有時有些人會說，達爾文的進化論是以循環(huán)論證為基礎(chǔ)的。若適應性（fitness）是以生存與成功繁殖來衡量，那么“適者生存”就沒有意義了。達爾文也知道天擇完全不能使植物或動物更好，它只是讓物種能在特定的環(huán)境與生活方式中茁壯成長。達爾文揚棄一般所接受的創(chuàng)造階梯論，即“眾生序列”（Great Chain of Being）所代表的人類沙文主義，這種論點將所有生物從最簡單的，一直往上排到最高位——人類。達爾文率先了解到，每一個活物種都能回溯至單一來源——我們都是枝杈茂密的生命樹上的小樹枝。對他而言，物種并沒有高低之分，它們只是適應不同的環(huán)境與生活方式而已。

達爾文也是在《 人類的由來 》中，首度集中探討在演化引擎中極重要的成分——性擇。他率先了解到，由于演化的關(guān)鍵在于成功的繁殖，比較可能促使交配成功的特色將會演化得特別快、特別驚人。達爾文了解性擇解釋了許多大自然最驚人的展示，例如雄鹿巨大的角、孔雀優(yōu)美的尾巴、雄性競爭激烈的戰(zhàn)斗，還有我們自己的第二性征，像胡須與乳房。今天我們已知性擇的基礎(chǔ)不僅是雄性的競爭而已，還有雌性的選擇，以及性擇會塑造繁殖的所有細節(jié)，從生殖器官的形狀、大小與色彩到交配行為的錯綜復雜都包含在內(nèi)。

一個理論最嚴格的測試，也許就在于它成功預測的能力。達爾文的理論使他相信開花植物與協(xié)助它們授粉的昆蟲，是一起進化的。他研究過許多種只能由特定種類的黃蜂、蜜蜂或蛾進行授粉的植物。因此當他知道馬達加斯加島的某種蘭花，是將花蜜儲存于30厘米長的管底時，他就預測會有一種蛾的吸管在伸展后也會達到相同的長度。專家嘲笑這種說法，然而在大約40年后，真的有人發(fā)現(xiàn)一種蛾擁有這種不可思議的器官?，F(xiàn)代的進化理論利用先進的數(shù)學來計算種群中基因的變化頻率，如今它已能推論出更具體的預測，例如群居昆蟲明顯的利他行為，是以高度親緣關(guān)系為基礎(chǔ)的。

從一開始，達爾文的理論就掀起普遍的敵意、抗拒與嘲弄。不過它也面臨嚴峻的科學挑戰(zhàn)。最重要的威脅來源令人意外，那就是當時的物理學家?？藸栁木羰浚↙ord Kelvin）與其他頂尖的物理學家，拿著熱力學定律作為武器，嚴厲批評達爾文演化論的必要背景 —— 時間。克爾文計算太陽必然在不久前還非常熱，之后才快速冷卻。他指出地球的歷史不會超過3000萬年，因為它從熔化狀態(tài)到冷卻需要這么久的時間。這段時間比《 圣經(jīng) 》所承認的6000年還多，但比天擇所需的時間少得多。大多數(shù)的地質(zhì)學者都支持克爾文看似無法反駁的數(shù)字。達爾文與他的信奉者奮力將我們現(xiàn)在所知的超過30億年的演化，塞進克爾文設(shè)下的限制內(nèi)，可惜并未成功。1871年，達爾文在寫給華萊士的信中說：“我還未能消化太陽與地球年齡變短的基本概念?！钡搅?873年，克爾文輕蔑地描述達爾文理論為徹底失敗。

最后證明正確的是頭腦不清晰的生物學家，而非思路清晰的物理學家。很不幸的是，達爾文在貝克勒（Becquerel）發(fā)現(xiàn)放射能之前15年就已去世。到了下一世紀，居里夫婦及其后的盧瑟福證明了放射性元素是克爾文夢想不到的強大能量來源。它們使他的計算顯得無關(guān)緊要，也讓天擇有時間完成它的工作。

目前仍在辯論中的一個爭議，是達爾文賦予漸變（gradual change）的核心角色。他知道化石記錄似乎經(jīng)常訴說不同的故事，那就是長期的穩(wěn)定被劇變所打斷。達爾文詳細正確地指出化石記錄的不完整性。他預測我們終究會發(fā)現(xiàn)過渡物種，可以填滿緩慢持續(xù)的變化史，他的一些預測是正確的。不過今天大多數(shù)的生物學家傾向于采納由艾爾德諾基（Niles Eldredge）與古爾德（Stephen Jay Gould）于1977年所提出的疾變平衡論（Punctuated Equilibrium）。他們的論點是演化通常如巨浪般移動：長期的相對穩(wěn)定性被自然與物種混合的劇變打斷。我們現(xiàn)在知道有些最大的間斷（大多數(shù)的現(xiàn)存物種消失，最終被新物種所取代）是大災難造成的，例如巨大的小行星撞擊地球。

如同今天的基因改造農(nóng)作物，達爾文的競爭與天擇概念也不限于它們原本的領(lǐng)域。神學家最先跳出來反對這些概念侵入他們的領(lǐng)域，展開了一場至今創(chuàng)世論者仍奮戰(zhàn)不休的戰(zhàn)役。盡管有神學家的反對，它也不是達爾文的本意，可他所論述的“競爭無所不在”與“適者生存”的觀點，仍迅速滲入幾乎人類思想的所有領(lǐng)域，包括人類學、經(jīng)濟與政治等，不勝枚舉。在許多情況下，它們被用來佐證歧視、種族主義與殘酷資本主義的正當性。痛恨奴隸制度與任何一種殘忍行為的達爾文，肯定會對這樣的結(jié)果感到驚駭。然而，他可能也會對他這些創(chuàng)見普遍化后的一些結(jié)果感興趣，例如，今天，天擇被用來解釋在由彼此競爭且自我復制的分子所構(gòu)成的原始世界中，生命究竟是如何開始的。有些宇宙學家主張，我們這個穩(wěn)定且適合居住的宇宙是從無數(shù)宇宙中選出來的，那些宇宙在誕生時大多運氣不佳，所含的粒子與作用力較不適宜。

達爾文熱愛大自然豐富的形態(tài)與特征。他在研究后發(fā)現(xiàn)，這當中有一個簡單的過程在運作，此過程不僅普遍、持久且力量強大，并足以解釋所有生物的生存與特性，包括我們?nèi)祟愒趦?nèi)。對于達爾文的觀念所造成的沖擊，基因?qū)W家多布贊斯基（Theodosias Dobzhansky）所做的評估可能是最貼切的，他只簡單地說：“若無進化論，生物學的一切均毫無意義。”然而，最能總結(jié)達爾文這些遠見的，莫過于他本人：

此生命觀有其偉大之處，有數(shù)種力量最初已被注入一些或一個生命形式當中；正當?shù)厍蜻@個行星根據(jù)不變的重力定律循環(huán)運行時，生命就從如此簡單的形式開始，持續(xù)演化出無限種瑰麗美妙的生命形式。