然而，天主教在日本的傳播如同曇花一般，只燦爛了短短一個世紀就退出了歷史舞臺。這和日本的兩代統(tǒng)治者：豐臣秀吉和德川家康對天主教的態(tài)度有密切的關系。豐臣秀吉本人并不喜歡天主教的“一夫一妻”主張，對天主教說不上有什么好感，所以不會像對洋槍和貿(mào)易有著濃厚興趣的織田信長那樣支持天主教的傳播。在獲得日本政權后，豐臣秀吉于1587年發(fā)布了著名的《伴天連追放令》，宣布日本為神國，故天主教違反天下御法度，是為非法，所有傳教士二十日內(nèi)必須離開日本不得再來。但允許和“南蠻”人保持商業(yè)上的往來。事實上，在這一著名命令后，天主教禁教還不是很嚴厲，豐臣秀吉當然不想丟掉和“南蠻”人貿(mào)易的巨大利潤，也不希望引起切支丹大名的叛亂，因此對西班牙圣方濟各會的傳教睜一只眼閉一只眼。但就在此時，慶長元年（1596），發(fā)生了“圣菲利浦”號事件，從而引發(fā)日本天主教史上著名的“慶長大殉教”。

1596年，一艘西班牙商船“圣菲利浦”號遇海難飄到土佐，增田長盛作為日本方的使節(jié)上船處理，扣押了所有船員。在審訊時，船長供出了西班牙人是如何利用天主教作為先鋒，在取得當?shù)氐男湃魏蠼⒅趁竦氐?。這一供狀讓豐臣秀吉驚恐萬狀，他早就擔心天主教徒會像國內(nèi)的“一向宗”一樣造反?，F(xiàn)在他看到了天主教更大的威脅，毅然決定全面禁教。第二年，他把各地的天主教信徒和傳教士26人逮捕，處死于長崎。

德川家康建立江戶幕府后，出于經(jīng)濟上的原因，再次放松了對天主教傳教的控制。圣方濟各會等天主教修會的傳教士再次進入日本進行傳教。慶長十八年（1613），伊達政宗甚至還派遣家臣支倉常長出使羅馬，覲見教皇。但就在支倉常長前往羅馬的時候，日本國內(nèi)卻發(fā)生了大變化。新教國家荷蘭的崛起使德川找到了不利用傳教的貿(mào)易對象。而導致德川幕府禁教的導火線則是“岡本大八事件”。慶長十四年（1609），信仰天主教的大名有馬晴信手下人與葡萄牙商船船夫發(fā)生械斗，造成流血事件。為報復，有馬晴信申請將該船擊沉并向幕府邀功。他重金賄賂家康的近臣本多正純的家臣岡本大八，希望能通過他獲得家康的賞賜，恢復有馬家的舊領地。岡本大八卻是個貪官，收了錢就中飽私囊不給辦事。有馬晴信就找到他上司本多正純，雙方一對質(zhì)，本多正純對此事愕然不知，事情敗露。岡本大八偽造家康的朱印文件詐取錢財，被處以火刑；有馬晴信被流放后責令自裁。元和六年（1620）又發(fā)生了“平山常陳事件”，平山常陳是一艘“朱印船”的船長，是拿著德川幕府頒發(fā)的許可證“朱印狀”從事海外貿(mào)易的，在外海被英國船只俘獲并與英荷船只一同被拖進了日本平戶港。平山常陳遂向日本官方控訴英國人的“海盜行為”。不幸的是，在他的船只中搜查發(fā)現(xiàn)了兩名西班牙傳教士，這就使事件的性質(zhì)變化了。因為傳教士已經(jīng)被幕府禁止進入日本，而英荷作為新興殖民國家，與西葡兩個傳統(tǒng)殖民國家在亞洲有著利益沖突，他們抓住這一事件大做文章。英荷與西葡互相攻訐，令幕府大動肝火。兩年后，將平山常陳與其船員一并處斬，并開始大肆搜捕天主教徒和傳教士。元和八年（1622）八月五日，幕府在長崎將55名教徒分別判處火刑和斬首，史稱“元和大殉教”。嗣后，幕府厲行禁教并宣布鎖國。

但天主教在戰(zhàn)國時期的傳播速度使它在日本民間有了很大的影響，所以從家康開始的德川三代將軍的野蠻禁教引起了民間的不滿。寬永十四年（1637），在天主教的傳播中心九州北部爆發(fā)了天主教徒的大規(guī)模起義，史稱“島原之亂”。島原當?shù)氐霓r(nóng)民以天主教信仰為旗幟，共推天草四郎為首領，德川幕府付出了重大的代價，終于在荷蘭人的協(xié)助下把起義鎮(zhèn)壓下去。這次起義，也讓幕府看到了天主教信徒力量的恐怖，于是更堅定了幕府嚴格執(zhí)行鎖國政策的決心。天主教信仰從16世紀中葉開始萌芽，到此逐漸衰亡，猶如曇花一現(xiàn)，在創(chuàng)造了一個輝煌的“切支丹世紀”以后退出了日本的歷史舞臺，天主教信仰也從此轉入地下，直到明治維新前夜。