后來，在一次管理層會議上，大家又七嘴八舌地討論起新機構的名字。當時在微軟亞洲研究院負責無線小組的李世鵬提出：既然中國的科研體系分為科學院和工程院，那么為什么不借用這個說法，將從事開發(fā)的新團隊命名為“工程院”呢？

這個提議當即得到了眾人的肯定，“微軟亞洲工程院”的名字被確定下來。

員工們都有這樣一種感覺——工程院和研究院是完美的互補。它們的名字也表明，研究院會繼續(xù)把重點放在基礎研究、概念創(chuàng)新上，而工程院則注重將這些想法付諸實施并轉(zhuǎn)化為看得見的產(chǎn)品。

到了2003年9月，張亞勤又帶著管理層在青島召開了一次會議。他們討論的一個重要的主題就是給工程院定位：工程院要做什么？工程院不做什么？

討論過后，一張組織結(jié)構圖漸漸清晰——這張圖以距離產(chǎn)品上市時間的遠近來說明各個相關團隊和產(chǎn)品之間的關系。

微軟亞洲研究院專注于五年后的技術走向；銷售團隊為半年至一年后的產(chǎn)品服務；而工程院，則著眼于兩年后進入市場的產(chǎn)品。

這次會議還決定：未來工程院要引入微軟的開發(fā)流程和組織架構，即開發(fā)、測試和項目經(jīng)理三個功能小組并駕齊驅(qū)、三足鼎立。

那年秋天，微軟亞洲研究院組織了十余位“意見領袖”召開圓桌會議。與會者大多數(shù)都是中國學術界的帶頭人，甚至包括中國科學院的專家。張亞勤擔心的是，創(chuàng)建微軟亞洲工程院會被人看作對基礎研究重視不足，甚至可能會被看成雇傭中國廉價勞動力的一個新途徑。因此，在這次會議上，張亞勤向與會的專家們解釋了微軟創(chuàng)辦這一機構的動機——把研究人員從產(chǎn)品轉(zhuǎn)化的干擾中解放出來，使他們能有更多的時間從事基礎研究。張亞勤說：“建立這樣的共識是非常重要的，尤其是在中國。你要想做點什么事情，就一定要贏得支持?！?

2003年11月5日，北京嘉里中心大酒店。微軟亞洲研究院在為慶祝成立五周年而舉行的盛大儀式上，正式對外宣布成立微軟亞洲工程院。

前來參加慶祝儀式的前國務委員、中國工程院院長宋健稱贊微軟這個新成立的機構道：“我看到你們微軟人也從中國學了些東西。”