當(dāng)然，人們對肯尼迪總統(tǒng)遇刺的疑問并不僅限于約翰遜總統(tǒng)所設(shè)置的小組公開的報告，還有聯(lián)邦調(diào)查局。事件發(fā)生后，負(fù)責(zé)解剖肯尼迪遺體的海軍醫(yī)療中心X光攝影師后來聲稱，他在給總統(tǒng)遺體拍照后，聯(lián)邦調(diào)查局特工堅持親自顯影，同時拿走了膠卷和全部底片。他后來才發(fā)現(xiàn)，許多底片失蹤了，用來攝影的膠片在拍攝完成后也被惡意地“曝光”了，剩下的只是一些模糊難辨的或是無關(guān)緊要的的照片。

這名攝影師提供的一張照片上，肯尼迪的尸體安靜地躺在那里。他的臉部毫無損傷，眼睛睜著，嘴唇似乎還露出了微笑。曾在驗尸時協(xié)助工作的達(dá)拉斯市的一名退休警官后來證明說，自己當(dāng)時正站在肯尼迪的頭部位置。在把肯尼迪的尸體抬上驗尸臺時，他的手曾接觸到肯尼迪的頭部，并發(fā)現(xiàn)總統(tǒng)的后頭部被射穿，可臉部完整無傷。彈道學(xué)家認(rèn)為這不可能，因為如果是卡爾卡諾6.5毫米步槍子彈擊中的話，子彈射出的強(qiáng)大壓力會讓肯尼迪臉的右前側(cè)變形甚至被轟碎。不過，那位退休警員并沒有撒謊。于是，又有了另外的說法，兇手并不是從后面向肯尼迪開的槍，而是從前面將子彈射入總統(tǒng)頭部的。有人將這顆子彈偷偷取了出來，并將彈道破壞，為的就是掩蓋子彈真實的飛行方向，并且還設(shè)計了新的、軌跡經(jīng)過肯尼迪頭后部的彈道。

這在很多人看來簡直是神話故事，可有人認(rèn)為這種說法有一定的根據(jù)。于是，肯尼迪的尸體被二次解剖。這一次解剖更讓人大跌眼鏡。負(fù)責(zé)解剖尸體的軍醫(yī)說，總統(tǒng)頭部的傷口大概有10毫米×20毫米，顱腔內(nèi)空無一物，仿佛肯尼迪根本就沒有長腦子一樣。是誰偷走了肯尼迪的腦子呢？沒有人知道，這些人在拍了照片后用海綿填塞了顱腔。然后，這些照片經(jīng)過聯(lián)邦調(diào)查局的手，送到了國家檔案館?？墒窃?966年10月，這些資料居然在檔案館突然消失了。有人認(rèn)為是被人偷走了，也有人認(rèn)為，聯(lián)邦調(diào)查局根本就沒有把那些照片放到檔案館。這些資料的消失，也就不能證明那位負(fù)責(zé)解剖尸體軍醫(yī)的話是真是假。

但在1992年，曾經(jīng)參與過搶救總統(tǒng)的帕爾克林德醫(yī)院的醫(yī)生克林紹在他的著作《約翰·肯尼迪——打破沉默》中卻披露了當(dāng)時的情況。他與那位軍醫(yī)看到的情況一樣，肯尼迪總統(tǒng)被送來搶救時整個大腦右半部都沒有了，根據(jù)頭的右部情況可以斷定，子彈是從總統(tǒng)右邊太陽穴幾乎沿著切線打穿顱骨的，并損傷了頭頂和后腦勺骨。

這位醫(yī)生當(dāng)時還檢查出肯尼迪的喉結(jié)下部有第二處傷口，其入口似鋼筆直徑一般大小。憑借多年的從醫(yī)經(jīng)驗，他可以確認(rèn)，總統(tǒng)頭部的兩處傷口，是前面兩次射擊的結(jié)果。

在書中，他大惑不解的是，后來政府公布的總統(tǒng)尸體的照片上，肯尼迪的頭部卻被做了手腳，書中這樣寫道：“總統(tǒng)顱骨后部皮層被拉過來蓋在傷口上，其右邊約10厘米的傷口經(jīng)過外科修整已并不明顯，這很容易使人們相信子彈是從總統(tǒng)的背后射來的?！?

疑點讓人無法解釋，也使很多人不敢來解釋。當(dāng)然，這還僅僅是肯尼迪刺殺案的一個小疑點，但這一疑點的被揭露，由此引發(fā)了后面更多與更大的疑點。根據(jù)聯(lián)邦調(diào)查局的調(diào)查報告，被奧斯瓦爾德所槍殺的警察的兇手是一名長著黑色卷發(fā)的青年男子，而奧斯瓦爾德是栗色頭發(fā)。

更讓人感到疑惑的是，聯(lián)邦調(diào)查局的報告說，奧斯瓦爾德殺害那名警察的手槍所射出的子彈與那名警察身上的子彈是一顆?？涩F(xiàn)場找到的一枚空彈殼與奧斯瓦爾德手槍的型號根本對不上?，F(xiàn)場目擊同事被殺的另外一名警察后來作證說，兇手的相貌與奧斯瓦爾德根本就有天壤之別。這個警察剛說完這樣的話，幾天后就在巡邏時被一顆子彈擊中要害身亡。另外一位目擊殺害那名警察的路人在后來的調(diào)查中說，兇手決不是奧斯瓦爾德。兩天后，他被一個陌生人用手槍襲擊頭部導(dǎo)致重傷，而在以后的審訊中他堅決承認(rèn)那個兇手就是奧斯瓦爾德。

一位叫羅杰·克雷格的現(xiàn)場目擊者說，奧斯瓦爾德根本就不是一個人在戰(zhàn)斗。他還發(fā)現(xiàn)奧斯瓦爾德的一名同伙，并且記住了他的相貌。但不久后，他遭到槍擊，雖然這一次被他躲過，可12年后，他被闖進(jìn)家中的幾個陌生人用槍殺掉。一名報社的女記者曾到達(dá)拉斯監(jiān)獄對槍殺奧斯瓦爾德的兇手杰克·魯比進(jìn)行采訪，但不久后，她就在家暴死。杰克·魯比于1967年1月患癌癥在監(jiān)獄中死亡?？膳R死前他曾說：入獄后，有人做了手腳，人為地使他患上了癌癥?！哆_(dá)拉斯時代先驅(qū)報》的兩名記者在杰克·魯比槍殺奧斯瓦爾德之后，到杰克·魯比家進(jìn)行過調(diào)查采訪。但不久，一名記者在自己的家中被槍殺；而另一名則因警察手槍“走火”而“誤殺”。

肯尼迪刺殺案仿佛就是一個死神，把所有與它有關(guān)之人全都牽扯進(jìn)來。但這個世界上沒有死神，也就是說，這根本就不是一件如聯(lián)邦調(diào)查局和那個調(diào)查小組所說的只是奧斯瓦爾德個人的精神病行為。

難道是FBI疏忽大意，把真正的兇手放掉了？