孫中山等到達(dá)黃埔，陳炳栻、朱慶瀾在黃埔公園舉行歡迎會。孫中山在歡迎會上發(fā)表演說，揭穿了張勛復(fù)辟是北洋軍閥所布置的政治圈套，他十分激動地說：
“段祺瑞起用段芝貴、倪嗣沖這些復(fù)辟派做討逆軍統(tǒng)帥，以逆討逆，忠奸不分。今天的中國，不是復(fù)辟與共和之爭，而是真共和與假共和之爭。今天真復(fù)辟者少，假共和者多?！彼赋觯袊埠痛?年，國民未有享過共和幸福，是因?yàn)閳?zhí)共和國政之人，以假共和之面孔，行真專制之手段也。希望海陸軍為國民爭回真共和，以貫徹吾人救國救民之宗旨。他號召各界同心合力，奮起護(hù)法。
7月19日，孫中山出席廣東省議會歡迎會，與陳炳焜、朱慶瀾商討邀請國會議員來粵，以便召開國會和組織護(hù)法政府問題。孫中山提議以省議會名義，請國會議員來粵召集國會，以決定大計(jì)。如果法定人數(shù)不足，可召開緊急非常會議，以決要政。
朱慶瀾表示贊成，陳炳焜態(tài)度曖昧，他以南方力薄、經(jīng)濟(jì)困難為辭加以推托。孫中山逐一解釋，并希敦促陸榮廷東下合作。陳炳焜勉強(qiáng)同意。
孫中山即通過津、滬各報(bào)邀請國會議員南下，召開國會，以行民國統(tǒng)治之權(quán)。他又致電程璧光，要他率海軍艦隊(duì)南下。
7月21日，程璧光與海軍第一艦隊(duì)司令林葆懌率艦隊(duì)自吳淞口開往廣東，有海圻、海琛、飛鷹、永豐、舞鳳、同安、永翔、楚豫，過象山時(shí)又增加福安、豫章兩艦，共10艦。唐紹儀、汪精衛(wèi)等與程璧光同行。
8月5日，海軍艦隊(duì)全部抵黃埔，廣東各界在長堤東園集會歡迎海軍南下，到會者數(shù)逾數(shù)萬，盛況空前。各界代表爭先發(fā)表演說，淋漓慷慨，聞?wù)呦虨閯尤荨?br/>
國會議員應(yīng)孫中山電邀，先后到達(dá)廣州者150余人，但仍不足法定人數(shù)。8月18日，孫中山在黃埔公園宴請國會議員，商討召開國會事宜。與會者認(rèn)為，北京政府既已毀廢約法，向護(hù)法各省用兵，中華民國名存實(shí)亡；為了對內(nèi)團(tuán)結(jié)護(hù)法各省，對外實(shí)行獨(dú)立自主的外交政策，必須在南方另行組織政府，議員人數(shù)不足法定，可采取法國的先例，召開非常會議。
次日，國會議員舉行談話會，討論召開國會及組織政府問題，決定采用“國會非常會議”名稱，定于8月25日召開非常會議，并推舉呂志伊、王有蘭等7人為軍政府組織大綱起草員；并通電東南各省，召開非常國會，“以謀統(tǒng)一，以圖應(yīng)變”。
8月25日，國會非常會議在廣州正式開幕，國會議員150余人出席。會議由原任眾議院議長吳景濂主持。孫中山及廣東省長朱慶瀾等到會祝賀。粵督陳炳焜僅派代表列席。會議通過《國會非常會議組織大綱》，規(guī)定國會非常會議到內(nèi)亂戡定、《臨時(shí)約法》之效力完全恢復(fù)時(shí)為止，軍政府組織大綱由國會非常會議制定并宣布。
國會非常會議又通過《中華民國軍政府組織大綱》，并選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。原預(yù)定選程璧光為元帥，但程派代表表示不愿居此名義，會議乃從緩議。
眾議院議長吳景濂、參議院副議長王正廷率議員數(shù)十人，乘舞鳳艦到黃埔，舉行大元帥授印儀式。吳景濂在致大元帥頌詞中道：
前臨時(shí)大總統(tǒng)孫先生文，手創(chuàng)民國，內(nèi)外瞻仰，允當(dāng)斯任，即日赍致證書，登壇授受。悃忱未盡，復(fù)申是言。所愿我大元帥總輯師干，殲滅群丑，使民國危而復(fù)安，約法廢而復(fù)繼，不勝鄭重期望之至。
旋由王正廷代表授印。孫中山致答詞道：
文以不德，忝為共和先導(dǎo)。民國成立，六年于茲，而梟雄畔換，頻繁不已，文不能救，自念無以對我邦人兄弟。今者叛督倡亂，權(quán)奸竊柄，國會解散，元首遷廢。此誠勇夫志士發(fā)憤倡議之時(shí)也。而遷延數(shù)月，大兵未舉，政府未立，內(nèi)無以攘寇亂，外不足以示友邦。文以國會諸君不釋之故，不得不統(tǒng)攝軍政。任職以后，唯當(dāng)竭股肱之力，攘除奸兇，恢復(fù)《約法》，以竟元年未盡之責(zé)，雪數(shù)歲無功之恥。責(zé)任在躬，不敢有貳，諸所舉措，亦唯國會諸君實(shí)匡逮之。
經(jīng)孫中山提議，國會非常會議通過，任命軍政府各部總長名單如下：
外交總長 伍廷芳次長 王正廷
財(cái)政總長 唐紹儀陸軍總長 張開儒
海軍總長 程璧光
內(nèi)政總長 孫洪伊次長 居 正
交通總長 胡漢民
軍政府若干軍政長官名單如下：
軍政府秘書長 章太炎
軍政府總參謀長李烈鈞
軍政府海軍總司令 林葆懌
大元帥府親軍總司令李福林
大元帥府參軍長許崇清
軍政府第一軍總司令陳炯明
大元帥高等顧問吳景濂
川滇勞軍使王 湘
湖南勞軍使林伯渠
軍政府衛(wèi)戌總司令 方聲濤
大元帥府籌餉總辦 李耀漢
孫中山在廣州組建中華民國軍政府，鼓舞了各地反對北洋軍閥黑暗統(tǒng)治的力量，護(hù)法運(yùn)動的高潮隨即到來。
在四川先后宣布獨(dú)立護(hù)法的有：
1917年11月1日，四川川邊屯殖使張煦在西昌宣告獨(dú)立，并致電大元帥孫中山，表示“擁護(hù)真正之共和，掃除非法之政府，爰舉十邑之地，卅營之眾，遙承軍府，近聯(lián)滇黔，為國討賊，雖死不避?！碧评^堯?qū)⒃摬烤帪榫竾姷?軍，任張煦為總司令。
11月3日，顏德基以“四川靖國軍臨時(shí)司令”名義，在綏定通電獨(dú)立。
12月14日，陳鳳石在大竹縣宣布獨(dú)立，自任“四川靖國軍招討司令”。
12月18日，川軍第1師第2混成旅旅長王椅在合川通電護(hù)法，軍政府任命他為四川靖國軍聯(lián)軍川北總司令。
1918年2月16日，川軍第2師所屬劉成勛、陳洪范兩旅在樂山宣布擁護(hù)西南護(hù)法軍。
2月17日，川軍1、3兩師全體軍官聯(lián)名致電李烈鈞，表示加入西南護(hù)法軍。次日，川軍1、3兩師及劉成勛、陳洪范、汪可杰、舒榮衢各旅再次聯(lián)名宣布與西南靖國、護(hù)法各軍一致，推熊克武主持四川軍政事務(wù)。
在湖北，擁護(hù)護(hù)法的有：
1917年12月1日，鄂軍第1師師長石星川在荊門宣告自主，組織湖北靖國軍，電請襄陽鎮(zhèn)守使黎天才，一致行動。電致孫中山，表示愿與西南各省一致行動。孫中山復(fù)電祝賀，并派張伯烈、蔣文漢前往犒師慰問。
同時(shí)，原鄂軍第3師師長王安瀾率舊部于鄂豫邊境宣布獨(dú)立。
12月6日，鄂軍第1師1團(tuán)在黃州宣布自主。
12月10日，湖北革命黨人蔡濟(jì)民率民軍攻克廣濟(jì)，次日占領(lǐng)黃梅，自稱鄂軍總司令。隨后攻占施南、利川、咸豐、來鳳等縣。
12月16日，黎天才通電宣告自主，就任湖北靖國軍聯(lián)軍總司令，決心跟石星川“誓同生死”。孫中山復(fù)電祝賀。
陜西的護(hù)法運(yùn)動發(fā)展廣泛：
1917年11月25日，焦子靜等在白水通電宣布自主，籌建陜西護(hù)法軍。
12月4日，陜西龍駒寨駐軍王明敏等以護(hù)法軍名義，占據(jù)商縣、洛南一帶。
12月11日，陜西警備軍分統(tǒng)領(lǐng)耿直在西安發(fā)動政變，趕走陳樹藩。
12月21日，郭堅(jiān)在鳳翔通電宣布獨(dú)立，就任陜西護(hù)法軍西路總司令。
1918年1月25日，胡景翼部營長張義安在三原獨(dú)立。兩天后，胡景翼、曹世英赴三原，組織陜西靖國軍。胡景翼、曹世英為陜西靖國軍左右翼總司令。
2月17日，陜西靖國軍占領(lǐng)西安。
安徽的護(hù)法運(yùn)動也有一定規(guī)模：
1917年11月22日，程萌等宣布成立皖北討逆軍，次日攻占壽縣。
1918年3月12日，李雨春在含山縣舉義，攻占縣城，釋放政治犯。
浙江的護(hù)法運(yùn)動，又是一番新氣象。
1917年11月26日，寧波駐軍通電獨(dú)立，組成寧波獨(dú)立軍，推前督蔣尊簋為浙江軍總司令，宣稱“誓必蕩除叛逆，興復(fù)約法，還我國會，厲行自治?！?br/>
同日，溫州、處州、紹興、臺州、嚴(yán)州等地宣布獨(dú)立。
湖南的護(hù)法運(yùn)動開展得最早。
1917年8月，段祺瑞命傅良佐任湖南督軍，原湖南省督軍兼湖南省長譚延闿回茶陵原籍“省親”，并通電辭職，并悄悄化裝后離開湖南。
譚延闿在辭職前調(diào)湘軍第1師第2旅旅長林修梅部移防衡山，并派劉建藩代理零陵鎮(zhèn)守使，用意是集中力量，退守湘南，待時(shí)反攻。
9月18日，林修梅在衡山、劉建藩在零陵同時(shí)宣布獨(dú)立，揭開了護(hù)法戰(zhàn)爭的序幕。
10月2日，寶慶守備第二區(qū)司令周偉、第5師3團(tuán)團(tuán)長宋鶴庚聯(lián)銜通電宣告自主，聲討湘督傅良佐標(biāo)榜實(shí)行“以湘治湘”的禍湘計(jì)劃。
11月9日，寧鄉(xiāng)數(shù)百名護(hù)國軍占領(lǐng)縣署，宣布獨(dú)立。
此外，山東靖國軍、福建靖國軍、河南自主軍相繼起事。在短短幾個(gè)月內(nèi)，護(hù)法的烽火遍及十幾個(gè)省份，縱橫于大江南北，如火如荼，一日千里，皆以擁護(hù)中華民國軍政府為名。
軍政府成立后，孫中山派胡漢民、汪精衛(wèi)與廣東省長朱慶瀾多次密談，希望朱慶瀾把他過去收編的陳炯明部隊(duì)20營警衛(wèi)軍移交給軍政府。朱不僅曾收編了陳炯明20營，而且還收編了李福林的10多個(gè)營，以及未去海南島而留在廣州的龍濟(jì)光部隊(duì)。朱慶瀾與桂系軍閥陳炳焜有矛盾，桂系要求把省長節(jié)制下的40營警衛(wèi)軍交給督軍統(tǒng)率，逼使朱慶瀾交出兵權(quán)，并打出“省長民選”、“粵人治粵”的法寶，把朱慶瀾擠出廣東去。
朱慶瀾同意將20營警衛(wèi)軍交給孫中山，并提議由陳炯明擔(dān)任省長公署親軍司令。陳炯明在孫中山的同意下，接受了朱慶瀾的委派，朱慶瀾把王德慶、李次皋、熊略等人的警衛(wèi)軍共20營，全部撥給陳炯明。
可是，移交警衛(wèi)軍一事，遭到桂系軍閥的粗暴干涉。陳炳焜竟然出動部隊(duì)，包圍了陳炯明的司令部，繳去關(guān)印，迫使陳炯明匆匆出走香港。桂系軍閥頭領(lǐng)陸榮廷親自出馬，導(dǎo)演了省議會的省長選舉，陸保薦的李耀漢當(dāng)選省長。朱慶瀾無法與桂系抗衡，只好交出大印，棄職北上。陳炳焜輕而易舉地把省長轄下的40營警衛(wèi)軍，全部收為己有。
孫中山多次派人與陳炳焜交涉，要他把陳炯明的20營交出來，陸榮廷也打電報(bào)給陳炳焜，要他把20營親軍交出來，陳拖延敷衍，實(shí)際上按兵不動。陳炯明回到廣州，只好賦閑家中。
局勢很快發(fā)生了變化，段祺瑞令傅良佐率兩營精兵進(jìn)入湖南，命吳光新出任長江上游警備總司令兼四川查辦使，率重兵進(jìn)駐四川。又命馮玉祥部隊(duì)開往福建，威脅廣東。段氏武力統(tǒng)一西南各省的聲勢，越來越咄咄逼人。
桂系不得不緩和南方內(nèi)部矛盾，以免后院起火。陸榮廷在梧州召集包括有孫中山代表胡漢民參加的各方代表參加的軍事會議，決定把與廣東某些方面勢成水火的廣東督軍陳炳焜調(diào)離，由陸榮廷自兼廣東督軍，并由桂系的廣東將領(lǐng)莫榮新代理。會議還決定：程璧光以海軍總長兼任討閩軍陸海聯(lián)軍總司令。討閩軍以林葆懌為海軍總司令，陳炯明為粵軍總司令，方聲濤為滇軍總司令，共同進(jìn)攻福建。這樣，陳炯明才接受了20營親軍。
孫中山計(jì)劃把各地分散的護(hù)法力量納入軍政府的統(tǒng)一指揮之下，具體方案是：由唐繼堯統(tǒng)一滇、黔、川三省兵力，攻取四川，順江東下；陸榮廷統(tǒng)一粵、桂及駐粵滇軍援湘，協(xié)同程潛、劉建藩、林修梅奪取湘南，直趨江漢；黎天才、蔡濟(jì)民攻占湖北，揮師北指；陳炯明、李烈鈞率粵軍攻閩襲贛，西上武漢；黃復(fù)生、熊克武北擊祁山，東進(jìn)荊襄；然后各路大軍會師武漢，大舉北伐，統(tǒng)一中國。
1917年10月9日，孫中山在廣州召開軍事會議，討論出師北伐的戰(zhàn)略方針，決定：
?。?）派員與陸榮廷及兩廣督軍等磋商抵御龍濟(jì)光的計(jì)劃。
?。?）以滇軍第3師援湘。
?。?）以滇軍第4師及海軍即日誓師攻閩。
?。?）飭陳炯明、朱執(zhí)信兩軍加緊招募訓(xùn)練部隊(duì)，為滇軍、海軍后援。
?。?）由陸榮廷、唐繼堯火速出大軍會師武漢。
陸榮廷在南寧召開了兩廣援湘軍事會議，決定推桂督譚浩明為兩廣護(hù)國軍司令；孫中山特派革命黨人鈕永建為總參謀長，陳繼祖為參謀長；組成5個(gè)軍，以陸裕光、林俊廷、韋榮昌、馬濟(jì)、林虎分別為一至五軍司令。
湘省護(hù)法軍各路將領(lǐng)齊集衡陽，約有40營兵力，1．5萬人。孫中山派程潛來衡陽指揮，成立護(hù)法軍湘南總司令部，程潛為總司令。
開進(jìn)湘南作戰(zhàn)的是北洋軍第8師和20師。傅良佐任命第8師師長王汝賢為湘南司令，第20師師長范國璋為副司令。
護(hù)法軍的進(jìn)軍路線是：第四軍（粵軍）司令馬濟(jì)出韶關(guān)，經(jīng)湖南耒陽向攸縣、醴陵、長沙進(jìn)攻，是為右翼；第一軍（桂軍）司令韋榮昌出三江，經(jīng)新寧逼寶慶；第三軍（桂軍）司令陸裕光和第二軍（桂軍）司令林俊廷出全州，以永州、祁陽、衡陽攻長沙，窺岳州，由譚浩明指揮，是為中部；湘軍由湘南總司令程潛、第1師師長趙恒惕、零陵鎮(zhèn)守使劉建藩以及林修梅等人指揮，自寶慶北上，是為左翼。三路護(hù)法軍的總目標(biāo)是會攻長沙。
正當(dāng)南北軍在湘南鏖戰(zhàn)之際，北洋軍開進(jìn)湘南的主力第8師師長王汝賢和第20師師長范國璋發(fā)表通電，主張停戰(zhàn)議和。直督曹錕、鄂督王占元、蘇督李純、贛督陳光遠(yuǎn)“四督”通電響應(yīng)。贛督陳光遠(yuǎn)還發(fā)表宣言，宣布保境息民，拒絕北洋軍假道江西開往湖南，要求停止川、湘兩省的戰(zhàn)爭。
王汝賢、范國璋在發(fā)表主和通電的當(dāng)天，便從衡山撤兵。傅良佐急電朱澤黃部和李傳業(yè)部回援長沙。但不待兩路軍隊(duì)趕到，傅與代理省長周肇祥就在當(dāng)晚攜帶印信乘坐軍艦逃離長沙。湖南人民發(fā)出“趕走北兵狼子”的怒喊，北軍陷入了草木皆兵的境地，長沙一片混亂。
護(hù)法軍在北軍撤出衡山后，向北推進(jìn)，連克湘潭、株州，直趨長沙。北軍節(jié)節(jié)敗退，王、范被迫逃往岳陽。
湘軍第1師師長趙恒惕搶先進(jìn)入長沙，湘軍總司令程潛隨之趕到長沙。次日，湖南各界公推陸榮廷為湘粵桂巡閱使，譚浩明為湖南督軍，程潛為省長。
1917年11月24日，程潛就任湖南省長職，但桂系譚浩明立即反對，程不得不解省長兼職。12月12日，譚到長沙，宣布自己“暫以湘粵桂總司令名義兼領(lǐng)湖南軍民兩政事宜?！?br/>
護(hù)法聯(lián)軍占領(lǐng)長沙后，以陸榮廷為首的桂系軍閥和以唐繼堯?yàn)槭椎牡嵯弟婇y，堅(jiān)持響應(yīng)“四督”停戰(zhàn)主和的號召，反對進(jìn)攻岳州，力求與北京政府達(dá)成和平協(xié)議，因而前線陷于停頓狀態(tài)，出現(xiàn)了不戰(zhàn)不和、不進(jìn)不退的微妙局面。以孫中山為首的軍政府，主張乘勝追擊，進(jìn)攻岳州，會師武漢，直搗幽燕，將護(hù)法戰(zhàn)爭進(jìn)行到底。
鄂督王占元為自存計(jì)，從主和變?yōu)橹鲬?zhàn)，北洋軍閥開始向鄂西的荊、襄宣布獨(dú)立的鄂軍石星川師和黎天才師進(jìn)攻。譚浩明電請北京政府停止進(jìn)攻荊、襄，否則南軍將進(jìn)攻岳陽，以為報(bào)復(fù)。湘西軍民紛紛要求開往鄂西，與湖北自主軍戰(zhàn)斗在一起。
1918年1月上旬，湘軍總司令程潛于新市連續(xù)召開軍事會議，擬訂攻岳作戰(zhàn)計(jì)劃，決定：湘軍趙恒惕師第一旅和陳嘉佑之獨(dú)立第3旅進(jìn)攻托壩、西塘，為主攻；林修梅旅進(jìn)攻筻口，為助攻；桂軍韋榮昌部及陸裕光部各自佯攻坡塘和新墻、小橋嶺，以牽制正面之?dāng)?；劉建藩部?dān)負(fù)警戒通城方向，并相機(jī)策應(yīng)趙恒惕的主力部隊(duì)；吳劍學(xué)、李仲麟部為總預(yù)備隊(duì)。定于1月16日分兵進(jìn)攻岳州。
湘軍為解放故鄉(xiāng)、保衛(wèi)桑梓而戰(zhàn)，士氣大振。1月23日拂曉，護(hù)法聯(lián)軍開始五面攻擊岳州。湘軍右路和中路首先迎擊當(dāng)面之?dāng)秤谕袎巍⒑筇?，然后乘勝推進(jìn)到白湖瑕，威脅北軍的防御重點(diǎn)烏江橋；左路林修梅旅攻戰(zhàn)筻口、花山。守岳陽的北軍總司令王金鏡的第2師、李奎元的第11師、王汝賢的第8師、范國璋的第20師，都是直系主和派或親近直系的部隊(duì)，他們不愿與南軍血戰(zhàn)而毀滅自己，讓皖系軍隊(duì)坐收漁人之利。
24日，湘軍集中兵力攻擊江橋。25日，包圍烏江橋，26日攻康王橋。北軍不支，湘軍長驅(qū)而入，直抵岳陽城下。王金鏡命令放火焚燒后退出。1月27日上午，聯(lián)軍占領(lǐng)岳陽，俘敵1300余人。
聯(lián)軍攻克岳陽，西南各省人心振奮，紛紛要求乘勝進(jìn)攻武漢。湖北第1師師長石星川、襄陽鎮(zhèn)守使黎天才、第3師師長王安瀾宣布獨(dú)立護(hù)法后，他們彼此配合，共同成立湖北靖國軍聯(lián)軍，公推黎天才為聯(lián)軍總司令。當(dāng)時(shí)鄂省北軍主力都集中在荊、襄，同黎天才起義軍大戰(zhàn)，武漢空虛。如果南軍乘虛進(jìn)取武漢，與黎天才護(hù)法軍會師湖北，將使南北戰(zhàn)局發(fā)生重大變化。但桂系軍閥不從大局出發(fā)，旋即與直系軍閥秘密勾結(jié)，認(rèn)為北軍攻占荊、襄，南軍奪取岳陽，各得其所，雙方均應(yīng)適可而止，轉(zhuǎn)戰(zhàn)為和，迅速召開和平會議，譚浩明下命嚴(yán)禁前線各軍跨入鄂境一步，又把護(hù)國軍第二路林俊廷部調(diào)回廣東對付廣東方面的國民黨。這樣進(jìn)攻湖北、直搗京畿的大好時(shí)機(jī)，就被桂系軍閥斷送了。
桂系軍閥對孫中山領(lǐng)導(dǎo)的軍政府，一開始就采取聽其自生自滅的消極態(tài)度，后來更發(fā)展到公開進(jìn)行破壞。廣東代督莫榮新殺害了孫中山任命的潮梅前敵司令金國治，又誣指大元帥府衛(wèi)隊(duì)的連排長及衛(wèi)士多人，任意槍殺。孫中山派人到各縣招收民軍以擴(kuò)充自己的實(shí)力。莫榮新得到消息，通令各縣指這些招兵人員為土匪，一律就地槍決。單是增城一縣就有69個(gè)招兵人員被殺。孫中山在困難的環(huán)境下，想另求發(fā)展，準(zhǔn)備自己帶兵打福建，桂系又不肯給以物質(zhì)支援。廣州又有兩個(gè)招兵人員被捕，孫中山立刻寫信要求保釋，莫榮新連信也不回就把這兩個(gè)人槍決了。孫中山忍無可忍，決定不顧一切和桂系硬拚一下，把莫榮新趕出廣州。
“段祺瑞起用段芝貴、倪嗣沖這些復(fù)辟派做討逆軍統(tǒng)帥，以逆討逆，忠奸不分。今天的中國，不是復(fù)辟與共和之爭，而是真共和與假共和之爭。今天真復(fù)辟者少，假共和者多?！彼赋觯袊埠痛?年，國民未有享過共和幸福，是因?yàn)閳?zhí)共和國政之人，以假共和之面孔，行真專制之手段也。希望海陸軍為國民爭回真共和，以貫徹吾人救國救民之宗旨。他號召各界同心合力，奮起護(hù)法。
7月19日，孫中山出席廣東省議會歡迎會，與陳炳焜、朱慶瀾商討邀請國會議員來粵，以便召開國會和組織護(hù)法政府問題。孫中山提議以省議會名義，請國會議員來粵召集國會，以決定大計(jì)。如果法定人數(shù)不足，可召開緊急非常會議，以決要政。
朱慶瀾表示贊成，陳炳焜態(tài)度曖昧，他以南方力薄、經(jīng)濟(jì)困難為辭加以推托。孫中山逐一解釋，并希敦促陸榮廷東下合作。陳炳焜勉強(qiáng)同意。
孫中山即通過津、滬各報(bào)邀請國會議員南下，召開國會，以行民國統(tǒng)治之權(quán)。他又致電程璧光，要他率海軍艦隊(duì)南下。
7月21日，程璧光與海軍第一艦隊(duì)司令林葆懌率艦隊(duì)自吳淞口開往廣東，有海圻、海琛、飛鷹、永豐、舞鳳、同安、永翔、楚豫，過象山時(shí)又增加福安、豫章兩艦，共10艦。唐紹儀、汪精衛(wèi)等與程璧光同行。
8月5日，海軍艦隊(duì)全部抵黃埔，廣東各界在長堤東園集會歡迎海軍南下，到會者數(shù)逾數(shù)萬，盛況空前。各界代表爭先發(fā)表演說，淋漓慷慨，聞?wù)呦虨閯尤荨?br/>
國會議員應(yīng)孫中山電邀，先后到達(dá)廣州者150余人，但仍不足法定人數(shù)。8月18日，孫中山在黃埔公園宴請國會議員，商討召開國會事宜。與會者認(rèn)為，北京政府既已毀廢約法，向護(hù)法各省用兵，中華民國名存實(shí)亡；為了對內(nèi)團(tuán)結(jié)護(hù)法各省，對外實(shí)行獨(dú)立自主的外交政策，必須在南方另行組織政府，議員人數(shù)不足法定，可采取法國的先例，召開非常會議。
次日，國會議員舉行談話會，討論召開國會及組織政府問題，決定采用“國會非常會議”名稱，定于8月25日召開非常會議，并推舉呂志伊、王有蘭等7人為軍政府組織大綱起草員；并通電東南各省，召開非常國會，“以謀統(tǒng)一，以圖應(yīng)變”。
8月25日，國會非常會議在廣州正式開幕，國會議員150余人出席。會議由原任眾議院議長吳景濂主持。孫中山及廣東省長朱慶瀾等到會祝賀。粵督陳炳焜僅派代表列席。會議通過《國會非常會議組織大綱》，規(guī)定國會非常會議到內(nèi)亂戡定、《臨時(shí)約法》之效力完全恢復(fù)時(shí)為止，軍政府組織大綱由國會非常會議制定并宣布。
國會非常會議又通過《中華民國軍政府組織大綱》，并選舉孫中山為中華民國軍政府大元帥，唐繼堯、陸榮廷為元帥。原預(yù)定選程璧光為元帥，但程派代表表示不愿居此名義，會議乃從緩議。
眾議院議長吳景濂、參議院副議長王正廷率議員數(shù)十人，乘舞鳳艦到黃埔，舉行大元帥授印儀式。吳景濂在致大元帥頌詞中道：
前臨時(shí)大總統(tǒng)孫先生文，手創(chuàng)民國，內(nèi)外瞻仰，允當(dāng)斯任，即日赍致證書，登壇授受。悃忱未盡，復(fù)申是言。所愿我大元帥總輯師干，殲滅群丑，使民國危而復(fù)安，約法廢而復(fù)繼，不勝鄭重期望之至。
旋由王正廷代表授印。孫中山致答詞道：
文以不德，忝為共和先導(dǎo)。民國成立，六年于茲，而梟雄畔換，頻繁不已，文不能救，自念無以對我邦人兄弟。今者叛督倡亂，權(quán)奸竊柄，國會解散，元首遷廢。此誠勇夫志士發(fā)憤倡議之時(shí)也。而遷延數(shù)月，大兵未舉，政府未立，內(nèi)無以攘寇亂，外不足以示友邦。文以國會諸君不釋之故，不得不統(tǒng)攝軍政。任職以后，唯當(dāng)竭股肱之力，攘除奸兇，恢復(fù)《約法》，以竟元年未盡之責(zé)，雪數(shù)歲無功之恥。責(zé)任在躬，不敢有貳，諸所舉措，亦唯國會諸君實(shí)匡逮之。
經(jīng)孫中山提議，國會非常會議通過，任命軍政府各部總長名單如下：
外交總長 伍廷芳次長 王正廷
財(cái)政總長 唐紹儀陸軍總長 張開儒
海軍總長 程璧光
內(nèi)政總長 孫洪伊次長 居 正
交通總長 胡漢民
軍政府若干軍政長官名單如下：
軍政府秘書長 章太炎
軍政府總參謀長李烈鈞
軍政府海軍總司令 林葆懌
大元帥府親軍總司令李福林
大元帥府參軍長許崇清
軍政府第一軍總司令陳炯明
大元帥高等顧問吳景濂
川滇勞軍使王 湘
湖南勞軍使林伯渠
軍政府衛(wèi)戌總司令 方聲濤
大元帥府籌餉總辦 李耀漢
孫中山在廣州組建中華民國軍政府，鼓舞了各地反對北洋軍閥黑暗統(tǒng)治的力量，護(hù)法運(yùn)動的高潮隨即到來。
在四川先后宣布獨(dú)立護(hù)法的有：
1917年11月1日，四川川邊屯殖使張煦在西昌宣告獨(dú)立，并致電大元帥孫中山，表示“擁護(hù)真正之共和，掃除非法之政府，爰舉十邑之地，卅營之眾，遙承軍府，近聯(lián)滇黔，為國討賊，雖死不避?！碧评^堯?qū)⒃摬烤帪榫竾姷?軍，任張煦為總司令。
11月3日，顏德基以“四川靖國軍臨時(shí)司令”名義，在綏定通電獨(dú)立。
12月14日，陳鳳石在大竹縣宣布獨(dú)立，自任“四川靖國軍招討司令”。
12月18日，川軍第1師第2混成旅旅長王椅在合川通電護(hù)法，軍政府任命他為四川靖國軍聯(lián)軍川北總司令。
1918年2月16日，川軍第2師所屬劉成勛、陳洪范兩旅在樂山宣布擁護(hù)西南護(hù)法軍。
2月17日，川軍1、3兩師全體軍官聯(lián)名致電李烈鈞，表示加入西南護(hù)法軍。次日，川軍1、3兩師及劉成勛、陳洪范、汪可杰、舒榮衢各旅再次聯(lián)名宣布與西南靖國、護(hù)法各軍一致，推熊克武主持四川軍政事務(wù)。
在湖北，擁護(hù)護(hù)法的有：
1917年12月1日，鄂軍第1師師長石星川在荊門宣告自主，組織湖北靖國軍，電請襄陽鎮(zhèn)守使黎天才，一致行動。電致孫中山，表示愿與西南各省一致行動。孫中山復(fù)電祝賀，并派張伯烈、蔣文漢前往犒師慰問。
同時(shí)，原鄂軍第3師師長王安瀾率舊部于鄂豫邊境宣布獨(dú)立。
12月6日，鄂軍第1師1團(tuán)在黃州宣布自主。
12月10日，湖北革命黨人蔡濟(jì)民率民軍攻克廣濟(jì)，次日占領(lǐng)黃梅，自稱鄂軍總司令。隨后攻占施南、利川、咸豐、來鳳等縣。
12月16日，黎天才通電宣告自主，就任湖北靖國軍聯(lián)軍總司令，決心跟石星川“誓同生死”。孫中山復(fù)電祝賀。
陜西的護(hù)法運(yùn)動發(fā)展廣泛：
1917年11月25日，焦子靜等在白水通電宣布自主，籌建陜西護(hù)法軍。
12月4日，陜西龍駒寨駐軍王明敏等以護(hù)法軍名義，占據(jù)商縣、洛南一帶。
12月11日，陜西警備軍分統(tǒng)領(lǐng)耿直在西安發(fā)動政變，趕走陳樹藩。
12月21日，郭堅(jiān)在鳳翔通電宣布獨(dú)立，就任陜西護(hù)法軍西路總司令。
1918年1月25日，胡景翼部營長張義安在三原獨(dú)立。兩天后，胡景翼、曹世英赴三原，組織陜西靖國軍。胡景翼、曹世英為陜西靖國軍左右翼總司令。
2月17日，陜西靖國軍占領(lǐng)西安。
安徽的護(hù)法運(yùn)動也有一定規(guī)模：
1917年11月22日，程萌等宣布成立皖北討逆軍，次日攻占壽縣。
1918年3月12日，李雨春在含山縣舉義，攻占縣城，釋放政治犯。
浙江的護(hù)法運(yùn)動，又是一番新氣象。
1917年11月26日，寧波駐軍通電獨(dú)立，組成寧波獨(dú)立軍，推前督蔣尊簋為浙江軍總司令，宣稱“誓必蕩除叛逆，興復(fù)約法，還我國會，厲行自治?！?br/>
同日，溫州、處州、紹興、臺州、嚴(yán)州等地宣布獨(dú)立。
湖南的護(hù)法運(yùn)動開展得最早。
1917年8月，段祺瑞命傅良佐任湖南督軍，原湖南省督軍兼湖南省長譚延闿回茶陵原籍“省親”，并通電辭職，并悄悄化裝后離開湖南。
譚延闿在辭職前調(diào)湘軍第1師第2旅旅長林修梅部移防衡山，并派劉建藩代理零陵鎮(zhèn)守使，用意是集中力量，退守湘南，待時(shí)反攻。
9月18日，林修梅在衡山、劉建藩在零陵同時(shí)宣布獨(dú)立，揭開了護(hù)法戰(zhàn)爭的序幕。
10月2日，寶慶守備第二區(qū)司令周偉、第5師3團(tuán)團(tuán)長宋鶴庚聯(lián)銜通電宣告自主，聲討湘督傅良佐標(biāo)榜實(shí)行“以湘治湘”的禍湘計(jì)劃。
11月9日，寧鄉(xiāng)數(shù)百名護(hù)國軍占領(lǐng)縣署，宣布獨(dú)立。
此外，山東靖國軍、福建靖國軍、河南自主軍相繼起事。在短短幾個(gè)月內(nèi)，護(hù)法的烽火遍及十幾個(gè)省份，縱橫于大江南北，如火如荼，一日千里，皆以擁護(hù)中華民國軍政府為名。
軍政府成立后，孫中山派胡漢民、汪精衛(wèi)與廣東省長朱慶瀾多次密談，希望朱慶瀾把他過去收編的陳炯明部隊(duì)20營警衛(wèi)軍移交給軍政府。朱不僅曾收編了陳炯明20營，而且還收編了李福林的10多個(gè)營，以及未去海南島而留在廣州的龍濟(jì)光部隊(duì)。朱慶瀾與桂系軍閥陳炳焜有矛盾，桂系要求把省長節(jié)制下的40營警衛(wèi)軍交給督軍統(tǒng)率，逼使朱慶瀾交出兵權(quán)，并打出“省長民選”、“粵人治粵”的法寶，把朱慶瀾擠出廣東去。
朱慶瀾同意將20營警衛(wèi)軍交給孫中山，并提議由陳炯明擔(dān)任省長公署親軍司令。陳炯明在孫中山的同意下，接受了朱慶瀾的委派，朱慶瀾把王德慶、李次皋、熊略等人的警衛(wèi)軍共20營，全部撥給陳炯明。
可是，移交警衛(wèi)軍一事，遭到桂系軍閥的粗暴干涉。陳炳焜竟然出動部隊(duì)，包圍了陳炯明的司令部，繳去關(guān)印，迫使陳炯明匆匆出走香港。桂系軍閥頭領(lǐng)陸榮廷親自出馬，導(dǎo)演了省議會的省長選舉，陸保薦的李耀漢當(dāng)選省長。朱慶瀾無法與桂系抗衡，只好交出大印，棄職北上。陳炳焜輕而易舉地把省長轄下的40營警衛(wèi)軍，全部收為己有。
孫中山多次派人與陳炳焜交涉，要他把陳炯明的20營交出來，陸榮廷也打電報(bào)給陳炳焜，要他把20營親軍交出來，陳拖延敷衍，實(shí)際上按兵不動。陳炯明回到廣州，只好賦閑家中。
局勢很快發(fā)生了變化，段祺瑞令傅良佐率兩營精兵進(jìn)入湖南，命吳光新出任長江上游警備總司令兼四川查辦使，率重兵進(jìn)駐四川。又命馮玉祥部隊(duì)開往福建，威脅廣東。段氏武力統(tǒng)一西南各省的聲勢，越來越咄咄逼人。
桂系不得不緩和南方內(nèi)部矛盾，以免后院起火。陸榮廷在梧州召集包括有孫中山代表胡漢民參加的各方代表參加的軍事會議，決定把與廣東某些方面勢成水火的廣東督軍陳炳焜調(diào)離，由陸榮廷自兼廣東督軍，并由桂系的廣東將領(lǐng)莫榮新代理。會議還決定：程璧光以海軍總長兼任討閩軍陸海聯(lián)軍總司令。討閩軍以林葆懌為海軍總司令，陳炯明為粵軍總司令，方聲濤為滇軍總司令，共同進(jìn)攻福建。這樣，陳炯明才接受了20營親軍。
孫中山計(jì)劃把各地分散的護(hù)法力量納入軍政府的統(tǒng)一指揮之下，具體方案是：由唐繼堯統(tǒng)一滇、黔、川三省兵力，攻取四川，順江東下；陸榮廷統(tǒng)一粵、桂及駐粵滇軍援湘，協(xié)同程潛、劉建藩、林修梅奪取湘南，直趨江漢；黎天才、蔡濟(jì)民攻占湖北，揮師北指；陳炯明、李烈鈞率粵軍攻閩襲贛，西上武漢；黃復(fù)生、熊克武北擊祁山，東進(jìn)荊襄；然后各路大軍會師武漢，大舉北伐，統(tǒng)一中國。
1917年10月9日，孫中山在廣州召開軍事會議，討論出師北伐的戰(zhàn)略方針，決定：
?。?）派員與陸榮廷及兩廣督軍等磋商抵御龍濟(jì)光的計(jì)劃。
?。?）以滇軍第3師援湘。
?。?）以滇軍第4師及海軍即日誓師攻閩。
?。?）飭陳炯明、朱執(zhí)信兩軍加緊招募訓(xùn)練部隊(duì)，為滇軍、海軍后援。
?。?）由陸榮廷、唐繼堯火速出大軍會師武漢。
陸榮廷在南寧召開了兩廣援湘軍事會議，決定推桂督譚浩明為兩廣護(hù)國軍司令；孫中山特派革命黨人鈕永建為總參謀長，陳繼祖為參謀長；組成5個(gè)軍，以陸裕光、林俊廷、韋榮昌、馬濟(jì)、林虎分別為一至五軍司令。
湘省護(hù)法軍各路將領(lǐng)齊集衡陽，約有40營兵力，1．5萬人。孫中山派程潛來衡陽指揮，成立護(hù)法軍湘南總司令部，程潛為總司令。
開進(jìn)湘南作戰(zhàn)的是北洋軍第8師和20師。傅良佐任命第8師師長王汝賢為湘南司令，第20師師長范國璋為副司令。
護(hù)法軍的進(jìn)軍路線是：第四軍（粵軍）司令馬濟(jì)出韶關(guān)，經(jīng)湖南耒陽向攸縣、醴陵、長沙進(jìn)攻，是為右翼；第一軍（桂軍）司令韋榮昌出三江，經(jīng)新寧逼寶慶；第三軍（桂軍）司令陸裕光和第二軍（桂軍）司令林俊廷出全州，以永州、祁陽、衡陽攻長沙，窺岳州，由譚浩明指揮，是為中部；湘軍由湘南總司令程潛、第1師師長趙恒惕、零陵鎮(zhèn)守使劉建藩以及林修梅等人指揮，自寶慶北上，是為左翼。三路護(hù)法軍的總目標(biāo)是會攻長沙。
正當(dāng)南北軍在湘南鏖戰(zhàn)之際，北洋軍開進(jìn)湘南的主力第8師師長王汝賢和第20師師長范國璋發(fā)表通電，主張停戰(zhàn)議和。直督曹錕、鄂督王占元、蘇督李純、贛督陳光遠(yuǎn)“四督”通電響應(yīng)。贛督陳光遠(yuǎn)還發(fā)表宣言，宣布保境息民，拒絕北洋軍假道江西開往湖南，要求停止川、湘兩省的戰(zhàn)爭。
王汝賢、范國璋在發(fā)表主和通電的當(dāng)天，便從衡山撤兵。傅良佐急電朱澤黃部和李傳業(yè)部回援長沙。但不待兩路軍隊(duì)趕到，傅與代理省長周肇祥就在當(dāng)晚攜帶印信乘坐軍艦逃離長沙。湖南人民發(fā)出“趕走北兵狼子”的怒喊，北軍陷入了草木皆兵的境地，長沙一片混亂。
護(hù)法軍在北軍撤出衡山后，向北推進(jìn)，連克湘潭、株州，直趨長沙。北軍節(jié)節(jié)敗退，王、范被迫逃往岳陽。
湘軍第1師師長趙恒惕搶先進(jìn)入長沙，湘軍總司令程潛隨之趕到長沙。次日，湖南各界公推陸榮廷為湘粵桂巡閱使，譚浩明為湖南督軍，程潛為省長。
1917年11月24日，程潛就任湖南省長職，但桂系譚浩明立即反對，程不得不解省長兼職。12月12日，譚到長沙，宣布自己“暫以湘粵桂總司令名義兼領(lǐng)湖南軍民兩政事宜?！?br/>
護(hù)法聯(lián)軍占領(lǐng)長沙后，以陸榮廷為首的桂系軍閥和以唐繼堯?yàn)槭椎牡嵯弟婇y，堅(jiān)持響應(yīng)“四督”停戰(zhàn)主和的號召，反對進(jìn)攻岳州，力求與北京政府達(dá)成和平協(xié)議，因而前線陷于停頓狀態(tài)，出現(xiàn)了不戰(zhàn)不和、不進(jìn)不退的微妙局面。以孫中山為首的軍政府，主張乘勝追擊，進(jìn)攻岳州，會師武漢，直搗幽燕，將護(hù)法戰(zhàn)爭進(jìn)行到底。
鄂督王占元為自存計(jì)，從主和變?yōu)橹鲬?zhàn)，北洋軍閥開始向鄂西的荊、襄宣布獨(dú)立的鄂軍石星川師和黎天才師進(jìn)攻。譚浩明電請北京政府停止進(jìn)攻荊、襄，否則南軍將進(jìn)攻岳陽，以為報(bào)復(fù)。湘西軍民紛紛要求開往鄂西，與湖北自主軍戰(zhàn)斗在一起。
1918年1月上旬，湘軍總司令程潛于新市連續(xù)召開軍事會議，擬訂攻岳作戰(zhàn)計(jì)劃，決定：湘軍趙恒惕師第一旅和陳嘉佑之獨(dú)立第3旅進(jìn)攻托壩、西塘，為主攻；林修梅旅進(jìn)攻筻口，為助攻；桂軍韋榮昌部及陸裕光部各自佯攻坡塘和新墻、小橋嶺，以牽制正面之?dāng)?；劉建藩部?dān)負(fù)警戒通城方向，并相機(jī)策應(yīng)趙恒惕的主力部隊(duì)；吳劍學(xué)、李仲麟部為總預(yù)備隊(duì)。定于1月16日分兵進(jìn)攻岳州。
湘軍為解放故鄉(xiāng)、保衛(wèi)桑梓而戰(zhàn)，士氣大振。1月23日拂曉，護(hù)法聯(lián)軍開始五面攻擊岳州。湘軍右路和中路首先迎擊當(dāng)面之?dāng)秤谕袎巍⒑筇?，然后乘勝推進(jìn)到白湖瑕，威脅北軍的防御重點(diǎn)烏江橋；左路林修梅旅攻戰(zhàn)筻口、花山。守岳陽的北軍總司令王金鏡的第2師、李奎元的第11師、王汝賢的第8師、范國璋的第20師，都是直系主和派或親近直系的部隊(duì)，他們不愿與南軍血戰(zhàn)而毀滅自己，讓皖系軍隊(duì)坐收漁人之利。
24日，湘軍集中兵力攻擊江橋。25日，包圍烏江橋，26日攻康王橋。北軍不支，湘軍長驅(qū)而入，直抵岳陽城下。王金鏡命令放火焚燒后退出。1月27日上午，聯(lián)軍占領(lǐng)岳陽，俘敵1300余人。
聯(lián)軍攻克岳陽，西南各省人心振奮，紛紛要求乘勝進(jìn)攻武漢。湖北第1師師長石星川、襄陽鎮(zhèn)守使黎天才、第3師師長王安瀾宣布獨(dú)立護(hù)法后，他們彼此配合，共同成立湖北靖國軍聯(lián)軍，公推黎天才為聯(lián)軍總司令。當(dāng)時(shí)鄂省北軍主力都集中在荊、襄，同黎天才起義軍大戰(zhàn)，武漢空虛。如果南軍乘虛進(jìn)取武漢，與黎天才護(hù)法軍會師湖北，將使南北戰(zhàn)局發(fā)生重大變化。但桂系軍閥不從大局出發(fā)，旋即與直系軍閥秘密勾結(jié)，認(rèn)為北軍攻占荊、襄，南軍奪取岳陽，各得其所，雙方均應(yīng)適可而止，轉(zhuǎn)戰(zhàn)為和，迅速召開和平會議，譚浩明下命嚴(yán)禁前線各軍跨入鄂境一步，又把護(hù)國軍第二路林俊廷部調(diào)回廣東對付廣東方面的國民黨。這樣進(jìn)攻湖北、直搗京畿的大好時(shí)機(jī)，就被桂系軍閥斷送了。
桂系軍閥對孫中山領(lǐng)導(dǎo)的軍政府，一開始就采取聽其自生自滅的消極態(tài)度，后來更發(fā)展到公開進(jìn)行破壞。廣東代督莫榮新殺害了孫中山任命的潮梅前敵司令金國治，又誣指大元帥府衛(wèi)隊(duì)的連排長及衛(wèi)士多人，任意槍殺。孫中山派人到各縣招收民軍以擴(kuò)充自己的實(shí)力。莫榮新得到消息，通令各縣指這些招兵人員為土匪，一律就地槍決。單是增城一縣就有69個(gè)招兵人員被殺。孫中山在困難的環(huán)境下，想另求發(fā)展，準(zhǔn)備自己帶兵打福建，桂系又不肯給以物質(zhì)支援。廣州又有兩個(gè)招兵人員被捕，孫中山立刻寫信要求保釋，莫榮新連信也不回就把這兩個(gè)人槍決了。孫中山忍無可忍，決定不顧一切和桂系硬拚一下，把莫榮新趕出廣州。
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