1917年1月1日，陳獨(dú)秀在《新青年》第二卷第五號(hào)上發(fā)表了《蔡孑民先生在信教自由會(huì)之演說(shuō)》一文。這是1916年12月26日蔡元培的演說(shuō)。陳獨(dú)秀記得，這天正是蔡公去旅社看他的日子。雖然即將和蔡元培一起共事，但在一些問(wèn)題的看法上，陳獨(dú)秀和蔡元培并不一樣。如蔡元培不反對(duì)孔子和宗教，陳獨(dú)秀是既反對(duì)孔子，也反對(duì)宗教。蔡元培說(shuō)：“孔子是孔子，宗教是宗教，國(guó)家是國(guó)家：義理各別，勿能強(qiáng)作一談。”陳獨(dú)秀說(shuō)：“蔡先生不反對(duì)孔子，更不絕對(duì)反對(duì)宗教，此余之所不同也?！?/p>

在這期《新青年》上，陳獨(dú)秀發(fā)表了《再論孔教問(wèn)題》，提出了和蔡元培不同的觀點(diǎn)，主張廢棄宗教。他說(shuō)：余之信仰。人類將來(lái)真實(shí)之信解行證，必以科學(xué)為正軌，一切宗教，皆在廢棄之列。吾愛(ài)先生，更愛(ài)真理。在對(duì)待學(xué)問(wèn)和朋友的關(guān)系上，陳獨(dú)秀和后來(lái)胡適反對(duì)蔡元培的紅學(xué)觀點(diǎn)，不謀而合。

3月1日，陳獨(dú)秀在《新青年》第三卷第一號(hào)發(fā)表《答俞頌華（宗教與孔子）》，改變了廢棄宗教的觀點(diǎn)，說(shuō)：“竊以宗教之根本作用，重在出世間，使人生擾攘之精神有所寄托耳?！彼麖?qiáng)調(diào)宗教的作用不在“人世間”，否定宗教對(duì)于人生行為發(fā)生作用。

5月1日，陳獨(dú)秀在《新青年》第三卷第三號(hào)發(fā)表《再答俞頌華（孔教）》，繼續(xù)談宗教的弊端：“今之人類（不但中國(guó)人）是否可以完全拋棄宗教，本非片言可以武斷?！痹谶@封信里，陳獨(dú)秀主張以美術(shù)哲學(xué)代替宗教的作用。他說(shuō)：“至于宗教之有益部分，竊謂美術(shù)哲學(xué)可以代之。即無(wú)宗教，吾人亦未必精神上無(wú)所信仰，謂吾人不可無(wú)信仰心則可，謂吾人不可無(wú)宗教信仰，恐未必然。” 

一旦美術(shù)可以代替宗教，則從根本上否認(rèn)了宗教存在的意義。陳獨(dú)秀不信“倫理的宗教”，認(rèn)為倫理不是宗教范疇。

1918年2月15日，陳獨(dú)秀在《新青年》第四卷第二號(hào)發(fā)表《人生真義》，在談到“人生在世，究竟為的甚么？究竟應(yīng)該怎樣？”時(shí)說(shuō)，像那佛教家說(shuō)：世界本來(lái)是個(gè)幻象，人生本來(lái)無(wú)生；“真如”本性為“無(wú)明”所迷，才現(xiàn)出一切生滅幻象；一旦“無(wú)明”滅，一切生滅幻象都沒(méi)有了，還有甚么世界，還有甚么人生呢？ 

這樣，陳獨(dú)秀在人生觀上否定了佛教，同時(shí)，他還否定了基督教、孔子、墨子、楊朱、老子的人生觀。

成都府中學(xué)堂教習(xí)吳虞看了《新青年》雜志談孔子的文章，非常高興。吳虞沒(méi)有見(jiàn)過(guò)陳獨(dú)秀，潘力山告訴他：“陳獨(dú)秀，我知道，大約四十來(lái)歲，安徽人。辛亥革命前，喜歡讀《易經(jīng)》，寫(xiě)一手好小篆。在杭州作了不少游山玩水的詩(shī)。辛亥革命后，到處講學(xué)，個(gè)性發(fā)生了很大變化。”

吳虞（1872～1949），字又陵，成都市新繁（今新都）人。他于1906年游東京，回四川后，常以中國(guó)古書(shū)與西方學(xué)者的著作，以及歐美各國(guó)憲法、民刑法比勘閱讀。十年來(lái)，寫(xiě)了不少非孔非莊的文章，成都不愿刊登。他打算有空依次抄錄，寄給陳獨(dú)秀。他在給陳獨(dú)秀的信中，談到自己的文章被禁登的情況：“拙撰宋元學(xué)粹語(yǔ)例言引李卓吾語(yǔ)，前清學(xué)部曾令趙學(xué)政啟霖查禁。癸丑在成都醒群報(bào)投筆記稿，又由內(nèi)務(wù)部朱啟鈐電令封禁（此次方準(zhǔn)啟封）。故關(guān)于非儒之作，成都報(bào)紙不甚敢登載?！薄蛾惇?dú)秀書(shū)信集》，第70頁(yè)，北京，新華出版社，1987。

對(duì)于吳虞，陳獨(dú)秀并不陌生。一年前，陳獨(dú)秀幫章士釗編《甲寅》，曾編過(guò)吳虞自四川寄來(lái)的《辛亥雜詩(shī)》。收到吳虞的信，陳獨(dú)秀立即寫(xiě)了回信，在1917年1月1日《新青年》第二卷第五號(hào)上發(fā)表。他寫(xiě)道：

竊以無(wú)論何種學(xué)派，均不能定為一尊，以阻礙思想文化之自由發(fā)展。況儒術(shù)孔道，非無(wú)優(yōu)點(diǎn)，而缺點(diǎn)則正多。尤與近世文明社會(huì)絕不相容者，其一貫倫理政治之綱常階級(jí)說(shuō)也。此不攻破，吾國(guó)之政治、法律，社會(huì)道德，俱無(wú)由出黑暗而入光明。神州大氣，腐穢蝕人。西望峨眉，遠(yuǎn)在天外。瞻仰弗及，我勞如何！ 

吳虞這年45歲，比陳獨(dú)秀大7歲?！罢把龈ゼ?，我勞如何”，表示陳獨(dú)秀遙望西方，卻無(wú)法看到心中尊敬的人。