陜西在此氣氛下，民軍紛紛起義反袁，陜軍旅長陳樹藩與各路民軍暗中聯(lián)絡，曾引起陜西將軍陸建章的猜疑，把他由陜北調往陜南。陳在三原宣布獨立。陸建章的長子陜軍第1旅旅長陸承武自告奮勇，率部向三原進擊，在富平一役被陳部營長胡景翼生擒，陳把他當作人質，要挾陸建章宣布獨立，否則請他自動離開陜西。
陸建章曾做過北京軍政執(zhí)法處處長，是個屠殺人民血債累累的大劊子手，他既要保全兒子的性命，又怕人民清算他的血債，因此愿意離開陜西。陳樹藩率部隊和平開進西安。陜西獨立，陳樹藩任陜西都督，讓陸承武任陜西護國軍總司令。
陸建章離開西安時，把他在陜西搜刮的民脂民膏，裝在幾十箱內帶走，走出城外，就被陳樹藩的部隊攔路劫去。后來陳樹藩替他追回了一部分，并派兵護送出境。
馮國璋自五將軍密電泄露后，又發(fā)一電報給袁，表示對袁的政策不滿。那些北方軍閥中見這面旗幟已經豎起，便有不少人通電勸袁退位，袁的火氣悶在肚里八十九個學案，三個學略。每案先列一表，列舉師友弟子，以，裝著不知馮已有異心，卻派阮忠樞南下，請馮聯(lián)絡未獨立各省軍民長官，聯(lián)名發(fā)出一個擁護定居總統(tǒng)的通電，以加強北洋軍的團結。袁又去電叫馮會商各省，迅籌調停之法。馮國璋默籌甚久，自道不若將計就計，即準備聯(lián)合未獨立各省在南京舉行會議，成立臨時政府，選出臨時總統(tǒng)，然后完成南北統(tǒng)一，召開正式國會，產生正式總統(tǒng)，他馮國璋再以東道主與盟主身份把總統(tǒng)爭過來。
馮國璋便打電報給張勛、倪嗣沖，三人聯(lián)名發(fā)起召集南京會議，電請未獨立各省派遣代表參加。
張勛立志復辟清室，從未更改主張；那倪嗣沖打算對袁效忠到底，三人各懷異志，湊在一起，自然不可能有統(tǒng)一的行動。
全國各方面都提出以袁退位為解決時局辦法。到滬國會議員256人聯(lián)名通電，聲明背叛國家的人沒有與西南議和的資格。唐紹儀通電罵袁喪盡廉恥。張謇寫信給徐世昌，叫他勸袁退位以平民忿。伍廷芳勸袁退位以求靈魂的安樂。除了極少數(shù)帝制派和主戰(zhàn)分子外，甚至北洋軍閥也紛紛電請退位。袁只能借口保持國家安全，先籌善后辦法類文明是性愛受壓抑的產物，人的性愛因遭受壓抑，無法滿，退位與善后則到南京會議上去解決。
參加南京會議的有奉天、吉林、黑龍江、直隸、山東、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈爾、熱河、綏遠15省區(qū)和上海、徐州、蚌埠等地區(qū)的軍閥代表20余人。山東代表丁世嶧在會議上首先提出袁氏必須退位，馮國璋暗中支持，河南代表陳裔時首先附和，各省代表都沒有相反意見，雖未提付表決，但已占有極大優(yōu)勢。
不料倪嗣沖當天晚上忽然帶領衛(wèi)隊三營趕到南京，他奉袁世凱密令來監(jiān)視會議。次日，倪出席會議首先發(fā)言，主張維持袁的總統(tǒng)地位。丁世嶧表示反對，湖南代表陳裔時、湖北代表馮國璋、江西代表何恩溥先后發(fā)言，都站在丁的一邊。
倪回過頭來問?。?br/>
“你是不是靳將軍的代表？靳將軍是擁護中央的，你為什么卻私通南方？”
陳裔時代丁解釋說：“不是不擁護中央，君子愛人以德。”
馮筼、何恩溥也都隨聲附和說：“主張退位并不等于反對總統(tǒng)，而是為袁總統(tǒng)著想。”
倪嗣沖氣得臉上青筋暴起，和他們爭吵起來。張勛的代表萬繩栻也支持倪的意見，反對袁退位，因此，以前同意袁退位的代表都不敢發(fā)言。馮國璋聲明：“關于退位問題，本會無權表決，應召集國會來討論決定?！贝蠹乙恢沦澇?。
關于備戰(zhàn)問題，倪和萬繩詢問各省能出多少兵，山東、江西和兩湖代表都不發(fā)言，同樣無法作出決定。
當南京會議發(fā)生爭吵的時候，四川將軍陳宣布獨立。
四川的北洋軍將領都不肯替袁賣命，因而士氣異常低落。馮玉祥兩次派人和蔡鍔接頭，表示響應起義，愿聯(lián)絡在四川的北洋軍采取一致行動，他主張倒袁后推舉馮國璋繼任總統(tǒng)。蔡叫他先勸陳宣布獨立。張敬堯有信給蔡，表示他決不為項城一人爭總統(tǒng)。蔡同樣勸他宣布獨立。
袁授意陳與蔡鍔進行地方性的停戰(zhàn)議和談判，陳見馮國璋態(tài)度日趨明朗，曾公開打電報要袁退位。蔡鍔又一再勸他宣布獨立，以取得護國軍與民軍諒解，形勢逼人，陳叫秘書起草獨立電報，一連換了三個秘書，起草了三份電報稿，總覺不當己意，不肯發(fā)出。不料四川民軍已等不及，聯(lián)絡18路人馬進攻成都，槍聲震耳，陳鬯才取出最后那份電稿，親筆加了一句，發(fā)了出去。電文道：“項城先自絕于川，不能不代表川人與項城告絕。自今日始，四川人民與袁氏個人斷絕關系。”
陳入川之前抱住袁氏之腿，懇請早登大位，當時就有人道，陳此舉正是與袁有異心，抱腿屬非常之舉，正要結袁氏歡心，使他不疑，他日陳必反。固陳鬯無恥，亦是袁世凱待人以奸，人以待袁以詐，不得不然耳。
袁世凱接到陳鬯電報，竟然氣得暈了過去，待醒來時，臉色漲紫，兩眼熱淚盈眶，萬般悲痛，口中低沉無力地頻頻吐著：“人心大變”、“人心大變”四字。
袁氏發(fā)一道申令痛罵陳鬯，怒罵陳背信棄義，又令陳入京，以重慶鎮(zhèn)守使、川軍第1師師長周駿為崇武將軍，督理四川軍務，曹錕督辦四川防務，張敬堯加將軍銜，幫辦四川軍務。卻是想叫四川軍人趕走陳，而以在四川的北洋軍為監(jiān)督。后來周駿果然打著崇武將軍的旗號進攻成都，護國軍救援不急，陳鬯棄城而逃。
時隔數(shù)日，湖南將軍湯薌銘依樣宣布獨立。湖南民軍紛紛而起在各縣暴動。陸榮廷電勸湯薌銘獨立，湯長兄湯化龍亦從上海派人去長沙勸其起義，反戈一擊立功自贖。湯懼湘西有北洋軍4師之眾，那倪嗣沖的弟弟倪毓芬又率安武軍15營到達岳州。湯能指揮的北洋軍只有一個混成旅，一旦宣布獨立，必成俎肉，遂觀望不定。后廣西護國軍向湘邊移動，永州鎮(zhèn)守使望云亭不能支，向湯請示，湯即示以“獨立求自保”，望云亭遂改所部為湘南護國軍，宣布永州獨立。
廣西護國軍繼續(xù)向衡州移動，湖南民軍聲勢更大。湯薌銘請袁撤退湖南境內北洋軍，首先撤退岳州的安武軍，才能避免南北兩軍在湘作戰(zhàn)，湖南以中立姿態(tài)出現(xiàn)，可作緩沖地帶，對北方有利。湯暗示陸榮廷，北洋軍一撤，即宣布獨立，請勿進兵過速。
袁世凱果然令安武軍撤走。此時，湯化龍通過譚延與國民黨軍人派取得聯(lián)絡；國民黨承認乃弟湯薌銘為湖南都督，保證不算舊帳，由國民黨軍人協(xié)助湯薌銘收編民軍，改成湘軍3師。
湯薌銘見有了保障，遂通電宣布獨立，湯不好意思痛罵袁氏，措詞溫柔，引起護國軍不滿，疑其為假獨立，真擁袁，湯又補發(fā)一電，道：“公即取消帝制，不負為國法之罪人，薌銘雖有知遇私情，不能忘國家之大義”云云。
袁接湯此電，氣得語不成聲，原就病累不堪，遂臥床不起，召集有關人員舉行榻前會議，令公布“帝制始末案”，道：“即今日之反對帝制者，當日亦多在贊成之列，尤非本大總統(tǒng)之所能料及，此則不明不智無可諱飾者也?！?br/>
袁又召蔡廷干道：“聽說各國使館認為我應該或者將要辭職？”
蔡見老袁面容黯淡無光，惟眼中一點火星尚未熄滅，便委婉答道：“大家都認為您十分需要休息，政府財政前景非常不好，困難與日俱增?！?br/>
一位法國醫(yī)生和一位中醫(yī)負責為袁治療，診斷為尿毒癥，已經不能排尿，遂決定從后背導尿，但只導出一灘血水，在場諸人一陣驚惶，老袁亦知病情嚴重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳至榻前，對諸人略作點頭，卻已無力，只道得：“約法”兩字。守在一旁的袁克定忙補了一句：“金匱石室?！?br/>
法國醫(yī)生給袁打了一針強心針，袁慢慢醒過來，微有嘆息之聲，道：“他害了我?！闭f完氣絕身亡。
有人說，袁最后服了一帖“二陳湯”以致送命，二陳是指陳樹藩、陳，湯是指湯薌銘。
袁死后，眾人打開“金匱石室”一看，總統(tǒng)繼承人寫著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳便討論誰繼任總統(tǒng)。眾人無法開口，都推徐世昌表態(tài)，徐世昌道：“據(jù)約法，該以副總統(tǒng)繼任?！?br/>
徐世昌這個老官僚的精明之處，不言新舊約法，因為新約法是西南護國軍所反對的，舊約法又是北洋派所不滿的，但言約法，就能夠做到兩面討好。無論根據(jù)新約法或者是舊約法，黎元洪都有資格繼任總統(tǒng)，利用黎來收拾殘局，利用這個政治俘虜為北洋派服務，對北洋派來說是當時最好的打算。徐怕他的主張堵塞了段想做總統(tǒng)的出路，于是瞟了段一眼說：
“這只是我個人的意見，最好還是總理決定?！?br/>
段祺瑞左手端著煙斗，右手往身后一背，心想，如果我當總統(tǒng)，不僅西南護國軍不會答應，就是馮國璋也不會同意。馮在反對袁世凱帝制活動中，形成了在袁與護國軍之間的第三種勢力。如果讓徐世昌當總統(tǒng)，他是袁的金蘭密友，而且是北洋軍閥“團體精神”的主要塑造者，和袁兩人共同造就了北洋軍閥，而且此人足智多謀，是不好駕馭的。想來想去，只有讓黎元洪出任總統(tǒng)才比較妥當。一來讓黎出任總統(tǒng)，名正言順，能擺平多方關系；二來黎手里沒有兵權。就讓黎元洪當一個傀儡總統(tǒng)，大權仍操在我責任內閣總理手里，豈不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道：“很好！”
黎元洪繼任總統(tǒng)遂定。
梁啟超早已提出以黎代袁的主張，而且得到護國軍的贊同，那老袁在未死之前，對護國軍公開提出由黎繼任大總統(tǒng)，對黎是否會公開倒向護國軍方面，十分擔心，對黎防范甚嚴。他特派步軍統(tǒng)領江朝宗監(jiān)視黎的行動，江密令黎私邸之守衛(wèi)隊長：“無論如何不可使黎出東廠胡同一步?！?br/>
黎元洪不顧一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其處境之險惡。黎的左右親信都認為，黎居虎穴，長此以往，實難保證安全。于是秘書瞿瀛、郭泰祺等人，通過日本東方通信社駐北京社長井上一葉，同日本公使小幡西吉，策劃了一個協(xié)助黎元洪出京到南方行使大總統(tǒng)職權的計劃。辦法是：黎宅與劉鐘秀宅一墻之隔，將墻鑿穿，讓黎易服鉆洞入劉宅，再由日人一葉駕同仁醫(yī)院病車，揚言劉有急癥，須送醫(yī)院，遂馳車送黎疾馳東交民巷。即由小幡從東交民巷使館陪同黎元洪乘專車出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意這個計劃。不料出走前消息走漏，東廠胡同黎宅附近軍警密布，出走計劃告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文繡流露將要出京之意，危文繡詰問何往，元洪未明答，只說：“將來再派人接你?！?br/>
危文繡早已受袁克定收買，因她與外交部特派湖北交涉員胡朝棟之妻為“手帕姊妹”，胡又與楊士琦過從甚密，從而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持價值2萬元的珍珠贈黎妾危文繡，使探黎動靜。危文繡得知黎元洪欲出京消息后，即告胡朝棟，胡又告楊士琦、袁克定。黎元洪出走不成，并不十分懊惱，反而說：“我是副總統(tǒng)，叫我易服鉆洞，豈不失了體統(tǒng)！”
袁世凱氣絕后，段祺瑞三往黎宅，勸黎根據(jù)約法代理總統(tǒng)。黎初聞袁死，將信將疑，先派長女紹芬去袁家探視，紹芬回報后，方信袁死。他對段祺瑞說：“項城聰明一世，不意竟有今日?！彼鞆乃饺舜婵钪心贸?0萬元贈袁家屬，為袁治喪。袁曾以10萬元購買東廠胡同宅邸贈黎，黎以這種方式歸還。
對于接任總統(tǒng)一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無力維持秩序。段毅然道：“公為副總統(tǒng)，當然繼任。公出，北京秩序，祺瑞當一人負責?！?br/>
1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就職。
孫中山在上海發(fā)表宣言，要求政府恢復約法，尊重國會，即要求恢復民國元年的《臨時約法》，把被袁世凱解散的國會恢復起來。西南軍務院撫軍長唐繼堯也于6月10日通電北京政府，提出恢復民元約法，召集舊國會，懲辦帝制禍首，將抵制護國軍之軍隊撤回原地，召集軍事善后會議等4項條件，聲明北方如同意此條件，即可撤銷軍務院和取消西南各省獨立，云云。
段祺瑞對孫中山及西南護國軍的要求偏偏不理。又有國會議員孫洪伊、谷鐘秀等，在上海自行召集議員250多人，聯(lián)電致段祺瑞，要求恢復舊約法。
段祺瑞接此電報后，懷著極為矛盾的心情，與幕僚們研究對策，幾天來都拿不出應付的辦法。作為總理，他主張責任內閣制，而袁世凱的新約法的主要內容則為總統(tǒng)制，與他的愿望相背；舊約法的主要內容則是責任內閣制，對他甚是有利。但恢復舊約法，國會也將隨之恢復。老袁非法廢止舊約法，非法解散了國會，國會問題同約法問題，乃是一個問題的兩面。要責任內閣制，就要舊約法和國會，國會之中，國民黨人占多數(shù)，一旦恢復，他想個人軍事獨裁便行不通。
在南北雙方就新舊約法問題之爭陷入僵局時，不料駐滬海軍總司令李鼎新率海軍宣告獨立，聲明如不恢復《臨時約法》，不恢復國會，不新組織責任內閣，海軍就拒不接受北京政府的命令。此時北洋集團內部中，江蘇將軍馮國璋、河南將軍趙倜等也主張恢復舊約法。
段祺瑞面對來自各方面的重大壓力，感到有點難以支持，不得不于6月29日接受南方條件。
于是，黎元洪以大總統(tǒng)的名義，發(fā)布命令說：“共和國體，首重民意，民意所寄，厥惟憲法。憲法之成，專待國會。我中華民國國會自3年1月10日停止以后，時越兩載，迄未召復，以至開國5年，憲法未定，大本不立，庶政無由進行。亟應召集國會，速定憲法，以協(xié)民志而固國本。憲法未定以前，仍遵行中華民國元年3月11日公布之臨時約法，至憲法成立為止?！?br/>
黎元洪還發(fā)布命令，定于8月1日召集國會復會。并下令裁撤參政院、肅政廳、北京軍政執(zhí)法處等機關。
關于約法問題和國會問題，段祺瑞雖然被迫屈服，但是懲辦帝制禍首問題，段又與西南各省爭執(zhí)。
西南方面提出懲辦的帝制禍首有：楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛所謂的“六君子”，和朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮(zhèn)芳、雷震春、袁乃寬所謂的“七兇”，合起來稱為十三太保。事實上，參加帝制活動的豈止“十三太?！?，除了不計其數(shù)的政治流氓稱臣勸進的而外，還有為袁家皇帝搖旗吶喊的各省北洋軍閥在內。西南方面，認為如果牽涉面過廣，可能會影響與北方的和平解決，因而只提出這些人，其余不究，希望北京政府懲辦，以便對全國人民有所交待。所謂的十三太保，不但是護國軍所指出的“內亂重要罪犯”，應當“明正典刑以謝天下”，而且也是通國皆知的洪憲王朝的罪魁禍首，應說是絕對沒有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等與不少帝制禍首具有血肉相聯(lián)的關系，就替他們說話。北京政府在研究這批禍首名單時，首先袁克定從彰德打來急電，為雷震春、張鎮(zhèn)芳乞情，這兩個人就從名單中剔出；隨后馮國璋為段芝貴乞情，李經羲又力保嚴復和劉師培，說他們是“當代不可多得的人才”，名單上又剔出了這三個人；黎元洪認為李燮和、胡瑛都是老同盟會會員，為了對國民黨表示善意，通緝禍首的名單中不宜羅列與國民黨有關的人物，因此這兩個國民黨變節(jié)分子也可逍遙法外了；袁乃寬因與袁世凱有同族之誼，段也把他的名字剔出了。這樣，“六君子”剩下“兩君子”，“七兇”剩下“三兇”，合起來“十三太?！?，只剩下了“五太?！?。還有人替梁士詒乞情，說他與銀行界具有深切關系，留著他替政府籌款也是好的。但黎元洪大不以為然，他說：“那么，我們不下這道命令倒還好些。”因此梁“財神”仍然榜上有名。
由于禍首的人數(shù)越研究越少，北京政府自己也覺得交代不下，才又補進了并非首要分子的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，于7月14日以大總統(tǒng)名義發(fā)布命令，將這八人“拿交法庭，詳確訊鞫，嚴行懲辦，為后世戒。其余一律寬免”。
北京政府在懲辦令發(fā)表之前，預先示意榜上有名的人趕快離開北京，因此，楊度、孫毓筠、梁士詒等從容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一帶，有的則被張勛召往徐州，禮為上賓。北京法庭自然也就沒有捉到一個禍首。
雖如此，西南護國軍也就滿足了。7月14日，護國軍撫軍長唐繼堯、副軍長岑春煊、政務委員長梁啟超及南方各省諸首領，聯(lián)名通電，撤銷軍務院，取消獨立。至此，南北實現(xiàn)了統(tǒng)一。
北京政府在下令恢復舊約法的那一天，黎元洪任命段祺瑞為國務總理，并發(fā)表：
唐紹儀為外交總長許世英為內務總長
陳錦濤為財政總長段祺瑞為陸軍總長
程璧光為海軍總長張耀曾為司法總長
孫洪伊為教育總長張國淦為農商總長
江大燮為交通總長
唐紹儀未到任前，派陳錦濤代外交總長。7月12日調任孫洪伊為內務總長、范源濂為教育總長、許世英為交通總長，7月31日改派谷鐘秀為農商總長。
8月1日，國會議員們重集北京，召開了國會。湯化龍、陳國祥當選為眾議院正副議長，王家襄、王正廷當選為參議院正副議長。黎元洪向國會宣誓就任總統(tǒng)。
北京政府又發(fā)布命令，各省將軍、巡按使改名為督軍、省長，任命名單如下：
奉天督軍張作霖兼署奉天省長
吉林督軍 孟恩遠省長 郭宗熙
山東督軍 張懷芝省長 孫發(fā)緒
河南督軍 趙 倜省長 田文烈
山西督軍 閻錫山省長 沈銘昌
江蘇督軍 馮國璋省長 齊耀琳
安徽督軍 張 勛省長 倪嗣沖
江西督軍 李 純省長 戚 揚
福建督軍 李厚基省長 胡瑞霖
浙江督軍 呂公望兼署浙江省長
湖北督軍 王占元省長 范守佑
湖南督軍 陳鬯兼署湖南省長
陜西督軍 陳樹藩兼陜西省長
四川督軍 蔡鍔兼四川省長
廣東督軍 陸榮廷省長 朱慶瀾
廣西督軍 陳炳焜省長 羅佩金
云南督軍 唐繼堯省長 任可澄
貴州督軍 劉顯世省長 戴 戡
直隸省長 朱家寶兼署直隸督軍
黑龍江省長 畢桂芳兼黑龍江督軍
甘肅省長 張廣建兼署甘肅督軍
新疆省長 楊增新兼署新疆督軍
又任命龍濟光為兩廣礦務督辦，湯薌銘為廣東查辦使，李烈鈞授以勛二位和陸軍上將銜，著即來京另候任用。
陸建章曾做過北京軍政執(zhí)法處處長，是個屠殺人民血債累累的大劊子手，他既要保全兒子的性命，又怕人民清算他的血債，因此愿意離開陜西。陳樹藩率部隊和平開進西安。陜西獨立，陳樹藩任陜西都督，讓陸承武任陜西護國軍總司令。
陸建章離開西安時，把他在陜西搜刮的民脂民膏，裝在幾十箱內帶走，走出城外，就被陳樹藩的部隊攔路劫去。后來陳樹藩替他追回了一部分，并派兵護送出境。
馮國璋自五將軍密電泄露后，又發(fā)一電報給袁，表示對袁的政策不滿。那些北方軍閥中見這面旗幟已經豎起，便有不少人通電勸袁退位，袁的火氣悶在肚里八十九個學案，三個學略。每案先列一表，列舉師友弟子，以，裝著不知馮已有異心，卻派阮忠樞南下，請馮聯(lián)絡未獨立各省軍民長官，聯(lián)名發(fā)出一個擁護定居總統(tǒng)的通電，以加強北洋軍的團結。袁又去電叫馮會商各省，迅籌調停之法。馮國璋默籌甚久，自道不若將計就計，即準備聯(lián)合未獨立各省在南京舉行會議，成立臨時政府，選出臨時總統(tǒng)，然后完成南北統(tǒng)一，召開正式國會，產生正式總統(tǒng)，他馮國璋再以東道主與盟主身份把總統(tǒng)爭過來。
馮國璋便打電報給張勛、倪嗣沖，三人聯(lián)名發(fā)起召集南京會議，電請未獨立各省派遣代表參加。
張勛立志復辟清室，從未更改主張；那倪嗣沖打算對袁效忠到底，三人各懷異志，湊在一起，自然不可能有統(tǒng)一的行動。
全國各方面都提出以袁退位為解決時局辦法。到滬國會議員256人聯(lián)名通電，聲明背叛國家的人沒有與西南議和的資格。唐紹儀通電罵袁喪盡廉恥。張謇寫信給徐世昌，叫他勸袁退位以平民忿。伍廷芳勸袁退位以求靈魂的安樂。除了極少數(shù)帝制派和主戰(zhàn)分子外，甚至北洋軍閥也紛紛電請退位。袁只能借口保持國家安全，先籌善后辦法類文明是性愛受壓抑的產物，人的性愛因遭受壓抑，無法滿，退位與善后則到南京會議上去解決。
參加南京會議的有奉天、吉林、黑龍江、直隸、山東、河南、江西、安徽、湖南、湖北、福建、山西、察哈爾、熱河、綏遠15省區(qū)和上海、徐州、蚌埠等地區(qū)的軍閥代表20余人。山東代表丁世嶧在會議上首先提出袁氏必須退位，馮國璋暗中支持，河南代表陳裔時首先附和，各省代表都沒有相反意見，雖未提付表決，但已占有極大優(yōu)勢。
不料倪嗣沖當天晚上忽然帶領衛(wèi)隊三營趕到南京，他奉袁世凱密令來監(jiān)視會議。次日，倪出席會議首先發(fā)言，主張維持袁的總統(tǒng)地位。丁世嶧表示反對，湖南代表陳裔時、湖北代表馮國璋、江西代表何恩溥先后發(fā)言，都站在丁的一邊。
倪回過頭來問?。?br/>
“你是不是靳將軍的代表？靳將軍是擁護中央的，你為什么卻私通南方？”
陳裔時代丁解釋說：“不是不擁護中央，君子愛人以德。”
馮筼、何恩溥也都隨聲附和說：“主張退位并不等于反對總統(tǒng)，而是為袁總統(tǒng)著想。”
倪嗣沖氣得臉上青筋暴起，和他們爭吵起來。張勛的代表萬繩栻也支持倪的意見，反對袁退位，因此，以前同意袁退位的代表都不敢發(fā)言。馮國璋聲明：“關于退位問題，本會無權表決，應召集國會來討論決定?！贝蠹乙恢沦澇?。
關于備戰(zhàn)問題，倪和萬繩詢問各省能出多少兵，山東、江西和兩湖代表都不發(fā)言，同樣無法作出決定。
當南京會議發(fā)生爭吵的時候，四川將軍陳宣布獨立。
四川的北洋軍將領都不肯替袁賣命，因而士氣異常低落。馮玉祥兩次派人和蔡鍔接頭，表示響應起義，愿聯(lián)絡在四川的北洋軍采取一致行動，他主張倒袁后推舉馮國璋繼任總統(tǒng)。蔡叫他先勸陳宣布獨立。張敬堯有信給蔡，表示他決不為項城一人爭總統(tǒng)。蔡同樣勸他宣布獨立。
袁授意陳與蔡鍔進行地方性的停戰(zhàn)議和談判，陳見馮國璋態(tài)度日趨明朗，曾公開打電報要袁退位。蔡鍔又一再勸他宣布獨立，以取得護國軍與民軍諒解，形勢逼人，陳叫秘書起草獨立電報，一連換了三個秘書，起草了三份電報稿，總覺不當己意，不肯發(fā)出。不料四川民軍已等不及，聯(lián)絡18路人馬進攻成都，槍聲震耳，陳鬯才取出最后那份電稿，親筆加了一句，發(fā)了出去。電文道：“項城先自絕于川，不能不代表川人與項城告絕。自今日始，四川人民與袁氏個人斷絕關系。”
陳入川之前抱住袁氏之腿，懇請早登大位，當時就有人道，陳此舉正是與袁有異心，抱腿屬非常之舉，正要結袁氏歡心，使他不疑，他日陳必反。固陳鬯無恥，亦是袁世凱待人以奸，人以待袁以詐，不得不然耳。
袁世凱接到陳鬯電報，竟然氣得暈了過去，待醒來時，臉色漲紫，兩眼熱淚盈眶，萬般悲痛，口中低沉無力地頻頻吐著：“人心大變”、“人心大變”四字。
袁氏發(fā)一道申令痛罵陳鬯，怒罵陳背信棄義，又令陳入京，以重慶鎮(zhèn)守使、川軍第1師師長周駿為崇武將軍，督理四川軍務，曹錕督辦四川防務，張敬堯加將軍銜，幫辦四川軍務。卻是想叫四川軍人趕走陳，而以在四川的北洋軍為監(jiān)督。后來周駿果然打著崇武將軍的旗號進攻成都，護國軍救援不急，陳鬯棄城而逃。
時隔數(shù)日，湖南將軍湯薌銘依樣宣布獨立。湖南民軍紛紛而起在各縣暴動。陸榮廷電勸湯薌銘獨立，湯長兄湯化龍亦從上海派人去長沙勸其起義，反戈一擊立功自贖。湯懼湘西有北洋軍4師之眾，那倪嗣沖的弟弟倪毓芬又率安武軍15營到達岳州。湯能指揮的北洋軍只有一個混成旅，一旦宣布獨立，必成俎肉，遂觀望不定。后廣西護國軍向湘邊移動，永州鎮(zhèn)守使望云亭不能支，向湯請示，湯即示以“獨立求自保”，望云亭遂改所部為湘南護國軍，宣布永州獨立。
廣西護國軍繼續(xù)向衡州移動，湖南民軍聲勢更大。湯薌銘請袁撤退湖南境內北洋軍，首先撤退岳州的安武軍，才能避免南北兩軍在湘作戰(zhàn)，湖南以中立姿態(tài)出現(xiàn)，可作緩沖地帶，對北方有利。湯暗示陸榮廷，北洋軍一撤，即宣布獨立，請勿進兵過速。
袁世凱果然令安武軍撤走。此時，湯化龍通過譚延與國民黨軍人派取得聯(lián)絡；國民黨承認乃弟湯薌銘為湖南都督，保證不算舊帳，由國民黨軍人協(xié)助湯薌銘收編民軍，改成湘軍3師。
湯薌銘見有了保障，遂通電宣布獨立，湯不好意思痛罵袁氏，措詞溫柔，引起護國軍不滿，疑其為假獨立，真擁袁，湯又補發(fā)一電，道：“公即取消帝制，不負為國法之罪人，薌銘雖有知遇私情，不能忘國家之大義”云云。
袁接湯此電，氣得語不成聲，原就病累不堪，遂臥床不起，召集有關人員舉行榻前會議，令公布“帝制始末案”，道：“即今日之反對帝制者，當日亦多在贊成之列，尤非本大總統(tǒng)之所能料及，此則不明不智無可諱飾者也?！?br/>
袁又召蔡廷干道：“聽說各國使館認為我應該或者將要辭職？”
蔡見老袁面容黯淡無光，惟眼中一點火星尚未熄滅，便委婉答道：“大家都認為您十分需要休息，政府財政前景非常不好，困難與日俱增?！?br/>
一位法國醫(yī)生和一位中醫(yī)負責為袁治療，診斷為尿毒癥，已經不能排尿，遂決定從后背導尿，但只導出一灘血水，在場諸人一陣驚惶，老袁亦知病情嚴重，即召徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳至榻前，對諸人略作點頭，卻已無力，只道得：“約法”兩字。守在一旁的袁克定忙補了一句：“金匱石室?！?br/>
法國醫(yī)生給袁打了一針強心針，袁慢慢醒過來，微有嘆息之聲，道：“他害了我?！闭f完氣絕身亡。
有人說，袁最后服了一帖“二陳湯”以致送命，二陳是指陳樹藩、陳，湯是指湯薌銘。
袁死后，眾人打開“金匱石室”一看，總統(tǒng)繼承人寫著黎元洪、徐世昌、段祺瑞三個人的名字。
徐世昌、段祺瑞、王士珍、張鎮(zhèn)芳便討論誰繼任總統(tǒng)。眾人無法開口，都推徐世昌表態(tài)，徐世昌道：“據(jù)約法，該以副總統(tǒng)繼任?！?br/>
徐世昌這個老官僚的精明之處，不言新舊約法，因為新約法是西南護國軍所反對的，舊約法又是北洋派所不滿的，但言約法，就能夠做到兩面討好。無論根據(jù)新約法或者是舊約法，黎元洪都有資格繼任總統(tǒng)，利用黎來收拾殘局，利用這個政治俘虜為北洋派服務，對北洋派來說是當時最好的打算。徐怕他的主張堵塞了段想做總統(tǒng)的出路，于是瞟了段一眼說：
“這只是我個人的意見，最好還是總理決定?！?br/>
段祺瑞左手端著煙斗，右手往身后一背，心想，如果我當總統(tǒng)，不僅西南護國軍不會答應，就是馮國璋也不會同意。馮在反對袁世凱帝制活動中，形成了在袁與護國軍之間的第三種勢力。如果讓徐世昌當總統(tǒng)，他是袁的金蘭密友，而且是北洋軍閥“團體精神”的主要塑造者，和袁兩人共同造就了北洋軍閥，而且此人足智多謀，是不好駕馭的。想來想去，只有讓黎元洪出任總統(tǒng)才比較妥當。一來讓黎出任總統(tǒng)，名正言順，能擺平多方關系；二來黎手里沒有兵權。就讓黎元洪當一個傀儡總統(tǒng)，大權仍操在我責任內閣總理手里，豈不更妙！
段祺瑞沉默良久，便道：“很好！”
黎元洪繼任總統(tǒng)遂定。
梁啟超早已提出以黎代袁的主張，而且得到護國軍的贊同，那老袁在未死之前，對護國軍公開提出由黎繼任大總統(tǒng)，對黎是否會公開倒向護國軍方面，十分擔心，對黎防范甚嚴。他特派步軍統(tǒng)領江朝宗監(jiān)視黎的行動，江密令黎私邸之守衛(wèi)隊長：“無論如何不可使黎出東廠胡同一步?！?br/>
黎元洪不顧一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其處境之險惡。黎的左右親信都認為，黎居虎穴，長此以往，實難保證安全。于是秘書瞿瀛、郭泰祺等人，通過日本東方通信社駐北京社長井上一葉，同日本公使小幡西吉，策劃了一個協(xié)助黎元洪出京到南方行使大總統(tǒng)職權的計劃。辦法是：黎宅與劉鐘秀宅一墻之隔，將墻鑿穿，讓黎易服鉆洞入劉宅，再由日人一葉駕同仁醫(yī)院病車，揚言劉有急癥，須送醫(yī)院，遂馳車送黎疾馳東交民巷。即由小幡從東交民巷使館陪同黎元洪乘專車出京去天津，再由天津上船南下。
黎元洪同意這個計劃。不料出走前消息走漏，東廠胡同黎宅附近軍警密布，出走計劃告吹。
黎出走的消息，是他的家人向袁克定告密的。黎向妾危文繡流露將要出京之意，危文繡詰問何往，元洪未明答，只說：“將來再派人接你?！?br/>
危文繡早已受袁克定收買，因她與外交部特派湖北交涉員胡朝棟之妻為“手帕姊妹”，胡又與楊士琦過從甚密，從而接近袁克定，袁克定知胡妻常到黎家，特托付胡妻持價值2萬元的珍珠贈黎妾危文繡，使探黎動靜。危文繡得知黎元洪欲出京消息后，即告胡朝棟，胡又告楊士琦、袁克定。黎元洪出走不成，并不十分懊惱，反而說：“我是副總統(tǒng)，叫我易服鉆洞，豈不失了體統(tǒng)！”
袁世凱氣絕后，段祺瑞三往黎宅，勸黎根據(jù)約法代理總統(tǒng)。黎初聞袁死，將信將疑，先派長女紹芬去袁家探視，紹芬回報后，方信袁死。他對段祺瑞說：“項城聰明一世，不意竟有今日?！彼鞆乃饺舜婵钪心贸?0萬元贈袁家屬，為袁治喪。袁曾以10萬元購買東廠胡同宅邸贈黎，黎以這種方式歸還。
對于接任總統(tǒng)一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無力維持秩序。段毅然道：“公為副總統(tǒng)，當然繼任。公出，北京秩序，祺瑞當一人負責?！?br/>
1916年6月7日，黎元洪在東廠胡同宅邸前宣誓就職。
孫中山在上海發(fā)表宣言，要求政府恢復約法，尊重國會，即要求恢復民國元年的《臨時約法》，把被袁世凱解散的國會恢復起來。西南軍務院撫軍長唐繼堯也于6月10日通電北京政府，提出恢復民元約法，召集舊國會，懲辦帝制禍首，將抵制護國軍之軍隊撤回原地，召集軍事善后會議等4項條件，聲明北方如同意此條件，即可撤銷軍務院和取消西南各省獨立，云云。
段祺瑞對孫中山及西南護國軍的要求偏偏不理。又有國會議員孫洪伊、谷鐘秀等，在上海自行召集議員250多人，聯(lián)電致段祺瑞，要求恢復舊約法。
段祺瑞接此電報后，懷著極為矛盾的心情，與幕僚們研究對策，幾天來都拿不出應付的辦法。作為總理，他主張責任內閣制，而袁世凱的新約法的主要內容則為總統(tǒng)制，與他的愿望相背；舊約法的主要內容則是責任內閣制，對他甚是有利。但恢復舊約法，國會也將隨之恢復。老袁非法廢止舊約法，非法解散了國會，國會問題同約法問題，乃是一個問題的兩面。要責任內閣制，就要舊約法和國會，國會之中，國民黨人占多數(shù)，一旦恢復，他想個人軍事獨裁便行不通。
在南北雙方就新舊約法問題之爭陷入僵局時，不料駐滬海軍總司令李鼎新率海軍宣告獨立，聲明如不恢復《臨時約法》，不恢復國會，不新組織責任內閣，海軍就拒不接受北京政府的命令。此時北洋集團內部中，江蘇將軍馮國璋、河南將軍趙倜等也主張恢復舊約法。
段祺瑞面對來自各方面的重大壓力，感到有點難以支持，不得不于6月29日接受南方條件。
于是，黎元洪以大總統(tǒng)的名義，發(fā)布命令說：“共和國體，首重民意，民意所寄，厥惟憲法。憲法之成，專待國會。我中華民國國會自3年1月10日停止以后，時越兩載，迄未召復，以至開國5年，憲法未定，大本不立，庶政無由進行。亟應召集國會，速定憲法，以協(xié)民志而固國本。憲法未定以前，仍遵行中華民國元年3月11日公布之臨時約法，至憲法成立為止?！?br/>
黎元洪還發(fā)布命令，定于8月1日召集國會復會。并下令裁撤參政院、肅政廳、北京軍政執(zhí)法處等機關。
關于約法問題和國會問題，段祺瑞雖然被迫屈服，但是懲辦帝制禍首問題，段又與西南各省爭執(zhí)。
西南方面提出懲辦的帝制禍首有：楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛所謂的“六君子”，和朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮(zhèn)芳、雷震春、袁乃寬所謂的“七兇”，合起來稱為十三太保。事實上，參加帝制活動的豈止“十三太?！?，除了不計其數(shù)的政治流氓稱臣勸進的而外，還有為袁家皇帝搖旗吶喊的各省北洋軍閥在內。西南方面，認為如果牽涉面過廣，可能會影響與北方的和平解決，因而只提出這些人，其余不究，希望北京政府懲辦，以便對全國人民有所交待。所謂的十三太保，不但是護國軍所指出的“內亂重要罪犯”，應當“明正典刑以謝天下”，而且也是通國皆知的洪憲王朝的罪魁禍首，應說是絕對沒有逃避罪行的余地。
但是，段祺瑞等與不少帝制禍首具有血肉相聯(lián)的關系，就替他們說話。北京政府在研究這批禍首名單時，首先袁克定從彰德打來急電，為雷震春、張鎮(zhèn)芳乞情，這兩個人就從名單中剔出；隨后馮國璋為段芝貴乞情，李經羲又力保嚴復和劉師培，說他們是“當代不可多得的人才”，名單上又剔出了這三個人；黎元洪認為李燮和、胡瑛都是老同盟會會員，為了對國民黨表示善意，通緝禍首的名單中不宜羅列與國民黨有關的人物，因此這兩個國民黨變節(jié)分子也可逍遙法外了；袁乃寬因與袁世凱有同族之誼，段也把他的名字剔出了。這樣，“六君子”剩下“兩君子”，“七兇”剩下“三兇”，合起來“十三太?！?，只剩下了“五太?！?。還有人替梁士詒乞情，說他與銀行界具有深切關系，留著他替政府籌款也是好的。但黎元洪大不以為然，他說：“那么，我們不下這道命令倒還好些。”因此梁“財神”仍然榜上有名。
由于禍首的人數(shù)越研究越少，北京政府自己也覺得交代不下，才又補進了并非首要分子的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，于7月14日以大總統(tǒng)名義發(fā)布命令，將這八人“拿交法庭，詳確訊鞫，嚴行懲辦，為后世戒。其余一律寬免”。
北京政府在懲辦令發(fā)表之前，預先示意榜上有名的人趕快離開北京，因此，楊度、孫毓筠、梁士詒等從容不迫地由北京搬到天津，又由天津南下到上海、香港一帶，有的則被張勛召往徐州，禮為上賓。北京法庭自然也就沒有捉到一個禍首。
雖如此，西南護國軍也就滿足了。7月14日，護國軍撫軍長唐繼堯、副軍長岑春煊、政務委員長梁啟超及南方各省諸首領，聯(lián)名通電，撤銷軍務院，取消獨立。至此，南北實現(xiàn)了統(tǒng)一。
北京政府在下令恢復舊約法的那一天，黎元洪任命段祺瑞為國務總理，并發(fā)表：
唐紹儀為外交總長許世英為內務總長
陳錦濤為財政總長段祺瑞為陸軍總長
程璧光為海軍總長張耀曾為司法總長
孫洪伊為教育總長張國淦為農商總長
江大燮為交通總長
唐紹儀未到任前，派陳錦濤代外交總長。7月12日調任孫洪伊為內務總長、范源濂為教育總長、許世英為交通總長，7月31日改派谷鐘秀為農商總長。
8月1日，國會議員們重集北京，召開了國會。湯化龍、陳國祥當選為眾議院正副議長，王家襄、王正廷當選為參議院正副議長。黎元洪向國會宣誓就任總統(tǒng)。
北京政府又發(fā)布命令，各省將軍、巡按使改名為督軍、省長，任命名單如下：
奉天督軍張作霖兼署奉天省長
吉林督軍 孟恩遠省長 郭宗熙
山東督軍 張懷芝省長 孫發(fā)緒
河南督軍 趙 倜省長 田文烈
山西督軍 閻錫山省長 沈銘昌
江蘇督軍 馮國璋省長 齊耀琳
安徽督軍 張 勛省長 倪嗣沖
江西督軍 李 純省長 戚 揚
福建督軍 李厚基省長 胡瑞霖
浙江督軍 呂公望兼署浙江省長
湖北督軍 王占元省長 范守佑
湖南督軍 陳鬯兼署湖南省長
陜西督軍 陳樹藩兼陜西省長
四川督軍 蔡鍔兼四川省長
廣東督軍 陸榮廷省長 朱慶瀾
廣西督軍 陳炳焜省長 羅佩金
云南督軍 唐繼堯省長 任可澄
貴州督軍 劉顯世省長 戴 戡
直隸省長 朱家寶兼署直隸督軍
黑龍江省長 畢桂芳兼黑龍江督軍
甘肅省長 張廣建兼署甘肅督軍
新疆省長 楊增新兼署新疆督軍
又任命龍濟光為兩廣礦務督辦，湯薌銘為廣東查辦使，李烈鈞授以勛二位和陸軍上將銜，著即來京另候任用。
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