毛澤東及國民黨中央土地委員會提出的許多解決農(nóng)民問題的建議，由于種種原因，大都沒有實施。同時，身為中共中央農(nóng)委書記，毛澤東還給中共中央寫了工作報告，提出建議，但遭到陳獨秀的拒絕。

盡管如此，在大革命高潮中的農(nóng)民運動還是得到迅猛發(fā)展。為此，1927年3月27日，國民黨中央農(nóng)民部農(nóng)民運動委員會召開擴(kuò)大會議，將籌組全國農(nóng)民協(xié)會列入農(nóng)民部的工作計劃，以“統(tǒng)一全國革命的農(nóng)民之行動”。3月30日，湘鄂贛豫四省農(nóng)協(xié)代表在湖北農(nóng)協(xié)開會。會議推舉13人組成全國臨時農(nóng)協(xié)執(zhí)委會，其中毛澤東等5人為常委。4月9日，中華全國農(nóng)民協(xié)會臨時執(zhí)行委員會委員發(fā)表就職通電，宣布“就職視事”，互推鄧演達(dá)為宣傳部長，毛澤東為組織部長，彭湃為秘書長。由于鄧演達(dá)肩負(fù)國民革命軍總政治部主任、國民黨中央農(nóng)民部部長、湖北省政府主席等重任，全國農(nóng)協(xié)臨時執(zhí)委的日常工作主要由毛澤東負(fù)責(zé)。

全國農(nóng)協(xié)臨時執(zhí)委會剛組成，就面臨著嚴(yán)峻的形勢，反革命勢力殺氣騰騰，時局維艱。但全國農(nóng)協(xié)臨時執(zhí)委會在毛澤東的領(lǐng)導(dǎo)下，仍克服重重困難，開展工作。他們和國民黨中央農(nóng)民部、國民革命軍總政治部聯(lián)合組織了“戰(zhàn)區(qū)農(nóng)民運動委員會”，隨第二期北伐的北伐軍進(jìn)入河南，指導(dǎo)戰(zhàn)區(qū)的農(nóng)民運動；發(fā)布了《對湘鄂贛三省農(nóng)協(xié)重要訓(xùn)令》、《臨字第四號訓(xùn)令》等，對夏斗寅、許克祥相繼叛變革命的情況下如何進(jìn)一步開展農(nóng)民運動，提出了指導(dǎo)性的意見，號召武裝保衛(wèi)革命。

在全國農(nóng)協(xié)臨時執(zhí)委會指導(dǎo)下，全國農(nóng)民運動又有深入的發(fā)展。據(jù)1927年6月武漢政府農(nóng)民部調(diào)查，湖南有農(nóng)協(xié)會員600余萬人，河南24萬，湖北250萬，陜西70萬，廣東70萬，江西38萬，四川、福建、山西、廣西、安徽、熱河等省農(nóng)協(xié)會員也日益增多。

毛澤東在主持中共中央農(nóng)民運動委員會期間，一身數(shù)任，主持武昌中央農(nóng)民運動講習(xí)所，擔(dān)任國民黨中央農(nóng)民部農(nóng)民運動委員會常務(wù)委員和國民黨中央土地委員會委員，還負(fù)責(zé)全國農(nóng)協(xié)工作，肩負(fù)著領(lǐng)導(dǎo)全國農(nóng)民運動的重任。他為發(fā)展各地農(nóng)會組織、培訓(xùn)農(nóng)民干部、擴(kuò)大農(nóng)民武裝、建立農(nóng)民革命政權(quán)、著手解決土地問題等，付出了巨大而艱苦的勞動。

在全國農(nóng)民運動蓬勃發(fā)展的重要時刻和蔣介石集團(tuán)叛賣革命的危急關(guān)頭，中國共產(chǎn)黨于4月27日至5月6日在漢口召開第五次全國代表大會。毛澤東在會上提出支持農(nóng)民開展土地革命，猛烈發(fā)展農(nóng)民武裝，建立農(nóng)民民主自治政權(quán)的提案。但是大會在陳獨秀、彭述之把持下，毛澤東的意見沒有引起大會注意。中共五大沒有能夠挽救蔣介石叛變革命后造成的險惡局勢。五大后，毛澤東離開了中共中央農(nóng)委，由譚平山兼任農(nóng)委書記。

5月31日，全國農(nóng)協(xié)及湖北省農(nóng)協(xié)在漢口普海春飯店歡宴太平洋勞動會議代表。毛澤東主持宴會并致歡迎詞。他說：“中國革命是世界革命的一部分?！边@個命題在過去“只能有空洞之口號，然在今天歡迎會上已充實了此口號的內(nèi)在性?！泵珴蓶|再一次強調(diào)中國農(nóng)民“是革命進(jìn)程中主要之力量”，無產(chǎn)階級是農(nóng)民的領(lǐng)導(dǎo)者，中國農(nóng)民運動“深賴工人運動之影響與指導(dǎo)，其有益于革命前途，實在無可限量?！泵珴蓶|的這一論述對當(dāng)時陳獨秀放棄無產(chǎn)階級對農(nóng)民的領(lǐng)導(dǎo)權(quán)的主張是針鋒相對的。

6月上旬，湘鄂贛三省都處于白色恐怖中，共產(chǎn)黨員、國民黨左派、工農(nóng)群眾犧牲者“不下一萬數(shù)千人”。毛澤東不顧自己的生命安危，在血雨腥風(fēng)中力挽狂瀾。6月13日，毛澤東出席武漢政府軍事委員會會議，討論馬日事變的處理問題。他以大量的事實駁斥“軍工沖突”、“軍農(nóng)沖突”的讕言，澄清事實真相。他說：“馬日事變完全是潛伏在北伐軍隊伍里的反動軍閥策動的叛亂，是許克祥的部隊向湖南省農(nóng)協(xié)進(jìn)攻，向省農(nóng)工會襲擊，繳工農(nóng)的槍，屠殺工農(nóng)群眾的行動?！边@時武漢政府主張以和平方法解決馬日事變。中共中央在陳獨秀的把持下，亦采取“農(nóng)軍不得進(jìn)攻長沙，湖南問題靜候武漢國民政府解決”的方針。對此，毛澤東非常氣憤。

同日，毛澤東同鄧演達(dá)等以全國農(nóng)協(xié)臨時執(zhí)行委員會的名義，發(fā)出《臨字第四號訓(xùn)令》，號召各級農(nóng)民協(xié)會一致請求武漢國民政府，明令保護(hù)工農(nóng)組織及工人糾察隊和農(nóng)民自衛(wèi)軍，懲辦一切屠殺工農(nóng)、擾亂北伐后方的反動派；明令懲辦許克祥等叛軍，解散其“救黨委員會”，恢復(fù)湖南省農(nóng)協(xié)、省總工會、國民黨湖南省黨部；明令禁止江西朱培德部驅(qū)逐共產(chǎn)黨員及工農(nóng)領(lǐng)袖；肅清湖北各縣土豪劣紳、逆軍、土匪，鎮(zhèn)壓蔣介石的奸細(xì)?！坝?xùn)令”還號召各省農(nóng)協(xié)，努力團(tuán)結(jié)農(nóng)民，嚴(yán)密農(nóng)會組織，迅速動員工農(nóng)武裝，反擊土豪劣紳及反動軍隊的武裝襲擊。

毛澤東還在7月4日中共中央常委擴(kuò)大會議上提出必須保存武力的主張。他指出：“不保存武力，則將來一到事變我們即無辦法”。他還主張“上山”，并預(yù)料上山可造成軍事勢力的基礎(chǔ)。毛澤東主動要求去湖南，組織農(nóng)民，建立武裝，上山建立根據(jù)地。

但是，由于陳獨秀獨斷專行，拒不接受正確意見，毛澤東提出的以暴力反對反革命暴力的主張未能被采納。繼蔣介石4月12日在上海發(fā)動反革命政變之后，1927年7月15日，汪精衛(wèi)也公開叛變革命，提出“寧可枉殺一千人，不可使一個漏網(wǎng)”的血腥口號，開始進(jìn)行瘋狂的大屠殺。至此，轟轟烈烈的大革命陷于失敗。