重回佛山的黃飛鴻在父親的安排下結(jié)了婚，黃飛鴻對這樁婚姻持中立態(tài)度，既不反對也不高興，反正就那樣，父母之命，媒妁之言。

　　但黃飛鴻沒有呆幾年有去了廣州，黃飛鴻如父親所愿，走上了仕途。黃飛鴻接到了廣州水師的橄欖枝，廣州水師聘他做武術(shù)總教練。黃飛鴻也巴不得離開佛山，要知道和自己不喜歡的人在一起廝守滋味不好受，況且黃飛鴻這樣的優(yōu)秀男人，又豈能局限在小小的佛山？

　　在廣州當了六年的水師教練，而立之年時遭遇喪父之痛，黃飛鴻萌生退意，辭了水師教練，把妻兒接到廣州，在廣州仁安街開了一家跌打醫(yī)館"寶芝林"，門前懸有一副對聯(lián)："寶劍出鞘，芝草成林。"黃飛鴻的醫(yī)館既授武術(shù)，又給病人看病。

　　起初，老百姓只知道黃飛鴻武功高強，并不知道他還跟父親研究過中醫(yī)，不太相信黃飛鴻的醫(yī)術(shù)，看病可不是鬧著玩的，弄不好要出人命的。

　　所以，有很長一段時間，黃飛鴻的醫(yī)館門庭冷落，即使黃飛鴻免費為老百姓看病，老百姓也搖搖頭，他們寧愿花錢去正規(guī)醫(yī)館。

　　直到有一天，黃飛鴻醫(yī)好了一個特別的人局面才逐漸好轉(zhuǎn)。

　　威震四方的黑棋軍統(tǒng)帥劉永福得了一種腳疾病，奇癢無比，求醫(yī)無數(shù)，也沒治好。

　　劉永福仰慕黃飛鴻的俠名，一日有空來家拜訪黃飛鴻，談話間說起了自己的苦惱。

　　黃飛鴻聽了，神秘的笑了笑，說："如果將軍信得過我飛鴻，我可以醫(yī)好你的腳疾。"劉永福誰都信不過，但對黃飛鴻信任有加，黃飛鴻是老百姓有口皆碑的英雄好漢，不會信口雌黃的，于是放心大膽的讓黃飛鴻去治，還開玩笑似的對黃飛鴻說："治好了算你的，治壞了算我的。"結(jié)果，多年的腳疾還真被黃飛鴻治好了。

　　劉永福驚喜萬分，稱黃飛鴻是華佗再世，于是，贈送了一塊寫有"醫(yī)藝精通"字樣的木匾，大力宣傳黃飛鴻的醫(yī)術(shù)。

　　王婆賣瓜，老百姓自然不信，但經(jīng)過劉永福這么一宣傳，老百姓信了，看來黃飛鴻黃大俠的醫(yī)術(shù)和他的武功一樣高明。

　　來寶芝林看病的人越來越多，超過了來拜師學武的人，醫(yī)館里到處都能聽到老百姓喚"黃師傅"的叫聲。

　　在廣州只有一個"黃師傅"，那就是黃飛鴻。黃飛鴻非常喜歡這個親切的稱呼。

　　在為老百姓看病的時候，黃飛鴻從來沒有馬虎過，同時也很仗義，遇到窮困的病人黃飛鴻不收他的醫(yī)藥費。

　　在廣州的老百姓離不開黃師傅的時候，黃飛鴻卻又要走了。已經(jīng)是黑旗軍的軍醫(yī)官、福字軍技擊總教練的黃飛鴻，再一次燃起了他報國的愿望，1894年，劉永福率領(lǐng)軍隊赴臺灣抗擊日本侵略軍，黃飛鴻隨劉永福率九營福字軍抵臺，駐守臺南。不料，劉永福護臺失利，黃飛鴻不得不再一次回到廣州。歷經(jīng)世事滄桑的黃飛鴻心態(tài)開始平靜，從此只懸壺濟世，退出武林，不再收取徒弟，不再傳授武藝，并在"寶芝林"門前張榜說："武藝功夫，難以傳授；千金不傳，求師莫問。" 廣東的武林，沒有了黃飛鴻，頓時寂寞不少。

　　又過了二十年，黃飛鴻病逝于廣州城西方便醫(yī)院，享年六十九歲。