西班牙對(duì)其屬地路易斯安納的統(tǒng)治鞭長(zhǎng)莫及，因此于1801年將其交與法國(guó)，以便獲取其他利益。此事觸動(dòng)了美國(guó)人的神經(jīng)，他們認(rèn)為自己在美洲擁有特權(quán)，臥榻之旁不容他人酣睡。這件事的曝光也引起了杰斐遜對(duì)國(guó)家安全問題的擔(dān)憂，他不愿意看到法蘭西人對(duì)自己的家園虎視眈眈。于是杰斐遜與有關(guān)人士探討奪取新奧爾良問題，他的態(tài)度是非常急切的，甚至提出如果法國(guó)不與美國(guó)合作美國(guó)就與英國(guó)結(jié)盟。他派特使羅伯特·利文斯頓與法國(guó)政府談判此項(xiàng)事宜。拿破侖此時(shí)想稱霸歐洲，遂放棄了他的 美洲帝國(guó) 計(jì)劃，因此答應(yīng)出售整個(gè)路易斯安納，價(jià)款為一千五百萬美元。談判一經(jīng)完成，杰斐遜就以最快的速度促使國(guó)會(huì)批準(zhǔn)了購(gòu)買議案。這一極其廉價(jià)的土地買賣仍遭到了許多政客的質(zhì)疑和責(zé)難，還有人指責(zé)杰斐遜違背了他一貫主張的從嚴(yán)解釋憲法的原則。

1802年，杰斐遜年輕時(shí)向朋友之妻求愛的事情被披露，政敵們添枝加葉，大肆炒作。面對(duì)人身攻擊，杰斐遜采取了保持沉默的策略，他認(rèn)為，只要盡心盡力地為國(guó)民服務(wù)，時(shí)間會(huì)洗刷掉身上的污點(diǎn)。

在購(gòu)得路易斯安納之后，杰斐遜命令其秘書梅里韋塞·路易斯和威廉·克拉克對(duì)西部土地進(jìn)行了一次探險(xiǎn)遠(yuǎn)征。探險(xiǎn)工作歷時(shí)兩年半，從密蘇里河越過大陸分水嶺，漂流哥倫比亞，最終到達(dá)北美大陸的西海岸?？疾熘杏性S多驚人的發(fā)現(xiàn)，并取得了大量第一手資料，在政治、經(jīng)濟(jì)和科學(xué)研究方面的意義不可估量，由此激發(fā)了許許多多美國(guó)人的探索和冒險(xiǎn)精神。

杰斐遜的第一任期國(guó)泰民安，疆域擴(kuò)大，人民生活水平也大大提高，在一定程度上實(shí)現(xiàn)了他的政治綱領(lǐng)和抱負(fù)。在1804年大選中，雖然反對(duì)勢(shì)力給他潑了性混亂、反對(duì)宗教等污水甚至還編造了一個(gè)被稱為 非洲維納斯 的女奴是杰斐遜的情婦的花邊新聞，但憑借民眾的擁戴，他仍以絕對(duì)優(yōu)勢(shì)得以連任。

在杰斐遜第二任期內(nèi)，美國(guó)政府遇到了一個(gè)又一個(gè)困難，然而，憑借自己的威望、政治智慧和內(nèi)閣成員的鼎力相助，他最終克服了一個(gè)又一個(gè)危機(jī)。

就在他競(jìng)選連任順利進(jìn)行的時(shí)候，二女兒瑪麗亞生病去世，他十分傷心。不久又發(fā)生了前副總統(tǒng)伯爾叛國(guó)事件。1800年大選中伯爾雖然為共和黨的勝利起了重要作用，但他也是個(gè)品質(zhì)惡劣的政治野心家和陰謀家。當(dāng)他在政壇上失勢(shì)后，即開始從事陰謀活動(dòng)，試圖分裂國(guó)家，事情敗露后被逮捕。伯爾的叛國(guó)對(duì)杰斐遜是一個(gè)沉重打擊，但最讓他難以忍受的是，一向與他作對(duì)的聯(lián)邦最高法院最終竟宣判伯爾無罪。

杰斐遜在任職之初希望把注意力放在國(guó)內(nèi)建設(shè)方面，但實(shí)際上，對(duì)外事務(wù)牽扯了他相當(dāng)大的精力，特別是在他的第二任期內(nèi)。

在國(guó)際上，英法爭(zhēng)端日趨激烈，兩國(guó)不斷侵犯美國(guó)的中立權(quán) 英國(guó)強(qiáng)征美國(guó)水手服役，據(jù)統(tǒng)計(jì)，大約有五千個(gè)美國(guó)人被強(qiáng)征，而法國(guó)則扣壓美國(guó)的船只。1807年發(fā)生的 切薩皮克號(hào) 遭襲事件更加劇了公海上的緊張局勢(shì)，同時(shí)也加強(qiáng)了國(guó)內(nèi)主戰(zhàn)派的力量。杰斐遜后來回憶時(shí)指出： 是這一事件將戰(zhàn)爭(zhēng)提上了日程。 但此時(shí)杰斐遜主要是想用戰(zhàn)爭(zhēng)危險(xiǎn)迫使英國(guó)人做出讓步。為了維護(hù)美國(guó)的國(guó)家利益，杰斐遜簽署了《禁運(yùn)法》，中斷了與國(guó)外的貿(mào)易聯(lián)系。杰斐遜實(shí)施《禁運(yùn)法》的另一個(gè)目的是想讓歐洲人感覺到，美國(guó)正在為戰(zhàn)爭(zhēng)做準(zhǔn)備，從而有所讓步。這一政策使國(guó)家經(jīng)濟(jì)蒙受了損失，為許多人所抱怨，并招致反對(duì)黨的惡意攻擊，雖然達(dá)到了避免戰(zhàn)爭(zhēng)的目的，但聯(lián)邦政府承擔(dān)了沉重的壓力。

1807年3月，杰斐遜簽署了禁止奴隸貿(mào)易的法令 這是他多年試圖完成的一項(xiàng)工作，但此法令未得到全國(guó)認(rèn)真貫徹。

1808年大選時(shí)，杰斐遜拒絕了所有讓他連任的懇求，向選民力薦他忠實(shí)的戰(zhàn)友和學(xué)生麥迪遜作為他的政治繼承人。當(dāng)獲悉麥迪遜在大選中獲勝時(shí)，他感到由衷的欣慰和如釋重負(fù)。