xiàn)中央委員會委員們到底是何許人了。“我們說，‘我們就是茅茅。你在基安布大會上講的那些話，絕對不允許再講第二次’，”弗雷德·庫貝回憶道，“假如肯雅塔繼續(xù)指責茅茅的話，我們就會去告發(fā)他，這樣就會要了他的命。后果之嚴重，他是明白的。他那天很不開心。我們不是他所熟悉的、經(jīng)常打交道的老一代人，我們是青年人，我們是說得出也做得出的?！?/p>

暴力活動趨于惡化，每天都有兇殺、強迫起誓、威脅、恐嚇事件發(fā)生。此時，新總督埃維林·巴林爵士走馬上任。在下屬官員們的影響下，這位新總督斷定，要對付暴力，最好的辦法就是把所有肯聯(lián)領導人統(tǒng)統(tǒng)關押起來。1952年10月，上任伊始的巴林即宣布進入緊急狀態(tài)，下令關押肯雅塔及150名其他政治人物。在茅茅分子看來，此舉無異于公然宣戰(zhàn)。與此同時，白人農場主大規(guī)模驅趕“斯夸特”，大約10萬人被迫離開裂谷地區(qū)，引發(fā)日益嚴重的恐慌，也給茅茅提供了源源不斷的大量兵源。許多人徑直奔向阿伯德爾斯山和肯尼亞山的密林，加入了那里新近建立的武裝組織。巴林的行動不僅未能剿滅暴亂，反而推波助瀾，使之加劇升級。第一起白人定居者被殺害事件，正是發(fā)生在宣布實行緊急狀態(tài)之后。

然而，戰(zhàn)爭造成的影響，首當其沖的不是白人，而是基庫尤人中間的“保皇派”。茅茅領導人做出決策，首先要強行實現(xiàn)基庫尤人全族上下團結一致的目標，而后才是針對白人開展斗爭。于是，他們將矛頭對準了基庫尤“?；逝伞?，殺死“?；逝伞苯?000人。而叛亂分子及其支持者的死亡人數(shù)，根據(jù)官方統(tǒng)計，則高達11500人。但據(jù)研究人員近年來所做推算，真實數(shù)字要遠遠高得多。大約8萬基庫尤人被關進拘留營，受到殘酷粗暴的非人待遇。隨著茅茅面臨的形勢日益嚴峻，他們在叢林中的團伙領導人千方百計要維持自己的控制，一方面訴諸更加荒謬極端的誓約方式，另一方面對基庫尤人和白人一律施以恐怖威嚇手段。相比之下，白人社團輕而易舉地度過了危難。盡管白人農場主生活在各自孤立無援的農莊，時時處在驚恐和危險之中，經(jīng)過四年戰(zhàn)事，只有32名白人平民遇害，甚至比內羅畢同期的交通事故死亡人數(shù)還少。

總督巴林決意將所有這一切都歸罪于肯雅塔?！八活櫼磺械匾锌涎潘淖?，而且要從快判罪?！卑土值膫饔涀髡卟闋査埂さ栏窭埂裟穼懙馈５珕栴}是缺少證據(jù)或是證據(jù)不足。于是，巴林批準向愿意作證的證人發(fā)放“酬金”。在就此向英國殖民部上呈的報告中，他寫道：“支付酬金，提供保護，能做的一切都做了。可是，還是沒有一個人敢于在法庭上與肯雅塔這樣一個令人生畏的人物當面對質?！痹A方主證人羅森·馬查里亞得到承諾，將獲全額資助赴英國一所大學學習兩年，學成回國后還會被安排在政府部門工作。于是，馬查里亞出庭作證，聲稱自己親眼看到肯雅塔在1950年曾為若干人主持過起誓儀式?？涎潘缚诜裾J，另外九名證人的證詞也都被肯雅塔斥之為謊言。然而，地方法官蘭斯利·撒克爾——一位退休的前高級法院法官、白人社團眼中的“明白人”，決定采納馬查里亞的證詞?！氨M管我做出的判決意味著，我不相信十位被告的證人，而相信一位控方證人。但我毫不猶豫地做出這樣的判決了。因為，羅森·馬查里亞的證詞做得很好?！碑敃r，誰也不曉得，根據(jù)巴林的指示，撒克爾法官已經(jīng)得到承諾：做出判決后，他將不得不躲避報復而離開肯尼亞，作為補償，他將獲得一筆2萬英磅的報酬。后來，馬查里亞也終于承認，他對肯雅塔所做的不利證詞是捏造的。

撒克爾的判決認為：肯雅塔是茅茅的幕后策劃人。他利用自己對基庫尤族的個人影響，秘密煽動殺人、放火、實施種種殘酷暴行。其目的要把歐洲人統(tǒng)統(tǒng)趕出肯尼亞?！澳懵犎芜@片土地充斥著悲慘和不幸，危害這片土地上各種族人民、也包括你自己所屬族人的日常生活?！?/p>

肯雅塔被判有罪，政府竭力要抹去人們對他的記憶，將他關押在地處北部沙漠地區(qū)，一個叫洛基塔溫格人跡罕至的地方。吉通古里則變成了一個行政中心，肯雅塔居住的房子被拆毀，他的小農場也變成了一個農業(yè)服務站。巴林公開揚言，肯雅塔及其他服刑的茅茅頭目絕無可能再回到基庫尤地區(qū)，即使在他們刑滿之后也不允許。

暴亂之后，英國政府意識到，如果要把多種族伙伴關系的戰(zhàn)略政策繼續(xù)發(fā)展下去的話，必須加速推動非洲的進步。土地改革取得了顯著進展：禁止非洲裔農場主種植一系列經(jīng)濟作物的限制被取消了；1959年10月，白人高地正式對所有種族開放。但是，政治方面的進步仍然受到白人的反對和阻撓。1957年，首次舉行了非洲人選舉，八名當選的非洲人進入立法會，其中包括工會活動家湯姆·姆博亞和一個少數(shù)民族卡倫金族的領袖丹尼爾·阿拉普·莫伊。第二年，非洲代表人數(shù)增加到14人，與白人代表人數(shù)持平。與此同時，也規(guī)定了種族平衡狀態(tài)十年不得調整改變。

在人們看來，似乎還有充足的時間來安排長遠計劃。1959年1月，英國殖民部國務大臣阿蘭·列諾克斯—鮑埃德與東非地區(qū)各位總督一起，在英格蘭鄉(xiāng)下的契克斯召開了一次會議，研究了幾個可供考慮的獨立日子。他們一致認為，坦噶尼喀可以首先獨立，但不能早于1970年；烏干達和肯尼亞可以追隨其后，在1975年前后獨立。