蔡元培認(rèn)為人才難得，擇才要從大處著眼，“對(duì)于教員，以學(xué)詣為主”。正像前述對(duì)待陳獨(dú)秀一樣，對(duì)于個(gè)別私行失檢的人，只要不荒廢功課和“不誘學(xué)生而與之墮落”，也不求全責(zé)備，但對(duì)于那些不學(xué)無術(shù)、德行又差者，則決不姑息遷就，不論資歷不論中外，一律辭退。1919年前后，北大就解聘了好幾個(gè)學(xué)問雖高而生活糜爛的教授，如當(dāng)時(shí)北大有一品行不端的自號(hào)為“深艷團(tuán)”團(tuán)長(zhǎng)的年輕英文教員徐佩銑，就被解聘掉了。另一些由外國(guó)使館介紹過來的不稱職的教員，也被蔡元培解聘。個(gè)別英藉教員胡攪蠻纏，先是要求續(xù)聘，被拒絕，繼而又想敲詐兩年薪俸，仍被拒絕，最后動(dòng)用英國(guó)公使朱爾典威脅蔡元培：“我看你蔡元培還能做幾天校長(zhǎng)？”蔡元培一笑置之。另一法國(guó)教員竟要和蔡元培對(duì)薄公堂，蔡請(qǐng)王寵惠出庭，大獲全勝，于是洋人不得不口服心服。

蔡元培的兼容并包思想更重要地還體現(xiàn)在對(duì)待各種學(xué)術(shù)文化思想方面，即思想自由、學(xué)術(shù)自由，這是他兼容并包主義的支柱和核心。正是有了這一點(diǎn)，囊括大典和網(wǎng)羅眾家才有了實(shí)際的內(nèi)容。他認(rèn)為，學(xué)術(shù)上的各種派別，都是相對(duì)的，不是絕對(duì)的。所以每一種學(xué)科的教員，即使主張不同，只要言之成理，持之有故，就應(yīng)該讓他們存在，使學(xué)生有選擇余地?！耙患褐畬W(xué)說，不得束縛他人；而他人之學(xué)說，亦不束縛一己。誠(chéng)如是，則科學(xué)、社會(huì)學(xué)等，將均任吾人自由討論矣?！彼浅Ｐ蕾p古人所說的“萬物并育而不相害，道并行而不相?！边@兩句話，主張對(duì)于教師，“茍其確有所見，而言之成理，則雖在一校之中，兩相反對(duì)之學(xué)說，不妨同時(shí)并行”，“此大學(xué)之所以為大也”。他在后來追憶在北京大學(xué)的經(jīng)歷時(shí)還說：“我對(duì)于各家學(xué)說，依各國(guó)大學(xué)通例，循思想自由原則，兼容并包。無論何種學(xué)派，茍其言之成理，持之有故，尚不達(dá)自然淘汰之命運(yùn)，即使彼此相反，也聽它們自由發(fā)展。”

兼容并包，不是隨便說出并可以做到的，它反映了一種氣度、一種胸懷，需要一往無前的勇氣和必勝的信念。在新舊勢(shì)力激烈交鋒的當(dāng)時(shí)來說，更反映了推行者對(duì)新文化的一種堅(jiān)定的自信。

在政治舞臺(tái)上摸爬滾打過多年的蔡元培，深知政治和學(xué)術(shù)的關(guān)系，因而能夠把政治和學(xué)術(shù)分得很開。他知道學(xué)術(shù)不同于政治，其興衰變遷，不能簡(jiǎn)單對(duì)待，知道海納百川、有容乃大的道理，因而對(duì)于各種學(xué)術(shù)思想、主張之存亡消長(zhǎng)，保持一種超然的態(tài)度。這種超然是一種大度，但決不是騎墻或和稀泥。蔡元培自己的學(xué)術(shù)觀點(diǎn)鮮明，支持新文化運(yùn)動(dòng)的觀點(diǎn)亦很鮮明，但作為一校之長(zhǎng)，他沒有簡(jiǎn)單地對(duì)待他所不贊成的東西，而是讓它們?cè)谂c新事物的競(jìng)爭(zhēng)中自然淘汰。這種辦法，比對(duì)不同觀點(diǎn)采取簡(jiǎn)單批判、打倒的辦法高明了許多。思想文化上的東西，并不是說打倒就打倒的，有的是打而不倒；或者一時(shí)打倒了，不久又活過來。簡(jiǎn)單打倒的毛病還有一點(diǎn)，就是對(duì)于舊事物合理的東西一時(shí)不易發(fā)現(xiàn)和繼承下來，就像倒洗澡水把孩子和臟水一并倒掉一樣，而新思想不能在與舊思想斗爭(zhēng)過程中得到鍛煉，發(fā)現(xiàn)問題。簡(jiǎn)單對(duì)待某種思想的做法，是基于一種對(duì)其他人不信任的心理，以個(gè)人或幾個(gè)人的價(jià)值判斷，代替其他人的選擇，因而毛病甚多。

蔡元培的兼容并包思想，也使一些舊派教員折服。五四運(yùn)動(dòng)爆發(fā)后，蔡元培被迫辭職，當(dāng)局欲找一些北大的舊派作些落井下石的文章，而向來大罵新派的黃侃卻站在了挽留蔡元培的行列。他對(duì)人說：“余與蔡孑民志不同，道不合；然蔡去余亦決不愿留。因環(huán)顧中國(guó)，除蔡孑民外，亦無能用余之人。”黃老先生也應(yīng)算蔡元培的知音。