其實(shí)，在豬灣事件上，肯尼迪對(duì)中情局大有意見(jiàn)，中情局對(duì)肯尼迪更有意見(jiàn)，而且非常大。在豬灣事件后的調(diào)查中，中情局被問(wèn)到任務(wù)為什么會(huì)失敗的時(shí)候，有人在暗地里大罵肯尼迪是個(gè)雜種。它故意把自己當(dāng)時(shí)的預(yù)測(cè)——據(jù)中情局當(dāng)時(shí)估計(jì)，只要古巴旅一登陸，就會(huì)有2500名參加者，2萬(wàn)名同情者，至少有占古巴人口總數(shù)25%的人給予各種形式的支持——給隱瞞，而是責(zé)怪豬灣行動(dòng)期間，肯尼迪總統(tǒng)在中情局的強(qiáng)烈要求下居然不出軍隊(duì)?？芍星榫滞耍夏岬显缭谪i灣行動(dòng)前就公開(kāi)說(shuō)過(guò)，美國(guó)軍隊(duì)將不會(huì)參加對(duì)古巴的入侵。但肯尼迪當(dāng)時(shí)只是這么一說(shuō)，并不是真的見(jiàn)死不救。至少中情局是這樣認(rèn)為的，可肯尼迪后來(lái)發(fā)現(xiàn)如果出動(dòng)軍隊(duì)將是一個(gè)嚴(yán)重的錯(cuò)誤，所以，他真的如中情局所說(shuō)的那樣見(jiàn)死不救了。

中情局對(duì)肯尼迪的這一行為非常懊惱，一位中情局官員這樣寫道：自1949年共產(chǎn)黨在中國(guó)掌權(quán)以來(lái)，沒(méi)有哪件事像豬灣慘敗對(duì)美國(guó)及其盟友產(chǎn)生過(guò)這樣大的影響。由此之后，歐洲有了柏林墻，導(dǎo)彈危機(jī)發(fā)生，游擊戰(zhàn)遍及拉丁美洲和非洲——仿佛打開(kāi)了潘多拉的匣子。

這就是中情局的觀點(diǎn)，因?yàn)榭夏岬喜粚?duì)他們施以援手，所以，豬灣失敗的責(zé)任應(yīng)該由肯尼迪來(lái)負(fù)，而這之后發(fā)生的所有危機(jī)的責(zé)任也該由肯尼迪來(lái)背。

中情局儼然就像個(gè)怨婦，而肯尼迪就是那個(gè)拋棄它的男人。但是，中情局又不是一個(gè)善良的怨婦，它一面咒罵肯尼迪，一面卻仍舊在對(duì)古巴進(jìn)行秘密行動(dòng)。對(duì)卡斯特羅的暗殺，對(duì)古巴連續(xù)發(fā)動(dòng)小規(guī)模的騷擾性襲擊，前面談到的要把卡斯特羅的胡子拿到美國(guó)也是中情局的計(jì)劃之一。1962年10月，中情局在沒(méi)有得到任何授權(quán)的情況下向古巴派出了3支突擊隊(duì)。知道這一情況的司法部長(zhǎng)羅伯特·肯尼迪大發(fā)雷霆，恨不得吃了中情局?？夏岬峡偨y(tǒng)立即做出反應(yīng)，要求中情局立即停止對(duì)古巴的秘密行動(dòng)，但中情局置若罔聞。羅伯特·肯尼迪后來(lái)居然動(dòng)用聯(lián)邦調(diào)查局的力量去襲擊中情局在美國(guó)偏僻地點(diǎn)的古巴流亡分子訓(xùn)練隊(duì)，這更讓中情局與肯尼迪的仇恨大大增加。其實(shí)，雖然中情局經(jīng)過(guò)十年的發(fā)展已經(jīng)有了足夠與白宮抗衡的實(shí)力，但它畢竟是美國(guó)政治的一部分，肯尼迪想要搞掉它，也不是一件難事。關(guān)鍵就在于，負(fù)責(zé)處理中情局的羅伯特·肯尼迪太忙了，作為司法部長(zhǎng)，他有很多事情要忙，只能分出一點(diǎn)精力來(lái)對(duì)付中情局。而中情局多年以來(lái)的秘密行動(dòng)幾乎很少通過(guò)總統(tǒng)，這種習(xí)慣一旦成為自然，他們的膽子大起來(lái)，就會(huì)使用各種秘密方式來(lái)采取行動(dòng)。所以，肯尼迪沒(méi)有讓得力的人直接控制他們，再加上他在那段時(shí)間主要把精力放在了連任上，所以，事情就很難得到解決了。