后鳥羽上皇雖然發(fā)布了討伐北條氏的院宣，但是應者寥寥，而人稱“尼姑將軍”的北條政子則集合御家人，頌揚源賴朝給武士們帶來的安定富足的生活，也講述了在源賴朝之前武士們悲慘低賤的生活。

在北條政子的鼓動下，御家人重新集結在幕府旗下。1221年6月15日，在北條義時之子北條泰時、其弟北條時房的率領下，從鐮倉出發(fā)，兵分三路挺向京都，不到一月，便以絕對優(yōu)勢的兵力打敗了皇室軍隊，結束了“承久之亂”。

攻陷京都之后，北條氏將包括后鳥羽上皇在內(nèi)的三位上皇流放孤島，并處死處罰了參與討幕的貴族與武士，沒收這些人的領地達3000余處，將其劃撥為幕府的直轄領地，作為恩賞賜給有功之臣，稱為“新補低頭”。為了能監(jiān)控皇室的一舉一動，北條義時將原京都的六波羅館改為六波羅府，任命北條泰時為六波羅探題，其權力僅次于執(zhí)權。

“承久之亂”之后，皇室喪失了軍權，皇位也由幕府一手操控，由此幕府逐漸取代皇室站到了國家權力的中心位置。

1224年，北條義時去世，北條泰時任幕府執(zhí)權。北條泰時是一個頗有作為的人，在他繼任執(zhí)權不久，便實行了一系列的改革。1125年，為了改變執(zhí)權一人獨斷的體制，北條泰時設置了輔助政務的“聯(lián)署”一職，由其親信族人擔任。同時，為了平衡權力，北條泰時還設立了最高決策機構“評定眾”，由11名精通政務的御家人組成，與執(zhí)權、聯(lián)署協(xié)商決定有關行政和司法的重大事務。

北條泰時在位期間，還制定了武家的基本法典《御成敗式目》，因其在貞永元年（1232）制定，又被稱為《貞永式目》?！队蓴∈侥俊饭灿?1條條文，以通俗易懂的語言規(guī)定了守護、地頭的職分，以及御家人土地所有權和繼承權的具體處置辦法。這是日本第一部專門針對武士階層制定的法典，是武家的基本法度，對后世許多武家的法典，產(chǎn)生了深遠的影響。

北條泰時之孫北條時賴擔任“執(zhí)權”后，繼續(xù)其祖父的改革，1249年，為了進一步完善以執(zhí)權為中心的政治體制，北條時賴設置了“引付眾”之職?！耙侗姟钡穆氊熓菂f(xié)助審理文書及司法裁判。為了加強北條氏的統(tǒng)治，北條時賴還廢除了名義上的將軍之位，并抑制北條氏旁支的勢力，將所有權力集中在北條嫡系家族--“得宗”手中，被稱作“得宗專制”的嫡長子繼承制由此建立。