1919年4月，蔡元培又在北大成立了教務(wù)處和總務(wù)處，這是蔡元培實施教授治校體制的第三步。蔡元培開始改革時，加強各科學(xué)長的職責(zé)，由學(xué)長負(fù)責(zé)各科的行政、教學(xué)工作，但這只是過渡，因為這易造成學(xué)長權(quán)力的集中。按他的民主辦學(xué)的設(shè)想，是要按學(xué)校的行政、教務(wù)和事務(wù)方面分別設(shè)立各種相關(guān)的委員會，由有關(guān)教授分別領(lǐng)導(dǎo)，統(tǒng)一管理。大學(xué)的事務(wù)都由大學(xué)教授所組織的教育委員會主持，大學(xué)校長也由委員會選出。這樣一來，學(xué)校的民主根基牢固，內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)完備，在“城頭變幻大王旗”的軍閥混戰(zhàn)歲月里，無論外部形勢發(fā)生怎樣變化，也無論何人來任校長，都不能獨斷專行，禍害北大。即使照德國的辦法，一年換一個校長，也不成問題。

1919年3月，學(xué)校評議會通過了文理科教務(wù)處組織法，準(zhǔn)備成立教務(wù)處。教務(wù)處由各科教授會主任組成，從中推出一人任教務(wù)長，襄助校長領(lǐng)導(dǎo)全校教學(xué)，任期一年。原計劃這個組織法在該年暑假后與分系制一起實行，但因這時社會上攻擊北大甚猛，尤對陳獨秀特別激烈，蔡元培為避鋒芒，緩和氣氛，決定提前實行文理科教務(wù)處組織法。4月8日，蔡元培召集有關(guān)會議，籌組教務(wù)處，選舉教務(wù)長。馬寅初當(dāng)選為北大的第一任教務(wù)長。

在成立教務(wù)處的同時，北大還成立了總務(wù)處，主管全校的人事和財政。首任總務(wù)長蔣夢麟后來也做到北大校長，對北大的發(fā)展作出過重大貢獻(xiàn)，有很不錯的口碑。

1919年9月，蔡元培經(jīng)五四運動后返校任職，進一步調(diào)整了北大的學(xué)校組織。到年底，北大除仍設(shè)評議會為全校最高的立法機關(guān)和權(quán)力機關(guān)外，還設(shè)行政會議、教務(wù)會議和教務(wù)處、總務(wù)處等幾個重要機構(gòu)，基本確立了一套完備的民主治校的領(lǐng)導(dǎo)體制，達(dá)到了民主治校的目的。正如蔡元培后來在北大25周年紀(jì)念會上所指出：“凡此種種設(shè)施，都是謀以專門學(xué)者為本校主體，使不至因校長一人之更迭而搖動全校?！奔磳W(xué)校領(lǐng)導(dǎo)體制的改革，目的是要使專門學(xué)者即教授成為大學(xué)的“主體”，成為學(xué)校辦學(xué)的管理者，保證民主辦學(xué)制度的實施，防止學(xué)校少數(shù)人專權(quán)。教授治校調(diào)動了廣大教師的積極性，提高了辦事效率和教學(xué)質(zhì)量。北大教授對此很滿意，經(jīng)常有人回憶起這段民主的歲月。顧孟余先生在《憶蔡孑民先生》一文中說：“先生掌北大數(shù)年，以政治環(huán)境關(guān)系，在校之時少，而離校之時多。離校之時，校務(wù)不但不陷停頓，且能依計劃以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會等之制度。此制度之精神，在以教授治理校務(wù)，用民治制度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事業(yè)。然非校長之清公雅量，則此制度不克成立；非師生絕對信賴校長，此制度不易推行也?！?/p>