隨著更多的HIV病毒株的基因組序列被測定，人們發(fā)現HIV非常容易發(fā)生突變，從不同艾滋病人身上分離出的HIV序列存在較大的差異，而蒙塔尼和蓋洛實驗室分離的HIV病毒株的序列幾乎一致是很不正常的，這就不能不讓人懷疑蓋洛實驗室實際上是用了蒙塔尼實驗室提供的病毒株。為此，1985年12月，巴斯德研究所向美國法庭起訴，控告蓋洛實驗室和美國國家癌癥研究所違反合同，將他們提供的LAV株用于商業(yè)用途，要求把檢測專利授予巴斯德研究所。這場官司持續(xù)了一年多，驚動了美國總統里根和法國總統密特朗，在他們的主持下，雙方于1987年3月底達成協議，平分專利費。

艾滋病毒檢測專利的問題雖然解決了，但是艾滋病毒發(fā)現權的問題并沒有解決：蓋洛實驗室是否盜用了蒙塔尼實驗室的病毒株？蓋洛起初否認二者是同一個病毒株，后來不得不承認二者相同后，又反過來指控蒙塔尼實驗室盜用了他的病毒株，他們不是曾經來向他要過HTLV病毒株嗎？這個反指控非?？尚?，蒙塔尼實驗室在收到蓋洛實驗室提供的HTLV病毒株之前，已經發(fā)表了發(fā)現艾滋病毒的論文了。蓋洛實驗室的艾滋病毒株據稱是米庫拉斯·波波維克（Mikulas Popovic）分離出來的，對其來源波波維克一直含糊其詞，后來干脆說是從許多患者的混合血液中分離的，這種分離方法是很不正常的。1986年5月，蓋洛實驗室在《科學》發(fā)了個更正，他們1984年5月4日登在《科學》上的論文中，誤把法國人提供的LAV株的照片當成了HTLV-3株的照片。

這究竟是個無意的失誤，還是有意的造假呢？隨著雙方庭外和解，似乎不值得再去追究了。但是，事態(tài)才平息了兩年多，《芝加哥論壇報》的一篇文章又把蓋子給掀開了?！吨ゼ痈缯搲瘓蟆酚浾?、普利策獎獲得者約翰·克魯德森（John Crewdson）在1989年11月19日發(fā)表長篇報道，揭露蓋洛剽竊巴斯德研究所的艾滋病毒研究成果。這篇報道迫使美國政府調查此事。1992年，美國衛(wèi)生與人類服務部科研誠信辦公室認定蓋洛和波波維克有不端行為。但是到1993年11月，據稱在美國政府高層的干預下，科研誠信辦公室撤銷了對蓋洛和波波維克的指控，因為根據“新標準”，現有的證據不足以證明他們有不端行為。

1994年7月11日，美國衛(wèi)生部終于承認“巴斯德研究所提供的病毒在1984年被美國國家衛(wèi)生研究院的科學家用以發(fā)明美國HIV檢測工具”，并同意讓巴斯德研究所分享更多的專利費。這一年蓋洛離開了國家癌癥研究所，到馬里蘭大學任教，不過每年還能收取10萬美元的專利費。

這個事件并不止是兩個實驗室在爭奪學術榮譽，更是兩個國家在爭奪國家榮譽和市場，艾滋病毒檢測方法很快被用以血液的篩查，當時每年能有幾百萬美元的專利收入。美國政府一開始就強挺蓋洛，所以蓋洛的專利申請比法國的晚了幾個月卻能獲得專利，在事情敗露之后又采取息事寧人的做法，拖了10年，由于媒體的介入，才有了官方調查和結論。蓋洛實驗室的利益變成了美國政府的利益，這造成了嚴重的后果?？蒲姓\信辦公室曾經嚴厲批評蓋洛的所作所為“嚴重地阻礙了艾滋病研究的進展”，但蓋洛的所作所為還不是因為有政府的撐腰？