就在五家機(jī)構(gòu)的古物、圖書(shū)、檔案等倉(cāng)皇運(yùn)臺(tái)的同時(shí)，翁文灝見(jiàn)國(guó)民黨大勢(shì)已去，遂決定獨(dú)自開(kāi)溜，于1948年11月26日辭行政院長(zhǎng)職，由孫科繼任并重新組閣。混亂中，原決定中央研究院各所人員全部遷臺(tái)的計(jì)劃竟沒(méi)有幾人響應(yīng)，多數(shù)人員仍要在南京、上?！办o觀待變”。陶孟和等人則明確反對(duì)遷臺(tái)，堅(jiān)持要留在大陸，靜候共產(chǎn)黨軍隊(duì)到來(lái)接收。11月30日，陶孟和參加在京人員談話會(huì)時(shí)，見(jiàn)不可一世的國(guó)民黨大佬與一群公公婆婆即將倒下，感到自己終于可以吐一口惡氣，倒一倒若干年來(lái)肚中的苦水了。遂腰桿子突然硬將了起來(lái)，毫不客氣地對(duì)朱家驊說(shuō)：“搬不搬要同全所同人商量，以多數(shù)人意見(jiàn)為依歸?！盵11]

12月9日，面對(duì)朱家驊的催促，陶氏以所務(wù)會(huì)已開(kāi)過(guò)，“全所人員多一票”決定不遷回復(fù)。朱氏聽(tīng)罷又急又怒，當(dāng)場(chǎng)以“出席人員中包括助理研究員，不符合規(guī)定”為理由，強(qiáng)行令全所搬遷，但陶卻置之不理，并以各種辦法拖延。面對(duì)朱家驊步步進(jìn)逼，陶孟和給社會(huì)學(xué)所的同仁打氣說(shuō)：“朱家驊是我的學(xué)生，我可以頂他，他不敢把我怎么樣?！盵12]意思是你們這些小的們不要怕，一切事由我這棵大樹(shù)頂著。1949年5月，竺可楨由杭州潛往上海，聽(tīng)任鴻雋、陳衡哲夫婦說(shuō)：“陶孟和頗贊成共產(chǎn)，近來(lái)大發(fā)議論，于首都陷落前赴京……”[13]此時(shí)的陶孟和決心拉著手下弟兄離開(kāi)即將崩盤(pán)的梁山泊聚義廳，棄暗投明，接受新一輪招安，因而朱家驊的一切努力皆成徒勞。

在中央研究院各研究所中，只有傅斯年主持的史語(yǔ)所在遷臺(tái)事宜上表現(xiàn)得較為積極，但真要離開(kāi)生于斯、長(zhǎng)于斯的家園，其彷徨、猶豫、痛苦也在心頭縈繞不去。據(jù)陳槃回憶：“當(dāng)首都倉(cāng)皇之日，時(shí)有陳布雷、段錫朋二氏之歿，師（傅斯年）因精神上大受刺激，悲觀之極，頓萌自殺之念。而師未于此時(shí)殉國(guó)者，賴傅夫人愛(ài)護(hù)防范之力也?！盵14]陳氏之說(shuō)后來(lái)得到了俞大綵的證實(shí)。當(dāng)時(shí)俞正準(zhǔn)備陪母親去廣州、香港就醫(yī)，傅斯年的弟弟傅孟博暗中勸俞不要離開(kāi)，俞大綵說(shuō)：“那時(shí)我的母親患嚴(yán)重心臟病住院，大姐大絪，以南京危在旦夕，決奉母先飛廣州，轉(zhuǎn)香港就醫(yī)，她要我同行，與她共同隨機(jī)照顧病母。我慮及孟真舊病復(fù)發(fā)，加以他感時(shí)憂國(guó)，情緒極劣。母親重病在身，長(zhǎng)途飛行，極感憂慮，左右為難，不知何所適從商之于孟真。他毫不遲疑地說(shuō)：‘你母親病情嚴(yán)重，此行如有不測(cè)，你未能盡孝，將遺恨終生。你非去不可，不要顧慮我?！衣哉醒b，準(zhǔn)備隔日啟程，當(dāng)夜孟博趕來(lái)痛哭流涕，責(zé)備我不該離開(kāi)孟真。他說(shuō)：‘你難道不知道哥哥隨身帶著一大瓶安眼藥，一旦匪軍攻入，他便服毒自盡么？那時(shí)，你將何以自處？骨肉情深，感人肺腑，我們相對(duì)涕泣，我便放棄了廣州之行?！盵15]

陳槃的回憶當(dāng)是可信的，與傅氏一度友善的北大教授、汪偽國(guó)民黨中央常委兼宣傳部長(zhǎng)，1941年后為蔣介石侍從室秘書(shū)、《中央日?qǐng)?bào)》總主筆陶希圣，也曾有過(guò)類似的回憶。陶說(shuō)：“在徐蚌戰(zhàn)事失利之后，我到雞鳴寺去看孟真；歷史語(yǔ)言研究所的圖書(shū)都在裝箱，他的辦公房?jī)?nèi)也是箱篋縱橫。他告訴我說(shuō)：‘現(xiàn)在沒(méi)有話說(shuō)，準(zhǔn)備一死?！S手的小篋里面藏著大量的安眠藥片?！盵16]