1794年，美英關系出現(xiàn)嚴重危機。聯(lián)邦黨人不愿看到美英走向戰(zhàn)爭，遂說服華盛頓派遣約翰·杰伊赴倫敦談判。倫道夫贊同談判，但他認為必須在使團的使命中加入關于爭取俄國、瑞典和丹麥執(zhí)行武裝中立原則的內容。這一要求被接受。1794年11月美國與英國簽訂了《杰伊條約》。根據(jù)條約英國做了讓步：在1796年7月前交出所占據(jù)的美國西北邊境要塞，允許美國小型船只對英屬西印度群島進行貿易。條約使美國贏得了寶貴的和平，但付出的代價也是巨大的：美國船只不得載運英屬西印度的主要產品，盡快處理償還戰(zhàn)前美國人欠英國人的債務問題，給英國最惠國待遇，沒有解決英海軍強征美國海員等問題。因此許多人認為它損害了國家的利益。

《杰伊條約》在國內引起了極其劇烈的斗爭，許多人認為它損害了美國的國家利益，損害了革命時期奠定的美法友誼，是對英國國王的可恥的屈服。一些學者認為，這場爭論很難說是一場原則之爭，更多地與人們的不同利益和對事情的不同認識有關，并摻雜著意氣用事和強烈的黨派精神。在一片激烈的反對聲中，倫道夫勸華盛頓總統(tǒng)暫緩簽署它。起初，華盛頓接受了這一主張，但事情后來發(fā)生了逆轉。

1795年3月，英海軍截獲了法國駐美公使富歇的一封公文，公文中說倫道夫與富歇之間有一筆金錢交易，而倫道夫接受的金錢則被用于國內的黨爭。這個顯然被人篡改過的公文輾轉傳到華盛頓手中，華盛頓據(jù)此斷定倫道夫領取了法國的傭金，由此而耽擱了《杰伊條約》的簽署。在與華盛頓的對質中，倫道夫竭力進行辯護，但無濟于事。從目前掌握的材料來看，判定倫道夫有罪證據(jù)不足，但由于倫道夫進入內閣主要是基于華盛頓的友誼，如今這種關系破裂了，他不得不辭去國務卿職務。也有歷史學家認為，這一事件是聯(lián)邦黨人與英國人玩弄的一場政治陰謀。

后來，倫道夫在紐波特找到富歇，富歇發(fā)表了一個公開聲明，否認倫道夫與他有交易，也否認自己在那份公文中有意敗壞倫道夫。而后，倫道夫寫了一篇辯護文章，以澄清事實。為了撰寫這份文件，他幾次寫信，要求華盛頓為他提供必要的材料，華盛頓均給以簡要答復——看來，兩人在革命時期結下的戰(zhàn)斗友誼已經化為烏有。面對華盛頓的冷漠，倫道夫感到無奈而憤怒。

離開公職后，倫道夫心灰意冷，回到家鄉(xiāng)弗吉尼亞與兒孫們生活在一起。他一面著書立說，一面重操律師業(yè)務，在極度失意之中度其余生。在晚年所寫的著作中，倫道夫全面闡述了他的政治理想和治國方略，也有一部分內容是對美國革命和建國的歷史回顧，書中表達了他對政壇失意的憤憤不平。

1813年9月13日，埃德蒙·倫道夫病逝，享年六十歲。