當(dāng)南北局勢(shì)變化時(shí)，湖南也顯著地不安。趙恒惕在湖南雖然力求安定，可是外在的局勢(shì)時(shí)刻影響湖南，趙對(duì)譚延闿雖很尊敬，可是譚的部下總是希望逐趙迎譚。
11年5月湖南省議會(huì)改選，親趙派政黨民心社和林支宇派政黨湘社共占109席，親譚派政黨民康社僅占50余席，于是親譚派第六混成旅旅長(zhǎng)陳嘉祐在郴州通電不承認(rèn)這次選舉，有召集舊省議會(huì)在郴州舉行非常會(huì)議的傳言，同時(shí)主張湘軍收復(fù)岳州，譚派軍人宋鶴庚、謝國(guó)光、吳劍學(xué)、蔡巨猶和中立派軍人魯滌平一致表示贊成。
趙恒惕在長(zhǎng)沙召集軍事會(huì)議，請(qǐng)大家就這個(gè)問(wèn)題表示意見(jiàn)，魯滌平竭力主張進(jìn)攻岳州，鄒序彬發(fā)言反對(duì)，鄒本是魯?shù)闹睂俾瞄L(zhǎng)，竟公然和魯唱反調(diào)，魯大感失去威信，乃忿而辭職，宋鶴更、謝國(guó)光、吳劍學(xué)、蔡巨猶等為之抱不平。
趙提出一個(gè)折中的意見(jiàn)，因岳州在直軍手中，如果貿(mào)然進(jìn)攻，怕給直軍借口，乘機(jī)進(jìn)攻湖南世界。包括有機(jī)界和無(wú)機(jī)界。它在時(shí)間和空間上是無(wú)限的，是，這時(shí)直奉戰(zhàn)爭(zhēng)還看不出誰(shuí)勝誰(shuí)敗，更不該輕易樹(shù)敵。所以提議約請(qǐng)川軍同時(shí)出兵，以免湘軍單獨(dú)作戰(zhàn)。趙為了讓魯滌平平氣，所以把鄒序彬調(diào)職。迨川軍復(fù)電愿意和湘軍采取一致行動(dòng)時(shí)，直奉戰(zhàn)爭(zhēng)已經(jīng)結(jié)束，直系已大勝，因此收復(fù)岳州問(wèn)題就孕死腹中了。
湘軍醞釀收復(fù)岳州，如果吳佩孚堅(jiān)決拒絕，就有可能把湖南逼上梁山，一面倒向南方。所以吳向趙提出以湖南贊成統(tǒng)一為交還岳州的條件，不過(guò)直軍退出岳州后湘軍亦不得進(jìn)駐，岳州由警察維持秩序。7月1日趙恒惕通電贊成統(tǒng)一，但仍主張采行聯(lián)邦制，并聲明湖南仍為自治省區(qū)。7月27日岳州直軍撤往河南，吳一再電催湖南取消自治，趙決定提前省長(zhǎng)的選舉以避免北京政府的任命。
當(dāng)北伐軍未改道前，趙發(fā)現(xiàn)有人醞釀?dòng)T回湘奪取政權(quán)，因此他便函譚，請(qǐng)譚回湘主政，自己愿意下臺(tái)。后來(lái)北伐軍改道江西，譚也派人向趙解釋誤會(huì)，表示決不會(huì)回湘。
這時(shí)候，南北局勢(shì)都有利于趙，北伐軍回粵靖難失敗后，滇軍朱培德、贛軍李明揚(yáng)部均開(kāi)入湘境，朱、李等均表示不過(guò)問(wèn)湘事。趙且歡迎李烈鈞到長(zhǎng)沙養(yǎng)病。
11年9月10日，趙以多數(shù)票當(dāng)選湖南省長(zhǎng)。
四川方面在這一個(gè)期間也有很多變化。川軍第一軍軍長(zhǎng)但懋辛屬于熊克武派，第二軍軍長(zhǎng)劉湘（后由第九師師長(zhǎng)楊森升任）自成一派，第三軍軍長(zhǎng)劉成勛是中立派。直奉戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)，湘軍約同川軍出師武漢，四川各軍代表在重慶開(kāi)會(huì)決定請(qǐng)劉湘帶兵進(jìn)攻湖北，熊克武帶兵進(jìn)攻陜西，而以楊森代理總司令，劉成勛代理省長(zhǎng)。只因直奉戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束得很快，所以川軍出師計(jì)劃沒(méi)有實(shí)現(xiàn)，而川軍內(nèi)部這時(shí)卻發(fā)生了內(nèi)訌。
但懋辛的第一軍，和劉成勛的第三軍聯(lián)合劉存厚的舊屬鄧錫侯、田頌堯、賴心輝、劉斌等組織“同盟軍”對(duì)抗實(shí)力強(qiáng)大的第二軍。
劉湘于11年5月24日通電辭去四川總司令兼省長(zhǎng)，把軍民政務(wù)交由王陵基和向楚成代拆代行。
7月初，第一軍但懋辛部隊(duì)和第二軍楊森的部隊(duì)在合州、忠州、墊江、萬(wàn)縣一帶發(fā)生接觸，楊軍兵多械精，但軍不能抵擋，退守梁山，再退綏定，即向成都方面的劉成勛靠攏。7月10日一、三兩軍在成都召開(kāi)軍事會(huì)議，共同推舉劉成勛為四川總司令兼省長(zhǎng)，分派鄧錫侯、賴心輝、田頌堯、劉斌等往攻重慶、瀘州各地。
二軍遭遇一、三兩軍的聯(lián)合對(duì)抗，亦積極部署，推舉在酆都休養(yǎng)的劉湘為靖衛(wèi)軍總司令?？墒沁@時(shí)劉湘卻以調(diào)人姿態(tài)勸告一、二兩軍停戰(zhàn)息爭(zhēng)。二軍接連占領(lǐng)了墊江、大竹等縣，并向一軍軍部的駐在地綏定進(jìn)攻。
7月11日第三軍將領(lǐng)及鄧、田、賴、劉等聯(lián)名通電痛斥楊森，并分兵兩路援助一軍，東路賴心輝（也是劉存厚舊部）為總指揮集中資州，北路鄧錫侯為總指揮集中遂寧。由于二軍主力在忠州、墊江、梁山、大竹一帶與一軍作戰(zhàn)，因此鄧、賴兩軍得以乘虛由資州、內(nèi)江進(jìn)攻滬州，一軍也由綏定乘勢(shì)反攻。16日楊森通電愿意停戰(zhàn)議和，退回重慶，8月7日三軍占領(lǐng)重慶，二軍向川鄂邊境退卻。
一、三兩軍聯(lián)合戰(zhàn)勝了二軍后，楊森所部敗退到利川、建始一帶。楊早就和吳佩孚有聯(lián)系，川戰(zhàn)發(fā)生時(shí)，吳曾令盧金山率北軍第十八師開(kāi)進(jìn)夔州，吳新田率北軍第七師由陜?nèi)氪ㄔ畻睿捎诙姅〉锰?，第七師尚未開(kāi)動(dòng)，而駐防宜昌的長(zhǎng)江上游總司令孫傳芳（這時(shí)孫尚未取得福建地盤(pán)）并不積極奉行吳佩孚的武力援川政策，所以在8月26日一軍占領(lǐng)夔州后，川、鄂兩省維持了一個(gè)短暫的休戰(zhàn)時(shí)候。
劉成勛、但懋辛、鄧錫侯等擊敗楊森后，便組織了一個(gè)省憲會(huì)議籌備會(huì)。
吳佩孚和楊森有密切的關(guān)系，他當(dāng)然不滿意楊森被排逐。當(dāng)楊森兵敗退入川鄂邊境后，吳佩孚曾給以中央軍第十六師師長(zhǎng)名義，助楊收集殘部，養(yǎng)精蓄銳，待機(jī)反攻。
四川內(nèi)部，第一、第三兩軍聯(lián)合劉存厚打敗楊森后，接著又有第三師師長(zhǎng)鄧錫侯、第十師師長(zhǎng)劉斌、第廿一師師長(zhǎng)田頌堯、第廿二師師長(zhǎng)唐廷牧、第一混成旅旅長(zhǎng)劉文輝、川邊鎮(zhèn)守使陳遐齡、第七師師長(zhǎng)陳國(guó)棟、屯植司令胡遠(yuǎn)耀組織八人同盟對(duì)抗第三軍軍長(zhǎng)劉成勛。第七師屬于第三軍，陳國(guó)棟企圖將第三軍直屬第四混成旅何金鰲部并入第七師，因此與何旅在大足發(fā)生了沖突。何旅敗退到樂(lè)圣，劉成勛即將陳國(guó)棟免職而自兼第七師長(zhǎng)。12年2月7日鄧錫侯偽裝調(diào)解第三軍爭(zhēng)端，帶兵離開(kāi)重慶，其目的當(dāng)然不是為了援助陳國(guó)棟，而是想聯(lián)合同盟者掃除一、三兩軍勢(shì)力，首先掃除川西劉成勛和川南賴心輝的勢(shì)力，以達(dá)到取得四川總司令的地位。
在鄧錫侯的策動(dòng)下，第廿一師進(jìn)駐安岳，第廿二師進(jìn)駐犍為，第一混成旅向?yàn)o州前進(jìn)，川北邊防軍總司令賴心輝被迫退往自流井、合江。鄧錫侯還聯(lián)合川北劉存厚和在川鄂邊境的楊森為外援。第三師離開(kāi)重慶后，第一軍第六師余際唐部于2月8日開(kāi)到重慶。此時(shí)第一軍主力在川北潼川一帶，軍長(zhǎng)但懋辛已改稱東防督辦，也于2月13日移駐重慶。
四川的內(nèi)訌，正符合了吳佩孚的愿望，為他奪取四川創(chuàng)造了有利的條件。他積極支持楊森回川，同時(shí)還布置了兩路攻川的計(jì)劃，一路派北軍第七師師長(zhǎng)吳新田由陜南進(jìn)兵川北，一路派北軍第八師師長(zhǎng)王汝勤為援川軍總司令，第十八師師長(zhǎng)盧金山為援川軍副司令，由鄂西進(jìn)兵川東。2月15日楊森部由利川偷渡戴溪襲取萬(wàn)縣，這支部隊(duì)和集中在忠州的第一軍發(fā)生了接觸，19日劉存厚部占領(lǐng)綿州，21日盧金山部占領(lǐng)巫山。
吳佩孚對(duì)北京的政治不太有興趣，可是他認(rèn)為武力統(tǒng)一是重要的，如果各省的武力都削平，中央政權(quán)就不在話下了。他的武力統(tǒng)一野心，幾乎超過(guò)了他的前輩袁世凱和段祺瑞，所以他雖然在北京政治圈中受到了打擊，可是在洛陽(yáng)卻埋首他自認(rèn)是重要的工作——征閩、攻粵、入川、收湘同時(shí)并舉。
吳佩孚在中央政權(quán)上和曹錕是有極大距離的，但在武力統(tǒng)一方面則和曹的意見(jiàn)又是一致了。
川軍第三師師長(zhǎng)鄧錫侯部西進(jìn)后，和陳國(guó)棟部在永川會(huì)師，進(jìn)攻隆昌，與第三軍第七混成旅旅長(zhǎng)藍(lán)世鈺部激戰(zhàn)，劉成勛即下令罷免鄧錫侯的第三師師長(zhǎng)，并責(zé)成賴心輝等回師加以討伐。鄧、陳兩部曾以破竹之勢(shì)占領(lǐng)江津、永川、榮昌、隆昌、銅梁、大足、合川、璧山、內(nèi)江、資州、簡(jiǎn)陽(yáng)。成都大為震動(dòng)，劉成勛被迫派員向鄧講和。2月22日賴心輝部回師攻克簡(jiǎn)陽(yáng)，24日進(jìn)兵解成都之圍，鄧、陳兩部退往新都、廣漢。于是形勢(shì)又為之一變。27日省軍繼續(xù)向北進(jìn)攻，鄧、陳兩部退往田頌堯、劉斌的防區(qū)德陽(yáng)、綿陽(yáng)一帶。這兩個(gè)同盟者開(kāi)始也是偽裝調(diào)解，阻止省軍前進(jìn)，隨后即加入了戰(zhàn)斗，公推鄧錫侯為聯(lián)軍總指揮，與省軍在川北展開(kāi)了拉鋸戰(zhàn)，劉存厚、唐廷牧也都加入了聯(lián)軍。
3月下旬，聯(lián)軍反攻，占領(lǐng)綿陽(yáng)、羅江、德陽(yáng)。劉成勛愿意讓出成都，4月4日聯(lián)軍另一同盟者劉文輝也是偽裝中立，以成都衛(wèi)戌司令名義先行帶兵進(jìn)省，5日聯(lián)軍占領(lǐng)成都。
川東方面，3月8日楊森部占領(lǐng)萬(wàn)縣，與第一軍相持于梁山、忠州一帶。由于第一軍發(fā)生內(nèi)訌，引起重慶大火，聲勢(shì)大為削弱。3月下旬楊森部占領(lǐng)梁山、長(zhǎng)壽，4月6日占領(lǐng)重慶，第一軍向川西退卻。
這次四川內(nèi)戰(zhàn)，開(kāi)始的時(shí)候是以鄧錫侯為首的八人同盟，利用第三軍發(fā)生內(nèi)部糾紛的機(jī)會(huì)，以調(diào)解為名進(jìn)攻成都。戰(zhàn)事發(fā)動(dòng)后，川北方而劉存厚乘虛而入，川東方面楊森聯(lián)合北軍大舉反攻，因此戰(zhàn)爭(zhēng)的規(guī)模愈大，而形勢(shì)也愈為復(fù)雜。劉成勛下臺(tái)后，劉存厚由廣元到了綿陽(yáng)，自稱四川督軍。楊森部一路尾追第一軍先后占領(lǐng)合川、銅梁、永川、瀘州。楊森的目的也是四川督軍。
然而想做督軍寶座的，不只劉成勛、劉存厚和楊森，鄧錫侯又何嘗不想，其他的軍人也一樣想。鄧錫侯看到形勢(shì)對(duì)自己不利，大為失望，因此與退往遂寧、潼南、安岳、簡(jiǎn)陽(yáng)的第一軍相約，互不侵犯，自己立于坐觀成敗，黃鶴樓上看翻船的地位。
這時(shí)，第一軍公推熊克武為靖國(guó)自治軍總司令，向楊森提出條件，只要北軍退出四川，四川內(nèi)部問(wèn)題可以和平解決。這個(gè)條件當(dāng)然不是楊森所肯答應(yīng)的。在這時(shí)期，唐繼堯已在貴州得勢(shì)，唐以大西南主義為旨志，對(duì)四川也不放松，所以唐和熊克武又聯(lián)合起來(lái)，協(xié)助第一軍抵抗楊森，并大舉反攻成都。
12年5月14日，第一軍攻占成都，20日繼續(xù)占領(lǐng)綿陽(yáng)，劉存厚與鄧、田各軍向廣元退卻。從此川軍一、三兩軍聯(lián)合起來(lái)共同抵抗楊森，四川的內(nèi)戰(zhàn)便無(wú)法結(jié)束了。
川湘兩省多事之秋，云南已進(jìn)入穩(wěn)定局面。唐繼堯改任各軍軍長(zhǎng)為鎮(zhèn)守使，廢除軍師制，以團(tuán)為單位直屬總部，共有兵力20團(tuán)。7月27日唐又取消靖國(guó)軍總司令名義，以云南省長(zhǎng)主持一省軍民兩政。貴州也隨云南之后，袁祖銘取消了定黔軍總指揮名義，改稱貴州省長(zhǎng)。
廣西局勢(shì)比較混亂。從貴州撤出的盧燾，在慶遠(yuǎn)和谷正倫會(huì)師后，自稱黔桂討賊聯(lián)軍總司令。廣西境內(nèi)的滇軍共有兩起，一起是由云南繞道責(zé)州進(jìn)入廣西慶遠(yuǎn)，長(zhǎng)安的顧品珍殘部；一起是由廣東北江繞道湖南進(jìn)入桂林的中央直轄滇軍，由朱培德統(tǒng)率。除了黔軍、滇軍而外，桂軍也有三起，一起是以林俊廷為首的“廣西自治軍”，其根據(jù)地在南寧，經(jīng)常在桂北、柳州一帶與滇、黔軍發(fā)生拉鋸戰(zhàn)；一起是劉震寰所統(tǒng)率的中央直轄桂軍，駐防梧州；一起是由江西繞道湖南，驅(qū)逐滇軍，占領(lǐng)桂林的沈鴻英部。
在桂的滇軍兩支有意聯(lián)合起來(lái)回師云南驅(qū)逐唐繼堯，但是因?yàn)楣鸨被靵y不停，而他們內(nèi)部意見(jiàn)也不一致，因此這個(gè)計(jì)劃無(wú)法實(shí)現(xiàn)。
11年9月10日林俊廷迎接陸榮廷回到南寧。北京政府抓著這個(gè)機(jī)會(huì)任命陸榮廷為廣西邊防督辦，沈鴻英為了取得桂林鎮(zhèn)守使，曾企圖把桂軍林俊廷部、陸榮廷部和沈部結(jié)合起來(lái)，同時(shí)外面獲得唐繼堯、袁祖銘的協(xié)助，將廣西境內(nèi)的滇黔軍勢(shì)力完全消滅，然后把廣西完整地投入北京政府勢(shì)力范圍內(nèi)，可是這個(gè)計(jì)劃由于陸榮廷看不起沈鴻英，兩人不能合作而落空。
廣東方面，9月16日陳炯明復(fù)任粵軍總司令。
當(dāng)時(shí)西南六省，除貴州的袁祖銘、廣西的林俊廷和吳佩孚早有勾結(jié)外，廣東的陳炯明也和吳有密約。至于湖南的趙恒惕、云南的唐繼堯、四川的劉湘（后來(lái)的劉成勛）對(duì)于北方恢復(fù)法統(tǒng)，黎元洪復(fù)職事都不反對(duì)。不過(guò)西南還是主張聯(lián)省自治，制定省憲，如果北京政府同意，則西南各省才愿意服從。
四川內(nèi)戰(zhàn)時(shí)，唐繼堯發(fā)動(dòng)進(jìn)侵貴州，在此以前，貴州督軍劉顯世為袁祖銘所逐，不讓劉再握政權(quán)，因此他就到昆明去求助于老同學(xué)、老同事（護(hù)國(guó)時(shí)）唐繼堯，而唐這時(shí)在云南地位也日趨穩(wěn)定，他一向視川、滇、黔為一家，所謂大西南主義。他對(duì)于袁祖銘趕走了劉顯世，極不同情，因此決心援劉復(fù)職，組織了滇黔聯(lián)軍，自任總司令，請(qǐng)劉顯世擔(dān)任副司令，派他的兄弟唐繼虞以“東南巡宣使”名義，率領(lǐng)張汝驥、吳學(xué)顯等部攻占黔境的盤(pán)縣、普安、鎮(zhèn)寧等縣。
袁祖銘在貴陽(yáng)聽(tīng)說(shuō)唐繼堯派了大軍壓境，顯然是唐繼堯用軍隊(duì)支持劉顯世回到貴州，因此一面派兵堵防，一面用電報(bào)質(zhì)問(wèn)劉顯世，為什么要無(wú)故勾引滇軍侵犯貴州？劉回答說(shuō)：滇軍是假道貴州前往廣西，“宣撫”在外的滇軍，并沒(méi)有侵犯貴州的打算，請(qǐng)不必在意。
劉的電報(bào)雖然避重就輕，可是事實(shí)仍是事實(shí)，黔軍王天培、彭漢章等部都和滇軍發(fā)生了戰(zhàn)爭(zhēng)，袁祖銘又電劉顯世質(zhì)問(wèn)滇軍為什么要侵犯貴州？這一次劉顯世沒(méi)有回答，而是由唐繼虞回答，他說(shuō)：
“我軍假道赴桂，適值副帥劉公（指劉顯世）由滇返里，一部黔軍突出拒抗，副帥令本軍就便協(xié)助，不得不敬聽(tīng)指揮。”
袁祖銘知道滇軍的企圖是假道滅虢，是項(xiàng)莊舞劍志在沛公，可是他卻不愿意和滇軍正式?jīng)_突，以避免滇軍大舉入黔，因此乃虛偽地向劉顯世提出條件，請(qǐng)劉負(fù)責(zé)交涉，只要滇軍退出黔境，自己愿意推位相讓。這是一張空頭支票，劉顯世不會(huì)相信，滇軍更不會(huì)答應(yīng)。3月12日滇軍攻入貴陽(yáng)，劉顯世出任貴州省長(zhǎng)，袁祖銘率軍由湘西的鳳凰退入鄂西的施南。
袁祖銘也像楊森一樣，和吳佩孚拉上了關(guān)系，吳叫袁先到四川去與楊森匯合，待機(jī)回黔。
劉顯世雖然重新掌握了貴州政權(quán)，可是唐繼虞卻以滇黔聯(lián)軍前敵總指揮名義駐兵貴陽(yáng)，成為責(zé)州的實(shí)際統(tǒng)治者。
11年5月湖南省議會(huì)改選，親趙派政黨民心社和林支宇派政黨湘社共占109席，親譚派政黨民康社僅占50余席，于是親譚派第六混成旅旅長(zhǎng)陳嘉祐在郴州通電不承認(rèn)這次選舉，有召集舊省議會(huì)在郴州舉行非常會(huì)議的傳言，同時(shí)主張湘軍收復(fù)岳州，譚派軍人宋鶴庚、謝國(guó)光、吳劍學(xué)、蔡巨猶和中立派軍人魯滌平一致表示贊成。
趙恒惕在長(zhǎng)沙召集軍事會(huì)議，請(qǐng)大家就這個(gè)問(wèn)題表示意見(jiàn)，魯滌平竭力主張進(jìn)攻岳州，鄒序彬發(fā)言反對(duì)，鄒本是魯?shù)闹睂俾瞄L(zhǎng)，竟公然和魯唱反調(diào)，魯大感失去威信，乃忿而辭職，宋鶴更、謝國(guó)光、吳劍學(xué)、蔡巨猶等為之抱不平。
趙提出一個(gè)折中的意見(jiàn)，因岳州在直軍手中，如果貿(mào)然進(jìn)攻，怕給直軍借口，乘機(jī)進(jìn)攻湖南世界。包括有機(jī)界和無(wú)機(jī)界。它在時(shí)間和空間上是無(wú)限的，是，這時(shí)直奉戰(zhàn)爭(zhēng)還看不出誰(shuí)勝誰(shuí)敗，更不該輕易樹(shù)敵。所以提議約請(qǐng)川軍同時(shí)出兵，以免湘軍單獨(dú)作戰(zhàn)。趙為了讓魯滌平平氣，所以把鄒序彬調(diào)職。迨川軍復(fù)電愿意和湘軍采取一致行動(dòng)時(shí)，直奉戰(zhàn)爭(zhēng)已經(jīng)結(jié)束，直系已大勝，因此收復(fù)岳州問(wèn)題就孕死腹中了。
湘軍醞釀收復(fù)岳州，如果吳佩孚堅(jiān)決拒絕，就有可能把湖南逼上梁山，一面倒向南方。所以吳向趙提出以湖南贊成統(tǒng)一為交還岳州的條件，不過(guò)直軍退出岳州后湘軍亦不得進(jìn)駐，岳州由警察維持秩序。7月1日趙恒惕通電贊成統(tǒng)一，但仍主張采行聯(lián)邦制，并聲明湖南仍為自治省區(qū)。7月27日岳州直軍撤往河南，吳一再電催湖南取消自治，趙決定提前省長(zhǎng)的選舉以避免北京政府的任命。
當(dāng)北伐軍未改道前，趙發(fā)現(xiàn)有人醞釀?dòng)T回湘奪取政權(quán)，因此他便函譚，請(qǐng)譚回湘主政，自己愿意下臺(tái)。后來(lái)北伐軍改道江西，譚也派人向趙解釋誤會(huì)，表示決不會(huì)回湘。
這時(shí)候，南北局勢(shì)都有利于趙，北伐軍回粵靖難失敗后，滇軍朱培德、贛軍李明揚(yáng)部均開(kāi)入湘境，朱、李等均表示不過(guò)問(wèn)湘事。趙且歡迎李烈鈞到長(zhǎng)沙養(yǎng)病。
11年9月10日，趙以多數(shù)票當(dāng)選湖南省長(zhǎng)。
四川方面在這一個(gè)期間也有很多變化。川軍第一軍軍長(zhǎng)但懋辛屬于熊克武派，第二軍軍長(zhǎng)劉湘（后由第九師師長(zhǎng)楊森升任）自成一派，第三軍軍長(zhǎng)劉成勛是中立派。直奉戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)，湘軍約同川軍出師武漢，四川各軍代表在重慶開(kāi)會(huì)決定請(qǐng)劉湘帶兵進(jìn)攻湖北，熊克武帶兵進(jìn)攻陜西，而以楊森代理總司令，劉成勛代理省長(zhǎng)。只因直奉戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束得很快，所以川軍出師計(jì)劃沒(méi)有實(shí)現(xiàn)，而川軍內(nèi)部這時(shí)卻發(fā)生了內(nèi)訌。
但懋辛的第一軍，和劉成勛的第三軍聯(lián)合劉存厚的舊屬鄧錫侯、田頌堯、賴心輝、劉斌等組織“同盟軍”對(duì)抗實(shí)力強(qiáng)大的第二軍。
劉湘于11年5月24日通電辭去四川總司令兼省長(zhǎng)，把軍民政務(wù)交由王陵基和向楚成代拆代行。
7月初，第一軍但懋辛部隊(duì)和第二軍楊森的部隊(duì)在合州、忠州、墊江、萬(wàn)縣一帶發(fā)生接觸，楊軍兵多械精，但軍不能抵擋，退守梁山，再退綏定，即向成都方面的劉成勛靠攏。7月10日一、三兩軍在成都召開(kāi)軍事會(huì)議，共同推舉劉成勛為四川總司令兼省長(zhǎng)，分派鄧錫侯、賴心輝、田頌堯、劉斌等往攻重慶、瀘州各地。
二軍遭遇一、三兩軍的聯(lián)合對(duì)抗，亦積極部署，推舉在酆都休養(yǎng)的劉湘為靖衛(wèi)軍總司令?？墒沁@時(shí)劉湘卻以調(diào)人姿態(tài)勸告一、二兩軍停戰(zhàn)息爭(zhēng)。二軍接連占領(lǐng)了墊江、大竹等縣，并向一軍軍部的駐在地綏定進(jìn)攻。
7月11日第三軍將領(lǐng)及鄧、田、賴、劉等聯(lián)名通電痛斥楊森，并分兵兩路援助一軍，東路賴心輝（也是劉存厚舊部）為總指揮集中資州，北路鄧錫侯為總指揮集中遂寧。由于二軍主力在忠州、墊江、梁山、大竹一帶與一軍作戰(zhàn)，因此鄧、賴兩軍得以乘虛由資州、內(nèi)江進(jìn)攻滬州，一軍也由綏定乘勢(shì)反攻。16日楊森通電愿意停戰(zhàn)議和，退回重慶，8月7日三軍占領(lǐng)重慶，二軍向川鄂邊境退卻。
一、三兩軍聯(lián)合戰(zhàn)勝了二軍后，楊森所部敗退到利川、建始一帶。楊早就和吳佩孚有聯(lián)系，川戰(zhàn)發(fā)生時(shí)，吳曾令盧金山率北軍第十八師開(kāi)進(jìn)夔州，吳新田率北軍第七師由陜?nèi)氪ㄔ畻睿捎诙姅〉锰?，第七師尚未開(kāi)動(dòng)，而駐防宜昌的長(zhǎng)江上游總司令孫傳芳（這時(shí)孫尚未取得福建地盤(pán)）并不積極奉行吳佩孚的武力援川政策，所以在8月26日一軍占領(lǐng)夔州后，川、鄂兩省維持了一個(gè)短暫的休戰(zhàn)時(shí)候。
劉成勛、但懋辛、鄧錫侯等擊敗楊森后，便組織了一個(gè)省憲會(huì)議籌備會(huì)。
吳佩孚和楊森有密切的關(guān)系，他當(dāng)然不滿意楊森被排逐。當(dāng)楊森兵敗退入川鄂邊境后，吳佩孚曾給以中央軍第十六師師長(zhǎng)名義，助楊收集殘部，養(yǎng)精蓄銳，待機(jī)反攻。
四川內(nèi)部，第一、第三兩軍聯(lián)合劉存厚打敗楊森后，接著又有第三師師長(zhǎng)鄧錫侯、第十師師長(zhǎng)劉斌、第廿一師師長(zhǎng)田頌堯、第廿二師師長(zhǎng)唐廷牧、第一混成旅旅長(zhǎng)劉文輝、川邊鎮(zhèn)守使陳遐齡、第七師師長(zhǎng)陳國(guó)棟、屯植司令胡遠(yuǎn)耀組織八人同盟對(duì)抗第三軍軍長(zhǎng)劉成勛。第七師屬于第三軍，陳國(guó)棟企圖將第三軍直屬第四混成旅何金鰲部并入第七師，因此與何旅在大足發(fā)生了沖突。何旅敗退到樂(lè)圣，劉成勛即將陳國(guó)棟免職而自兼第七師長(zhǎng)。12年2月7日鄧錫侯偽裝調(diào)解第三軍爭(zhēng)端，帶兵離開(kāi)重慶，其目的當(dāng)然不是為了援助陳國(guó)棟，而是想聯(lián)合同盟者掃除一、三兩軍勢(shì)力，首先掃除川西劉成勛和川南賴心輝的勢(shì)力，以達(dá)到取得四川總司令的地位。
在鄧錫侯的策動(dòng)下，第廿一師進(jìn)駐安岳，第廿二師進(jìn)駐犍為，第一混成旅向?yàn)o州前進(jìn)，川北邊防軍總司令賴心輝被迫退往自流井、合江。鄧錫侯還聯(lián)合川北劉存厚和在川鄂邊境的楊森為外援。第三師離開(kāi)重慶后，第一軍第六師余際唐部于2月8日開(kāi)到重慶。此時(shí)第一軍主力在川北潼川一帶，軍長(zhǎng)但懋辛已改稱東防督辦，也于2月13日移駐重慶。
四川的內(nèi)訌，正符合了吳佩孚的愿望，為他奪取四川創(chuàng)造了有利的條件。他積極支持楊森回川，同時(shí)還布置了兩路攻川的計(jì)劃，一路派北軍第七師師長(zhǎng)吳新田由陜南進(jìn)兵川北，一路派北軍第八師師長(zhǎng)王汝勤為援川軍總司令，第十八師師長(zhǎng)盧金山為援川軍副司令，由鄂西進(jìn)兵川東。2月15日楊森部由利川偷渡戴溪襲取萬(wàn)縣，這支部隊(duì)和集中在忠州的第一軍發(fā)生了接觸，19日劉存厚部占領(lǐng)綿州，21日盧金山部占領(lǐng)巫山。
吳佩孚對(duì)北京的政治不太有興趣，可是他認(rèn)為武力統(tǒng)一是重要的，如果各省的武力都削平，中央政權(quán)就不在話下了。他的武力統(tǒng)一野心，幾乎超過(guò)了他的前輩袁世凱和段祺瑞，所以他雖然在北京政治圈中受到了打擊，可是在洛陽(yáng)卻埋首他自認(rèn)是重要的工作——征閩、攻粵、入川、收湘同時(shí)并舉。
吳佩孚在中央政權(quán)上和曹錕是有極大距離的，但在武力統(tǒng)一方面則和曹的意見(jiàn)又是一致了。
川軍第三師師長(zhǎng)鄧錫侯部西進(jìn)后，和陳國(guó)棟部在永川會(huì)師，進(jìn)攻隆昌，與第三軍第七混成旅旅長(zhǎng)藍(lán)世鈺部激戰(zhàn)，劉成勛即下令罷免鄧錫侯的第三師師長(zhǎng)，并責(zé)成賴心輝等回師加以討伐。鄧、陳兩部曾以破竹之勢(shì)占領(lǐng)江津、永川、榮昌、隆昌、銅梁、大足、合川、璧山、內(nèi)江、資州、簡(jiǎn)陽(yáng)。成都大為震動(dòng)，劉成勛被迫派員向鄧講和。2月22日賴心輝部回師攻克簡(jiǎn)陽(yáng)，24日進(jìn)兵解成都之圍，鄧、陳兩部退往新都、廣漢。于是形勢(shì)又為之一變。27日省軍繼續(xù)向北進(jìn)攻，鄧、陳兩部退往田頌堯、劉斌的防區(qū)德陽(yáng)、綿陽(yáng)一帶。這兩個(gè)同盟者開(kāi)始也是偽裝調(diào)解，阻止省軍前進(jìn)，隨后即加入了戰(zhàn)斗，公推鄧錫侯為聯(lián)軍總指揮，與省軍在川北展開(kāi)了拉鋸戰(zhàn)，劉存厚、唐廷牧也都加入了聯(lián)軍。
3月下旬，聯(lián)軍反攻，占領(lǐng)綿陽(yáng)、羅江、德陽(yáng)。劉成勛愿意讓出成都，4月4日聯(lián)軍另一同盟者劉文輝也是偽裝中立，以成都衛(wèi)戌司令名義先行帶兵進(jìn)省，5日聯(lián)軍占領(lǐng)成都。
川東方面，3月8日楊森部占領(lǐng)萬(wàn)縣，與第一軍相持于梁山、忠州一帶。由于第一軍發(fā)生內(nèi)訌，引起重慶大火，聲勢(shì)大為削弱。3月下旬楊森部占領(lǐng)梁山、長(zhǎng)壽，4月6日占領(lǐng)重慶，第一軍向川西退卻。
這次四川內(nèi)戰(zhàn)，開(kāi)始的時(shí)候是以鄧錫侯為首的八人同盟，利用第三軍發(fā)生內(nèi)部糾紛的機(jī)會(huì)，以調(diào)解為名進(jìn)攻成都。戰(zhàn)事發(fā)動(dòng)后，川北方而劉存厚乘虛而入，川東方面楊森聯(lián)合北軍大舉反攻，因此戰(zhàn)爭(zhēng)的規(guī)模愈大，而形勢(shì)也愈為復(fù)雜。劉成勛下臺(tái)后，劉存厚由廣元到了綿陽(yáng)，自稱四川督軍。楊森部一路尾追第一軍先后占領(lǐng)合川、銅梁、永川、瀘州。楊森的目的也是四川督軍。
然而想做督軍寶座的，不只劉成勛、劉存厚和楊森，鄧錫侯又何嘗不想，其他的軍人也一樣想。鄧錫侯看到形勢(shì)對(duì)自己不利，大為失望，因此與退往遂寧、潼南、安岳、簡(jiǎn)陽(yáng)的第一軍相約，互不侵犯，自己立于坐觀成敗，黃鶴樓上看翻船的地位。
這時(shí)，第一軍公推熊克武為靖國(guó)自治軍總司令，向楊森提出條件，只要北軍退出四川，四川內(nèi)部問(wèn)題可以和平解決。這個(gè)條件當(dāng)然不是楊森所肯答應(yīng)的。在這時(shí)期，唐繼堯已在貴州得勢(shì)，唐以大西南主義為旨志，對(duì)四川也不放松，所以唐和熊克武又聯(lián)合起來(lái)，協(xié)助第一軍抵抗楊森，并大舉反攻成都。
12年5月14日，第一軍攻占成都，20日繼續(xù)占領(lǐng)綿陽(yáng)，劉存厚與鄧、田各軍向廣元退卻。從此川軍一、三兩軍聯(lián)合起來(lái)共同抵抗楊森，四川的內(nèi)戰(zhàn)便無(wú)法結(jié)束了。
川湘兩省多事之秋，云南已進(jìn)入穩(wěn)定局面。唐繼堯改任各軍軍長(zhǎng)為鎮(zhèn)守使，廢除軍師制，以團(tuán)為單位直屬總部，共有兵力20團(tuán)。7月27日唐又取消靖國(guó)軍總司令名義，以云南省長(zhǎng)主持一省軍民兩政。貴州也隨云南之后，袁祖銘取消了定黔軍總指揮名義，改稱貴州省長(zhǎng)。
廣西局勢(shì)比較混亂。從貴州撤出的盧燾，在慶遠(yuǎn)和谷正倫會(huì)師后，自稱黔桂討賊聯(lián)軍總司令。廣西境內(nèi)的滇軍共有兩起，一起是由云南繞道責(zé)州進(jìn)入廣西慶遠(yuǎn)，長(zhǎng)安的顧品珍殘部；一起是由廣東北江繞道湖南進(jìn)入桂林的中央直轄滇軍，由朱培德統(tǒng)率。除了黔軍、滇軍而外，桂軍也有三起，一起是以林俊廷為首的“廣西自治軍”，其根據(jù)地在南寧，經(jīng)常在桂北、柳州一帶與滇、黔軍發(fā)生拉鋸戰(zhàn)；一起是劉震寰所統(tǒng)率的中央直轄桂軍，駐防梧州；一起是由江西繞道湖南，驅(qū)逐滇軍，占領(lǐng)桂林的沈鴻英部。
在桂的滇軍兩支有意聯(lián)合起來(lái)回師云南驅(qū)逐唐繼堯，但是因?yàn)楣鸨被靵y不停，而他們內(nèi)部意見(jiàn)也不一致，因此這個(gè)計(jì)劃無(wú)法實(shí)現(xiàn)。
11年9月10日林俊廷迎接陸榮廷回到南寧。北京政府抓著這個(gè)機(jī)會(huì)任命陸榮廷為廣西邊防督辦，沈鴻英為了取得桂林鎮(zhèn)守使，曾企圖把桂軍林俊廷部、陸榮廷部和沈部結(jié)合起來(lái)，同時(shí)外面獲得唐繼堯、袁祖銘的協(xié)助，將廣西境內(nèi)的滇黔軍勢(shì)力完全消滅，然后把廣西完整地投入北京政府勢(shì)力范圍內(nèi)，可是這個(gè)計(jì)劃由于陸榮廷看不起沈鴻英，兩人不能合作而落空。
廣東方面，9月16日陳炯明復(fù)任粵軍總司令。
當(dāng)時(shí)西南六省，除貴州的袁祖銘、廣西的林俊廷和吳佩孚早有勾結(jié)外，廣東的陳炯明也和吳有密約。至于湖南的趙恒惕、云南的唐繼堯、四川的劉湘（后來(lái)的劉成勛）對(duì)于北方恢復(fù)法統(tǒng)，黎元洪復(fù)職事都不反對(duì)。不過(guò)西南還是主張聯(lián)省自治，制定省憲，如果北京政府同意，則西南各省才愿意服從。
四川內(nèi)戰(zhàn)時(shí)，唐繼堯發(fā)動(dòng)進(jìn)侵貴州，在此以前，貴州督軍劉顯世為袁祖銘所逐，不讓劉再握政權(quán)，因此他就到昆明去求助于老同學(xué)、老同事（護(hù)國(guó)時(shí)）唐繼堯，而唐這時(shí)在云南地位也日趨穩(wěn)定，他一向視川、滇、黔為一家，所謂大西南主義。他對(duì)于袁祖銘趕走了劉顯世，極不同情，因此決心援劉復(fù)職，組織了滇黔聯(lián)軍，自任總司令，請(qǐng)劉顯世擔(dān)任副司令，派他的兄弟唐繼虞以“東南巡宣使”名義，率領(lǐng)張汝驥、吳學(xué)顯等部攻占黔境的盤(pán)縣、普安、鎮(zhèn)寧等縣。
袁祖銘在貴陽(yáng)聽(tīng)說(shuō)唐繼堯派了大軍壓境，顯然是唐繼堯用軍隊(duì)支持劉顯世回到貴州，因此一面派兵堵防，一面用電報(bào)質(zhì)問(wèn)劉顯世，為什么要無(wú)故勾引滇軍侵犯貴州？劉回答說(shuō)：滇軍是假道貴州前往廣西，“宣撫”在外的滇軍，并沒(méi)有侵犯貴州的打算，請(qǐng)不必在意。
劉的電報(bào)雖然避重就輕，可是事實(shí)仍是事實(shí)，黔軍王天培、彭漢章等部都和滇軍發(fā)生了戰(zhàn)爭(zhēng)，袁祖銘又電劉顯世質(zhì)問(wèn)滇軍為什么要侵犯貴州？這一次劉顯世沒(méi)有回答，而是由唐繼虞回答，他說(shuō)：
“我軍假道赴桂，適值副帥劉公（指劉顯世）由滇返里，一部黔軍突出拒抗，副帥令本軍就便協(xié)助，不得不敬聽(tīng)指揮。”
袁祖銘知道滇軍的企圖是假道滅虢，是項(xiàng)莊舞劍志在沛公，可是他卻不愿意和滇軍正式?jīng)_突，以避免滇軍大舉入黔，因此乃虛偽地向劉顯世提出條件，請(qǐng)劉負(fù)責(zé)交涉，只要滇軍退出黔境，自己愿意推位相讓。這是一張空頭支票，劉顯世不會(huì)相信，滇軍更不會(huì)答應(yīng)。3月12日滇軍攻入貴陽(yáng)，劉顯世出任貴州省長(zhǎng)，袁祖銘率軍由湘西的鳳凰退入鄂西的施南。
袁祖銘也像楊森一樣，和吳佩孚拉上了關(guān)系，吳叫袁先到四川去與楊森匯合，待機(jī)回黔。
劉顯世雖然重新掌握了貴州政權(quán)，可是唐繼虞卻以滇黔聯(lián)軍前敵總指揮名義駐兵貴陽(yáng)，成為責(zé)州的實(shí)際統(tǒng)治者。
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