但是，一旦最初的突襲效果逐漸減弱后，南方集團(tuán)軍群將面臨著蘇軍越來越猛烈的抵抗。由于蘇聯(lián)最高統(tǒng)帥部錯(cuò)誤地認(rèn)為德軍的主攻目標(biāo)是烏克蘭，因此一部分紅軍精銳部隊(duì)被劃給米哈伊爾·彼得洛維奇·基爾波諾斯上將的西南方面軍，導(dǎo)致蘇聯(lián)在前線的實(shí)力大打折扣。好在德軍沒有取得突破。早在6月27日，南方集團(tuán)軍群已經(jīng)進(jìn)行了調(diào)整，德軍的作戰(zhàn)構(gòu)想已經(jīng)從最初野心勃勃的包圍圈降低了一個(gè)層次。第1裝甲集群的推進(jìn)目標(biāo)已經(jīng)不再遠(yuǎn)至基輔，現(xiàn)在轉(zhuǎn)向南部，目標(biāo)指向基輔市西部161公里處。7月中旬，盡管不斷遭受波塔波夫?qū)④娐暑I(lǐng)的第5集團(tuán)軍的騷擾，德軍第1裝甲集群最后還是突入了西南方面軍北翼，隨后適時(shí)掉轉(zhuǎn)方向，向南部推進(jìn)。斯大林拒絕蘇軍向?yàn)蹩颂m中部地區(qū)撤退。1941年8月初，在第11集團(tuán)軍和第17集團(tuán)軍的通力協(xié)作下，德軍第1裝甲集群在烏曼發(fā)動(dòng)了大規(guī)模殲滅戰(zhàn)。此次行動(dòng)摧毀了蘇軍第6、第12集團(tuán)軍全部以及第18集團(tuán)軍的一部分，俘虜了萬蘇軍，在西南方面軍的防線上撕開了一個(gè)缺口。截至1941年8月，龍德施泰特所轄南方集團(tuán)軍群的陣地形勢(shì)得到大幅度改善，但他們并沒有渡過第聶伯河。此外，希特勒對(duì)北翼的擔(dān)心也將對(duì)戰(zhàn)役的發(fā)展產(chǎn)生重大影響。

至1941年7月底，蘇軍陣地已經(jīng)岌岌可危。8月1日，在斯摩棱斯克包圍圈中堅(jiān)持了兩周的抵抗行動(dòng)已經(jīng)結(jié)束。德軍距離莫斯科僅僅402公里，蘇軍傷亡或被俘人數(shù)已經(jīng)突破了200萬。僅通過一次戰(zhàn)役擊敗蘇聯(lián)的目標(biāo)似乎指日可待，只是時(shí)間早晚的問題，地理?xiàng)l件、距離以及時(shí)間方面的困難已被完全克服。哈爾德將軍認(rèn)為，經(jīng)過短暫停留并接受補(bǔ)給之后，德軍的主攻目標(biāo)應(yīng)該集中于莫斯科，大多數(shù)陸軍司令官都支持他的觀點(diǎn)。哈爾德將軍還認(rèn)為，莫斯科的重要性將迫使蘇軍奮力保衛(wèi)莫斯科，根本無暇顧及其他地區(qū)的形勢(shì)。在哈爾德看來，只需通過一次包圍與殲滅戰(zhàn)，就可全部殲滅蘇軍。事實(shí)上，莫斯科本身并非德軍的目標(biāo)，但進(jìn)攻莫斯科卻是德軍取得戰(zhàn)略勝利的方法。然而，7月19日，希特勒下達(dá)“第33號(hào)元首指令”，調(diào)撥第3裝甲集群前往北部支援北方集團(tuán)軍群，對(duì)列寧格勒發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，同時(shí)調(diào)動(dòng)第2裝甲集群支援南方集團(tuán)軍群。這樣，只留下中央集團(tuán)軍群的步兵向莫斯科推進(jìn)，中央集團(tuán)軍群的戰(zhàn)斗力大大削弱，嚴(yán)重影響了中央集團(tuán)軍群為了避免陣地戰(zhàn)所必需的推進(jìn)速度與作戰(zhàn)頻率。實(shí)際上，希特勒已經(jīng)拒絕了哈爾德的觀點(diǎn)，即通過對(duì)莫斯科的速戰(zhàn)速?zèng)Q，進(jìn)一步促成德軍“通過一場(chǎng)戰(zhàn)役取得戰(zhàn)略性軍事勝利”。7月30日，希特勒下達(dá)“第34號(hào)元首指令”，正式拒絕對(duì)莫斯科發(fā)動(dòng)進(jìn)攻。在蘇軍內(nèi)部出現(xiàn)混亂之際，希特勒的這些決定在德軍最高統(tǒng)帥部引發(fā)了激烈的爭(zhēng)論。由于德軍從一開始就沒有制定詳細(xì)的對(duì)蘇作戰(zhàn)計(jì)劃，因此在戰(zhàn)役期間出現(xiàn)這種爭(zhēng)論不足為奇。無論德軍在戰(zhàn)斗中取得何種勝利，他們并沒有在全線同時(shí)持續(xù)實(shí)施“大規(guī)模殲滅戰(zhàn)”的方法。為了在一次戰(zhàn)役中取得勝利，為后來的大決戰(zhàn)保存實(shí)力，“大規(guī)模殲滅戰(zhàn)”在選擇時(shí)間和攻擊目標(biāo)時(shí)必須小心謹(jǐn)慎，但希特勒卻在消滅蘇軍與攻占列寧格勒或?yàn)蹩颂m兩個(gè)問題之間搖擺不定。顯而易見，后者是一種能夠使德軍突破經(jīng)濟(jì)障礙的重要資源，而不是取得勝利的催化劑。在制定長(zhǎng)期戰(zhàn)爭(zhēng)目標(biāo)的同時(shí)，希特勒使德軍喪失了取得一次決定性戰(zhàn)役的勝利的機(jī)會(huì)。時(shí)間是關(guān)鍵的問題：毫無疑問，如果德軍在1941年8月晚些時(shí)候稍作停留，隨后向莫斯科發(fā)動(dòng)進(jìn)攻，無論蘇軍如何英勇頑強(qiáng)，也無法擊敗他們。這個(gè)在發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)之前就應(yīng)該解決的問題所引發(fā)的爭(zhēng)論幫助了蘇聯(lián)人，使其避免通過一次戰(zhàn)役就被擊敗的可怕命運(yùn)。

希特勒開始獨(dú)斷專橫，一意孤行。“第33號(hào)元首指令”下達(dá)一個(gè)月后，第2裝甲集群在8月21日調(diào)往南部。9月初，蘇軍指揮官們懇求斯大林同意撤離基輔，遭到嚴(yán)辭拒絕。9月16日，向北進(jìn)發(fā)的第1裝甲集群與南下的第2裝甲集群在基輔東部的洛赫維察會(huì)師，形成了外圍包圍圈。與此同時(shí)，第17集團(tuán)軍與第2集團(tuán)軍在內(nèi)層將蘇軍分割包圍。在這個(gè)危急關(guān)頭，斯大林仍然拒絕蘇軍立即突圍。經(jīng)過慘烈的戰(zhàn)斗，基爾波諾斯上將陣亡，蘇軍65萬人向德軍投降。就在德軍向南部推進(jìn)的同時(shí)，希特勒9月6日下達(dá)“第35號(hào)元首指令”，命令德軍迅速增強(qiáng)中央集團(tuán)軍群的實(shí)力，消滅斯摩棱斯克東部的蘇軍，拉開向莫斯科進(jìn)發(fā)的序幕。然而，無論德軍在基輔發(fā)動(dòng)何種規(guī)模的進(jìn)攻，都不可能速戰(zhàn)速?zèng)Q。