1945年1月，蔣經(jīng)國(guó)辭去贛州專(zhuān)員，全力以赴任三青團(tuán)中央干部學(xué)校教育長(zhǎng)，青年軍政治部主任、青年軍政工班主任。不久，張治中調(diào)往新疆任職，三青團(tuán)中央團(tuán)部組織處處長(zhǎng)康澤被蔣介石安排赴美考察，由蔣經(jīng)國(guó)接任該職。陳誠(chéng)雖重掛三青團(tuán)書(shū)記長(zhǎng)虛名，蔣經(jīng)國(guó)實(shí)際上已成為三青團(tuán)領(lǐng)袖。

1945年5月5日國(guó)民黨第六次全國(guó)代表大會(huì)在重慶浮屠關(guān)中央干部學(xué)校禮堂開(kāi)幕。大會(huì)期間，會(huì)場(chǎng)內(nèi)外出現(xiàn)不少批評(píng)意見(jiàn)。蔣介石對(duì)會(huì)內(nèi)質(zhì)詢(xún)是痛罵，對(duì)黨內(nèi)干部的評(píng)價(jià)又提出新的標(biāo)準(zhǔn)。如，盛世才在新疆殺人如麻，代表們要求追究他的責(zé)任。蔣介石卻說(shuō)：“盛同志（世才）帶來(lái)了伍萬(wàn)兩黃金給中央，試問(wèn)民國(guó)以來(lái)，有這樣好的人嗎？”會(huì)場(chǎng)大嘩。

國(guó)民黨“六大”還出現(xiàn)一場(chǎng)小鬧劇，據(jù)與會(huì)多位代表回憶：陳立夫、程天放等五十九名CC派提議總裁要改為終身制，受到國(guó)民黨元老的反對(duì)。CC派又糾合五屆中央委員和代表三百人要“奉獻(xiàn)”選舉權(quán)給領(lǐng)袖，由領(lǐng)袖替他們選舉中央委員，標(biāo)榜他們一向以服從領(lǐng)袖為榮幸。三青團(tuán)代表們知道后，聯(lián)名上書(shū)蔣介石，表示異議，認(rèn)為選舉權(quán)不能私相授受，針?shù)h相對(duì)。蔣介石一見(jiàn)此局面，便由他個(gè)人提出五百名候選人名單，中央委員由原定三百名增為四百八十名，各代表在五百名中劃去二十名即可。這個(gè)以“劃去”代替選舉的奇怪辦法一經(jīng)宣讀，許多代表啼笑皆非，喧鬧起來(lái)。蔣介石在會(huì)上振振有辭地說(shuō)，已有三百名代表把選舉權(quán)給他支配，所以這個(gè)辦法不容反對(duì)。接著，大聲喊道：“贊成本案者請(qǐng)起立！”坐在前面的應(yīng)聲而起，坐在后面的稀稀落落繼之，蔣介石不令人清點(diǎn)人數(shù)，大聲宣布：“大多數(shù)贊成通過(guò)。”接著分發(fā)一張印有五百人名單為選票，誰(shuí)也不知道劃去最多二十人的是什么人。5月20日?qǐng)?bào)上發(fā)表的中央委員名單又由蔣介石親自審定調(diào)整，已大不一樣?！爸姓徽?，總裁獨(dú)裁?！北澈蟠韨兊呐u(píng)，迅即如歌謠一樣傳遍了重慶內(nèi)外。不過(guò)，國(guó)民黨“六大”，三青團(tuán)中央團(tuán)部各處處長(zhǎng)，全部當(dāng)選為國(guó)民黨中央委員。

三青團(tuán)的實(shí)力隨著抗戰(zhàn)勝利，跟隨蔣經(jīng)國(guó)的步履在全國(guó)展開(kāi)，迅速增長(zhǎng)。

1945年7、8月中蘇莫斯科談判關(guān)于東北和外蒙問(wèn)題，宋子文任首席代表，蔣經(jīng)國(guó)、錢(qián)昌照、沈鴻烈組團(tuán)前往。無(wú)奈早在1945年2月雅爾塔會(huì)議，羅斯福為了換取斯大林的出兵，已將外蒙和中國(guó)東北權(quán)益拱手相送給蘇聯(lián)。此時(shí)中國(guó)代表堅(jiān)決反對(duì)，也不能改變。當(dāng)時(shí)中國(guó)在美國(guó)和蘇聯(lián)心目中什么地位，一目了然。中國(guó)代表于7月底回重慶匯報(bào)，錢(qián)昌照回憶：“蔣介石召開(kāi)中央政治會(huì)議，討論外蒙問(wèn)題，決議用公民投票的方式?jīng)Q定外蒙歸屬問(wèn)題。這實(shí)在是在開(kāi)玩笑。外蒙實(shí)際上自1924年起即名義上獨(dú)立，怎么還能投票回到中國(guó)來(lái)呢？蔣介石的真意是，只要蘇聯(lián)在戰(zhàn)后，無(wú)論在政治方面，或經(jīng)濟(jì)方面都以蔣介石為中國(guó)的唯一對(duì)手，蘇方所提一系列問(wèn)題，我方都可酌量讓步（有秘密換文）。宋子文了解這些情況后，決定不替蔣介石背這個(gè)黑鍋，向蔣介石辭去兼外交部長(zhǎng)職務(wù)，蔣介石派王世杰繼任。

8月14日，承認(rèn)外蒙獨(dú)立的《中蘇友好條約》在莫斯科簽字，由王世杰代表中國(guó)政府簽字?！?/p>

1946年1月3日，國(guó)民政府發(fā)布公告，對(duì)外承認(rèn)外蒙古獨(dú)立。

抗戰(zhàn)勝利后，蔣經(jīng)國(guó)曾作為東北行轅秘書(shū)長(zhǎng)，輾轉(zhuǎn)東三省，盼望將東北打造為第二個(gè)贛南。1945年11月1日，蔣經(jīng)國(guó)在日記中寫(xiě)道：“日人統(tǒng)制東北時(shí)，國(guó)人食白米者輒處死刑；現(xiàn)在一般平民亦少有能吃白米飯者，此皆為日本侵略與壓迫之結(jié)果。我老百姓之痛苦深矣。今后吾人對(duì)東北，必先以全力求其安定，再求人民生活之改良。尤其對(duì)于東北新生之力，必培養(yǎng)而扶持之?！?/p>