曾國藩下令殺害李秀成后將李秀成的手稿分為八九份，分別令人繕寫，共抄寫130頁，每頁216字，裝訂成冊后封送軍機處備查。交給軍機處的這份復制稿上有曾國藩的斷句和修改痕跡?？赡苁抢钚愠杀徊兑皇掠绊懱?，手稿不能隱藏，曾國藩在報送軍機處的同時，又在安慶九如堂將李秀成手稿編輯出版。該版本共27818字，是《李秀成自述》的最早版本，被稱為曾刻安慶本。安慶本被曾國藩發(fā)送給各省總督、巡撫，作為“內部學習”資料使用。

這版最早的《李秀成自述》記錄了太平天國后期的政治軍事情況。這不奇怪，因為李秀成是親歷者和決策者。奇怪的是，李秀成還在文中對清王朝和曾國藩大加謀頌，說“久悉中堂（曾國藩）恩深量廣，切救世人之心”，“久知中堂有仁愛惠四方，兼有德化之心，良可深佩”。李秀成表示“心悔莫及”，認為太平天國失敗是必然的，“今天國已亡，實大清皇上之福德，萬幸之至”等等。整個文獻明顯透露出乞憐求生的意思，顛覆了李秀成的傳統(tǒng)形象。手稿是李秀成在極度緊張的情況下寫成的，加上時間緊迫，有許多筆誤和記憶錯誤的地方。李秀成只讀過三年書，文字能力主要是通過閱讀《三國演義》、《水滸傳》、《東周列國志》、《封神傳》、《說唐》等小說學得的，所以文章半文不白，有許多令人費解的地方。所以一開始就有人要求曾國藩公布原稿。可惜，曾國藩把原稿藏得密不透風，最后把原稿交給長子曾紀澤，要求后人永不外泄。這更增加了人們的疑問。

20世紀40年代，曾國藩的后人同意研究者閱讀原稿，并拍攝若干膠片。《李秀成自述》因此出現(xiàn)了修訂版。第二個版本內容增加了不少，但是第一版本中的內容依然存在。李秀成還在那里“乞憐求生”。1960年，中華書局影印出版《忠王李秀成自述校補本》。郭沫若先生為書作序。序中說，湖南湘鄉(xiāng)曾家所藏《自述》由曾家四少爺曾昭樺取走，在由香港飛曼谷的途中因飛機失事身亡。郭沫若因此慨嘆道：“《自述》原稿如為此人所隨身攜帶，則已可能不復存在于人間了?！辈幌?963年，曾國藩的曾孫曾約農在臺灣世界書局將《李秀成自述原稿》影印本公布于世。全書74頁，36100字，沒有結尾。這些版本都表明李秀成“忠王不忠”，晚節(jié)不保，有投降事實的存在。這再次將有關李秀成是否叛變的爭議推向了高潮。

部分專家、學者不能接受英勇奮戰(zhàn)、支撐天國的一代忠王最后乞降叛變的事實，從否認《李秀成自述》的真實性入手試圖證明李秀成沒有叛變。1979年，榮孟源發(fā)表《曾國藩所存李秀成稿本考略》，認為中華書局影印本《忠王李秀成自述校訂本》絕非李秀成真跡。榮孟源主要的理由如下：1.李秀成是從1864年6月20日開始寫供狀，到6月底7月初結束，共寫了9天時間。他每天隨寫隨交，真跡應該是散頁或者分裝為九本，不會是寫在一本裝訂好的“吉字中營”橫條簿上。而現(xiàn)在我們所見的版本是裝訂好的橫條簿，前后兩天所寫的連在一起，前一日所寫的末尾與后一日所寫的開首同在一頁，墨色相同，是連貫寫成的。2.稿本頁數(shù)與曾國藩記錄的《李秀成供》頁數(shù)不符。3.按照李秀成自己計算和曾國藩一些家書顯示，李秀成的供狀真跡應該是五萬字，而現(xiàn)存在稿本只有35000字。如果說供狀被人撕毀或者刪改，必然存在頁數(shù)不符合或者上下文難以銜接的問題。但是這些問題在稿本中都不存在。4.李秀成在第三、四、五天寫的有關太平軍與湘軍作戰(zhàn)的情況被刪除了不少。有關太平軍與湘軍作戰(zhàn)的情況語焉不詳，而根據(jù)旁人的筆記和日記顯示李秀成對太平天國與湘軍的作戰(zhàn)情況回憶得很詳細。5.稿本的格式也不正確。比如多數(shù)地方寫到“上帝”、“天王”的時候沒有抬頭，不符合太平天國格式。太平天國對“耶穌”的“穌”字要避諱，改用“蘇”字。稿本中也沒有避諱，相反卻對清朝皇帝的名號進行了避諱。因此可以推測，這是曾國藩及其幕僚將李秀成的真跡篡改后，再抄了一份送到北京的軍機處，冒充李秀成的供狀。1984年榮孟源再次撰文斷定：“《李秀成自述》不是李秀成的真跡，而是曾國藩修改后重抄的冒牌貨?！?/p>