因而，在勸說(shuō)無(wú)效的情況下，傅斯年火氣大發(fā)，索性將魯迅晾在一邊。同時(shí)傅斯年說(shuō)服朱家驊和顧孟余并得到支持，于1927年3月不顧魯迅的強(qiáng)烈反對(duì)，硬是把顧頡剛請(qǐng)進(jìn)了中山大學(xué)校園。魯迅一看這情形，頓覺(jué)失了面子，同時(shí)深感自己在中山大學(xué)真的是大勢(shì)已去，于是立即向校方提出辭職并移居白云樓以示要挾。傅斯年一看魯迅果真以大腕的姿態(tài)擺起譜來(lái)，甚為惱怒，心想人人言說(shuō)江南多才子，但不要忘記天下所有的才子都是孔家老二的徒子徒孫，自己不但“尚是中原人物”，還是齊魯人氏，當(dāng)是正宗的圣人之后。面對(duì)江南才子或曰“紹興師爺”如此撒嬌施橫，身為圣人之后的梁山好漢又何懼哉？于是，傅斯年也“以其人之道”當(dāng)場(chǎng)向朱家驊提出撂挑子甩手走人，中大的事從此不再過(guò)問(wèn)。顧頡剛面對(duì)這般險(xiǎn)惡的局勢(shì)，自然不能不有所表示，同樣宣布辭職走人，不再于這堆爛泥里插杠子攪和。校方見(jiàn)事情紛亂，左右為難，索性來(lái)個(gè)和稀泥的辦法，讓學(xué)生開(kāi)會(huì)自行選擇，哪一位該走該留，全由學(xué)生決斷。想不到學(xué)生們開(kāi)會(huì)后認(rèn)為三人均是不可多得的重量級(jí)學(xué)界大腕兒，一個(gè)都不能少。眼見(jiàn)和稀泥的策略落空，主持校務(wù)的朱家驊只好硬著頭皮出面調(diào)停并表示“挽留”，同時(shí)想出調(diào)和的辦法，委派顧頡剛到江浙一帶為學(xué)校圖書(shū)館購(gòu)置圖書(shū)以示讓步。魯迅仍然火氣十足，不依不饒，聲言魯、顧決不兩立，非此即彼，無(wú)半點(diǎn)調(diào)和的余地。在寫(xiě)給友人的信中，魯迅憤憤地道：“我到此只三月，竟做了一個(gè)大傀儡傅斯年我初見(jiàn)，先前竟想不到是這樣的人，當(dāng)紅鼻到此時(shí)，我便走了；而傅大寫(xiě)其信給我，說(shuō)他已有補(bǔ)救法，即使鼻赴京買書(shū)，不在校現(xiàn)在他們還在挽留我，當(dāng)然無(wú)效，我是不走回頭路的。”【16】

雙方經(jīng)過(guò)一番混戰(zhàn)，魯迅去意已決，于1927年4月21日辭職離校，攜戀人許廣平赴上海開(kāi)始了公開(kāi)同居生活。

魯迅滿含悲憤地走了，顧頡剛最終留了下來(lái)。

1927年10月，顧氏結(jié)束了出外購(gòu)書(shū)的工作重返中山大學(xué)，出任歷史系教授、主任，兼任圖書(shū)館中文部主任，主持整理他新近購(gòu)回的12萬(wàn)冊(cè)圖書(shū)，一時(shí)大有虎嘯山林，龍潛深淵之感。顧氏“念魯迅攻擊我時(shí)他們幫助我的好意”【17】，與朱家驊、傅斯年配合默契，一面教學(xué)一面繼續(xù)做自己的研究，同時(shí)開(kāi)辟了民俗學(xué)研究等新領(lǐng)域。不久，傅斯年與顧頡剛在中山大學(xué)共同創(chuàng)建語(yǔ)言歷史研究所，出版研究所《周刊》，購(gòu)置圖書(shū)資料，招收研究生，確定了研究宗旨。按傅斯年的說(shuō)法，現(xiàn)代的歷史學(xué)、語(yǔ)言學(xué)與傳統(tǒng)的學(xué)術(shù)有根本的區(qū)別，如果使用新方法，研究新材料，就可以把語(yǔ)言歷史學(xué)建設(shè)得如同生物學(xué)、地質(zhì)學(xué)一樣，成為一門(mén)新的學(xué)科。

在此前的5月9日，國(guó)民黨中央政治會(huì)議決定設(shè)立中央研究院籌備處，隸屬于中華民國(guó)大學(xué)院。其時(shí)蔡元培已從歐洲考察歸國(guó)，正式辭去北大校長(zhǎng)職（蔣夢(mèng)麟繼任），出任國(guó)民政府大學(xué)院院長(zhǎng)。在蔡氏和中央研究院籌備處總干事楊杏佛的籌劃下，聘請(qǐng)了籌備委員30余人，傅斯年、顧頡剛均在其內(nèi)。但這時(shí)的中央研究院只設(shè)了與國(guó)計(jì)民生有直接、緊迫關(guān)系的理化實(shí)業(yè)、社會(huì)科學(xué)、地質(zhì)、觀象等四個(gè)研究所。聘請(qǐng)的籌備委員有胡適（社科）、李濟(jì)（地質(zhì)）、傅斯年（心理學(xué)）等，當(dāng)時(shí)既無(wú)歷史學(xué)、語(yǔ)言學(xué)或考古學(xué)的研究所，更無(wú)“歷史語(yǔ)言研究所”的立項(xiàng)打算。但霸氣十足，“目空天下士”的傅斯年經(jīng)過(guò)一番權(quán)衡認(rèn)為，既然是中央研究院，就應(yīng)該有文史方面的學(xué)科加入，否則將有失偏頗，于是開(kāi)始召集“一部分熱心文史學(xué)的先進(jìn)”，以“歷史語(yǔ)言研究的特別重要，現(xiàn)代的歷史學(xué)與語(yǔ)言學(xué)科是科學(xué)”等說(shuō)詞，憑著北大時(shí)代與蔡元培校長(zhǎng)結(jié)下的良好關(guān)系，對(duì)蔡氏與楊杏佛等幾位決策人物展開(kāi)游說(shuō)攻勢(shì)，【18】聲稱可“借用在廣州語(yǔ)言歷史研究所已成就及將建設(shè)者，以成中央研究院之語(yǔ)言歷史研究所”云云?！?9】傅斯年畢竟是傅斯年，以他特殊的魅力和超人的智能加霸氣，終于迫使蔡元培與楊杏佛就范，“無(wú)中生有”【20】地又繁衍出一個(gè)社會(huì)科學(xué)方面的研究所。正如傅自己所言：“這一努力顯然是很快地成功了?！薄?1】

1928年3月底，中央研究院籌備委員會(huì)一致通過(guò)，“因歷史語(yǔ)言研究之重要，決設(shè)歷史語(yǔ)言研究所于廣州，委任傅斯年與顧頡剛、楊振聲為常務(wù)籌備委員”【22】，以傅斯年為掌門(mén)人。如此順利地取得成功，令神通廣大的胡適都感到有些意外，因而戲稱傅氏“狡兔二窟”?！?3】

1928年4月，國(guó)民政府決定改中華民國(guó)大學(xué)院中央研究院為國(guó)立中央研究院，成一獨(dú)立研究機(jī)關(guān)，任命蔡元培為中央研究院院長(zhǎng)，楊杏佛任總干事。下設(shè)各研究所及首任所長(zhǎng)如下：地質(zhì)所李四光，天文所高魯，氣象所竺可楨，物理所丁燮林（后改為丁西林），化學(xué)所王進(jìn)，工程所周仁，社會(huì)科學(xué)所楊端六。

1928年10月14日，中央研究院歷史語(yǔ)言研究所正式宣告成立，所址設(shè)在廣州東山柏園。與此同時(shí)，傅斯年辭去中山大學(xué)教職，應(yīng)聘出任歷史語(yǔ)言研究所所長(zhǎng)，從此迎來(lái)了“開(kāi)辟史學(xué)新天地”的偉大時(shí)代。

也就在這個(gè)時(shí)候，傅斯年與顧頡剛的緣分已盡，二人關(guān)系開(kāi)始出現(xiàn)裂痕與沖突。