袁世凱不僅制定了嚴明的軍律，而且在執(zhí)行的時候一絲不茍，不給任何情面。一次，袁世凱觀看野戰(zhàn)演習，頗為不滿，立刻對帶兵的高級軍官龔友元、任永清、馮國璋、曹錕等十余人一起處罰，有功者均銷去記功一次，無功者先行記過一次。步兵營統(tǒng)帶徐邦杰因沒有對原募兵士的部分籍貫查明更正，犯了玩忽職守罪，被銷去記功一次；左隊領官趙國賢，降為代理。

袁世凱為了嚴肅軍紀，形成軍隊絕對服從命令的思想，大量重用親信，以更好效忠自己。袁世凱所用之人，據學者考證，大抵為以下三類：第一類是追隨他多年的“親朋舊部”，如劉永慶，袁表弟，擔任新建陸軍糧餉局總辦兼轉運局總辦，掌管全軍糧餉軍械大權；吳長純，袁世凱老部下，擔任新建陸軍步兵右翼第二營統(tǒng)帶。還有吳鳳嶺、雷震春、江朝宗、王同玉、趙國賢、王鳳崗、徐邦杰、唐天喜等人親朋舊部，都得到高升，分別擔任了新建陸軍的統(tǒng)帶、領官、哨官和哨長等職。第二類是北洋武備學堂的畢業(yè)生。李鴻章創(chuàng)辦的北洋武備學堂，是當時國內最大的一所陸軍學堂，畢業(yè)的學生大多能掌握一些近代軍事技術，但不受重用，畢業(yè)后大多被派入淮軍中長期擔任教習，無實權，升遷慢。袁世凱將他們召至新軍后，破格提拔，授以訓練或指揮大權，從而實現他們的抱負，也更加效忠袁世凱。這些人中著名的有王士珍、段祺瑞、馮國璋、曹錕、張懷芝、段芝貴等，這些人在袁世凱的提攜下，后來都成為北洋的中堅力量。第三類是淮軍舊將。袁世凱向以淮軍的后繼人自視，廣為招納淮軍舊將。如重用曾隸袁甲三部鎮(zhèn)壓捻軍的姜桂題，重用原是宋慶軍的張勛，重用原是淮軍勝字左軍的任永清，對李鴻章推薦的淮軍人才阮忠樞也格外器重，收為幕僚。