腓二聽說西西里遇襲，趕著回家，登陸時，他一展開王旗，現(xiàn)場就有人當場嚇死，因為大家都相信腓二已經(jīng)死了，冷不丁看著這么一個旗幟出現(xiàn)，不是詐尸就是還魂啊。不過，等西西里人反應過來，皇帝沒死，他們馬上就跟腓二站在一起，將教皇和他的雜牌軍趕回了羅馬。

如果換了腓二的爺爺巴巴羅薩的脾氣，教皇趁他不在偷襲，他不殺進羅馬才怪呢！可腓二仗著雄壯的兵威趕走了教皇軍，并沒有乘勝進攻教皇國。格里高利九世在羅馬想了幾天，宣布恢復腓二的教籍。老爺子也沒辦法啊，罰他打他不管用啊，干脆和解唄。

承諾的東征任務完成了，腓特烈二世繼續(xù)對對西西里這一畝二分地下功夫，他東征之前，就在西西里啟動了大型改革，頒布了一部偉大的法典，還建立了那不勒斯大學——歐洲第一所國立大學。

這輪勵精圖治的改革帶來豐碩成果：建立了強大的中央集權國家，有點專制獨裁，讓君主制在西西里率先凌駕于教皇與教會之上，比西歐諸國提前100多年，這個時期西西里王國政權在歐洲歷史發(fā)展中，具有極明顯的前衛(wèi)性和先進性，有歷史學家稱之為為“早熟政府”。

腓二在意大利政策上鐵腕獨裁，可他對德意志的政策就正好相反，他對德國老鄉(xiāng)很客氣，而且愿意讓那些本來就尾大不掉的諸侯自治，在他任內，諸侯在自己的地盤上，獨立審判、獨立收稅、獨立鑄幣，還可隨意增加城防設施！德意志的諸侯很知道好歹，老大這么客氣，他在位的時候，不跟他添亂找茬，還配合他意大利的行動。

腓二是達到自己的目的了，可是德意志的國王是他兒子亨利啊，太上皇把各路諸侯養(yǎng)得這么剽悍，亨利怎么控制他們呢？于是在如何治理德意志的問題上，父子發(fā)生了矛盾，應該說，斯陶芬家族再次發(fā)生了父子爭端。不過這一場父子斗，雙方級別差得太遠，腓二聽說兒子叛亂（他自己是國王，怎么算叛亂呢？算他是淘氣吧?。B兵馬都沒帶，只帶他的宮廷儀仗，散著步進入德國，亨利一黨攝于太上皇那豪華的儀仗，當場便土崩瓦解了。亨利被囚禁，6年后，在一次轉運看押中，墜落山谷而死。死個兒子不怕，腓二有的是兒子，不僅有以前生的，他還不斷生出新的來。

就在審判兒子那一年，腓二又結婚了！他沒重婚，耶路撒冷公主又掛了，這又是個克妻的。這次，腓二娶的是英王的妹妹。