杰斐遜在任職之初希望把注意力放在國內(nèi)建設方面，但實際上，對外事務牽扯了他相當大的精力，特別是在他的第二任期內(nèi)。

在國際上，英法爭端日趨激烈，兩國不斷侵犯美國的中立權(quán)——英國強征美國水手服役，據(jù)統(tǒng)計，大約有五千個美國人被強征，而法國則扣壓美國的船只。1807年發(fā)生的“切薩皮克號”遭襲事件更加劇了公海上的緊張局勢，同時也加強了國內(nèi)主戰(zhàn)派的力量。杰斐遜后來回憶時指出：“是這一事件將戰(zhàn)爭提上了日程。”但此時杰斐遜主要是想用戰(zhàn)爭危險迫使英國人做出讓步。為了維護美國的國家利益，杰斐遜簽署了《禁運法》，中斷了與國外的貿(mào)易聯(lián)系。杰斐遜實施《禁運法》的另一個目的是想讓歐洲人感覺到，美國正在為戰(zhàn)爭做準備，從而有所讓步。這一政策使國家經(jīng)濟蒙受了損失，為許多人所抱怨，并招致反對黨的惡意攻擊，雖然達到了避免戰(zhàn)爭的目的，但聯(lián)邦政府承擔了沉重的壓力。

1807年3月，杰斐遜簽署了禁止奴隸貿(mào)易的法令——這是他多年試圖完成的一項工作，但此法令未得到全國認真貫徹。

1808年大選時，杰斐遜拒絕了所有讓他連任的懇求，向選民力薦他忠實的戰(zhàn)友和學生麥迪遜作為他的政治繼承人。當獲悉麥迪遜在大選中獲勝時，他感到由衷的欣慰和如釋重負。

蒙蒂賽洛的隱士 杰斐遜的晚年是在蒙蒂賽洛莊園度過的，親自經(jīng)營他的農(nóng)場，進行農(nóng)作方面的試驗和改良。作為一個思想家和教育家，他終日與書籍為伴，也研究自然科學，偶爾還搞點發(fā)明創(chuàng)造。但他并未與世隔絕，通過大量的信件，他與各界友人保持著密切的聯(lián)系，經(jīng)常接待各方賓朋。經(jīng)過通信，他恢復了與約翰·亞當斯中斷多年的友誼，兩人在書信中談古論今，回首往事，成為他晚年的一件樂事。

杰斐遜始終認為，書籍是人類的良師益友。當他得知國會圖書館在第二次獨立戰(zhàn)爭中被燒毀時痛心疾首，遂決定把自己的藏書獻給政府。杰斐遜寶貴的藏書在重建國會圖書館時起了重要的作用。

杰斐遜還以極大的熱情關注教育事業(yè)的發(fā)展。在多年研究的基礎上，他制定了一套極為系統(tǒng)的教育制度，該制度充分體現(xiàn)了杰斐遜的教育理念和民主主義思想，對美國的教育體制和教育事業(yè)的發(fā)展產(chǎn)生了深遠的影響。

1816年開始，他著手創(chuàng)辦弗吉尼亞大學，從籌措經(jīng)費、繪制藍圖，到制訂教學計劃、聘請學者，他事必躬親，并擔任了首任校長。這座被杰斐遜視為他一生中最重要的創(chuàng)建學校之一，如今已成為美國著名的高等學府，為國家輸送了大量高級專門人才。

在晚年，蒙蒂賽洛似乎成了一塊圣地，不斷有人從各個地方前來拜訪這位年邁的先賢，其中有他的朋友、老同事、政府官員、國會議員和外國友人等，也有不少是拿著介紹信來的陌生人。杰斐遜很喜歡這種會見，并熱情地款待四方賓朋，這種慷慨的待客活動消耗掉了大量的資源和錢財，杰斐遜的經(jīng)濟收入不斷下降。但是，他的好客精神似乎從未減弱。

杰斐遜非常重視對子孫后代的教育，不僅為他們提供良好的學習環(huán)境，用自己的道德觀念教導他們，還經(jīng)常與孩子們同樂，周詳?shù)剡^問他們的飲食起居。

1826年6月，杰斐遜的病情日益沉重。7月4日——美國獨立五十周年紀念日，他的老朋友約翰·亞當斯在新英格蘭辭世，彌留之際仍在喃喃呼喚：“托馬斯·杰斐遜還活著。”其實，杰斐遜已早他幾小時在蒙蒂賽洛的家中靜靜地長眠了。

杰斐遜安葬在蒙蒂賽洛的家族墓地中——他的身旁便是愛妻瑪莎的香冢，墓碑上銘刻著他生前擬好的簡短碑文：

托馬斯·杰斐遜之墓

美國《獨立宣言》的起草人

弗吉尼亞宗教自由法案的作者

弗吉尼亞大學的創(chuàng)建人