陳九疇，字禹學(xué)，曹州人。風(fēng)流倜儻，多有權(quán)謀韜略。自從作為諸生，就練習(xí)武事。弘治十五年(1502)考中進(jìn)士。授官刑部主事。有重罪囚徒越獄，無人敢捉，陳九疇手執(zhí)長(zhǎng)矛追趕并抓到犯人，于是以武健出名。

　　正德初年，他審查囚犯記錄于南畿，忤逆劉瑾，被貶為陽(yáng)山知縣。劉瑾敗落，陳九疇恢復(fù)舊職，歷任郎中，調(diào)遷肅州兵備使?？偠脚頋蓻Q定賄賂吐魯番方面，他派遣哈密都督寫亦虎仙前往實(shí)行。陳九疇激動(dòng)地說：“彭公受天子之命，節(jié)制邊疆，不能身當(dāng)利害，為何這般沒有原則??！”于是操練隊(duì)伍士兵，修繕營(yíng)壘，經(jīng)常如臨大敵。寫亦虎仙果然暗通敵賊。番酋速檀滿速兒侵犯嘉谷關(guān)，游擊芮寧敗死。不久吐魯番方面又派遣斬巴思等人用駱駝馬匹求和，但暗中派人給寫亦虎仙和他的同黨阿刺思罕兒、失拜煙答等人送信，讓他們作為內(nèi)應(yīng)。陳九疇知道亂賊的計(jì)謀，抓住阿刺思罕兒和斬巴思送進(jìn)監(jiān)獄。命通事毛鑒等人看守他們。毛鑒等人過去與他們有聯(lián)系，想放他們離去，眾番都伺隙謀變。陳九疇發(fā)現(xiàn)了這些情況，殺了毛鑒等人。敵賊失去內(nèi)應(yīng)，于是拔帳逃走。兵部尚書王瓊厭惡彭澤，并且追究陳九疇的失事罪，逮捕拘囚于法司監(jiān)獄。以失拜煙答死于獄中為罪名，在官籍中除去了他的名字。

　　世宗即位后，以原職起用陳九疇。不久升為陜西按察使。過了數(shù)月，甘肅總兵官李隆慫恿部下毆打殺死巡撫許銘，并焚燒他的尸體。于是升陳九疇為右僉都御史，巡撫甘肅，按驗(yàn)許銘之事，誅李隆和亂兵生事的頭頭。陳九疇抵達(dá)甘肅鎮(zhèn)，說額定軍兵七萬多人，現(xiàn)在有的不到一半，并且多是老弱之人，請(qǐng)求允許下令招募?；实巯略t批準(zhǔn)。

　　嘉靖三年(1524)，速檀滿速兒又用二萬多騎兵圍攻肅州。陳九疇從甘州晝夜奔馳入城，射擊敵賊，敵賊死傷甚多。之后，又出兵追擊。攻掠甘州的部分?jǐn)迟\，也被總兵官姜..打敗。根據(jù)戰(zhàn)功，陳九疇升職為副都御史，并賜給他金幣。陳九疇向皇帝上奏說“：番賊敢入犯我邊境，是因?yàn)槲覀兪占{他們的朝貢，任其商販，使得他們熟悉我們的虛實(shí)。寫亦虎仙的逆謀已經(jīng)暴露，但他賄賂權(quán)貴，反而能蒙寵幸，以犯邊之寇，為來貢賓客。邊臣因利害方面的恐懼，拱手聽命，致使內(nèi)屬與番人勾連接應(yīng)，以至于今?，F(xiàn)在即使不能像漢武帝那樣興大宛之師，也應(yīng)當(dāng)效法光武帝那樣隔絕西域的計(jì)謀。先后入貢沒有歸去的人有兩百多，應(yīng)該將他們安置到兩粵，對(duì)其中有謀逆跡象的或加刑或殺戮，那么敵賊就沒有內(nèi)應(yīng)作為依靠，必然不再有侵略襲擊。倘若再包含隱忍，恐怕河西十五個(gè)衛(wèi)所，將永遠(yuǎn)沒有安寧的日子?！弊嗍孪逻_(dá)之后，總督楊一清頗采納他的建議。四年春天，退職歸鄉(xiāng)。

　　開始，吐魯番失敗逃遁，都指揮王輔說速檀滿速兒和牙木蘭都被炮打死，陳九疇以此上報(bào)。后來他們二人上表請(qǐng)求進(jìn)貢。皇帝感到奇怪并且懷疑他們。而番人先在京師散布流言蜚語(yǔ)，說肅州的圍困，是由陳九疇激發(fā)的，皇帝更加相信。正巧百戶王邦奇揭發(fā)楊廷和、彭澤的短處，言詞牽連到陳九疇。吏部尚書桂萼等人想利用陳九疇來排擠彭澤，因而請(qǐng)?jiān)试S通貢，從而追究整治陳九疇激發(fā)變亂之事。大學(xué)士楊一清說事情在前已有決定。皇帝不聽，逮捕陳九疇下詔獄。刑部尚書胡世寧在朝廷上說“：世寧掌管刑法而殺忠臣，寧可殺世寧?！庇谑巧鲜铻殛惥女狓Q冤說：“番人詐變，妄圖傳遞誹謗怨言，想加害我方的謀臣。他們畜謀內(nèi)寇，為日已久。一旦擁兵深入，諸番約定為內(nèi)應(yīng)，不是陳九疇先機(jī)奮身而起，并且近派屬下夷民退卻他們的營(yíng)帳，遠(yuǎn)交瓦刺擾亂他們的巢窟，使他們內(nèi)顧而返，那么肅州這座孤城怎么又能保得住呢？臣認(rèn)為文臣里面的有勇知兵忘身殉國(guó)的人，無人能比得上陳九疇，無怪番人很懼怕而想殺他呢。只是他聽信部下兵卒的妄報(bào)，以為滿速兒已死，那么他才有其不免之罪?！敝?，法司陳述案件也像胡世寧所說的一樣?；实劢K于還是聽信桂萼等人的話，將陳九疇貶戍于遠(yuǎn)邊。在那里生活了十年，陳九疇才遇赦返回內(nèi)地。