崔仲方字不齊。從小喜愛(ài)讀書(shū)，有文才武略。十五歲時(shí)，周文帝見(jiàn)到他以后很驚訝，就讓他和皇家子弟一起讀書(shū)，隋文帝也在其中。仲方因此和隋文帝從小就交情深厚。后來(lái)，仲方以明經(jīng)當(dāng)了晉公宇文護(hù)的參軍，轉(zhuǎn)為記室，升司玉大夫，和斛斯征、柳敏等一起撰修有關(guān)禮儀和音律的書(shū)籍。后來(lái)又以軍功被任為平東將軍、銀青光祿大夫，封爵為石城縣男。當(dāng)時(shí)周武帝已暗暗準(zhǔn)備滅齊，崔仲方向他進(jìn)獻(xiàn)了二十條計(jì)策，武帝大為驚奇。他又和少內(nèi)史趙芬確定標(biāo)準(zhǔn)。不久又跟從武帝攻下了晉州，武帝又讓仲方說(shuō)降了翼城等四座城池，被任命為儀同，晉爵范陽(yáng)縣侯。后又任行軍長(zhǎng)史，跟隨郯國(guó)公王軌在呂梁俘虜了陳將吳明徹，采用仲方計(jì)策最多。

　　周宣帝即位，被任為少內(nèi)史。宣帝死，隋文帝任丞相，他和崔仲方見(jiàn)面后，高興地緊緊握手，崔仲方也忠心相隨。當(dāng)晚他便向隋文帝進(jìn)獻(xiàn)適宜采用的十八條計(jì)策，隋文帝十分贊許并采納。他又勸隋文帝順應(yīng)天意受命為帝，隋文帝也聽(tīng)從了。到受禪時(shí)，隋文帝召崔仲方和高赹一起商議改朝時(shí)間及所用的車馬祭牲的顏色。仲方說(shuō)：“在五行里，晉朝為金，后魏為水，周為木，皇帝應(yīng)以火來(lái)繼承木德，況且圣上誕生時(shí)，有紅光的吉兆。因此所用的車輛、馬匹、旗幟，祭祀用的牲畜，都應(yīng)采用紅色。”他又勸隋文帝設(shè)置六部官制，依照漢、魏的舊制。隋文帝都采納了。他被晉位為上開(kāi)府，任司農(nóng)少卿，晉爵為固安郡公。令他帶三萬(wàn)民工到朔方、靈武修筑長(zhǎng)城，東至黃河，西到綏州，南到勃出嶺，綿延七百里。第二年，又命令仲方領(lǐng)民工十萬(wàn)，在朔方郡的東部，沿邊境一帶的險(xiǎn)要地方，修筑幾十座城堡，以制止胡人入侵。

　　不久，遭父喪而離職。守喪期未滿，起用為虢州刺史。他上書(shū)朝廷提出取陳朝的策略：

　　“臣詳加考查，晉朝太康元年(280)，正是庚子年，晉武帝平定吳國(guó)。至今是開(kāi)皇六年(586)，丙午年，合計(jì)過(guò)了三百零七年。《春秋寶乾圖》上說(shuō)“：帝王有三百年一免之法?！比缃袢倌甑钠谙蘅烧f(shuō)已到了。陳氏竊據(jù)帝位，起于丙子年(556)，今年是丙午年，子午相沖，正是陰陽(yáng)學(xué)中的大忌之年。過(guò)去史趙曾說(shuō)過(guò)：‘陳姓，出于顓頊帝族，水德，所以當(dāng)歲星在鶉火位時(shí)就要滅亡了。’又說(shuō)‘：周武王滅商，封胡公滿于陳?！紧斦压拍辏悋?guó)有災(zāi)禍，裨灶說(shuō)：‘再過(guò)五年歲星到了鶉火，然后陳國(guó)就滅亡了，楚國(guó)將滅了它?！耸亲Ｈ诘暮蟠?，當(dāng)過(guò)火正，所以又滅了陳。陳是舜的后裔，而舜又是顓頊的傳人，太歲左行時(shí)，歲星向右轉(zhuǎn)，到達(dá)鶉火的那一年，陳族將又滅亡。戊午這一年，也就是陳氏國(guó)運(yùn)終結(jié)的時(shí)候了。古語(yǔ)和古事雖然和現(xiàn)在不同，但考察其中的規(guī)律，卻又沒(méi)有差別。今我皇朝以五運(yùn)相承應(yīng)感為火德，國(guó)號(hào)又稱隋，古代隋國(guó)和楚國(guó)是同分野，楚是火正。午配鶉火，未是鶉首，申配實(shí)沈，酉配大梁，正當(dāng)周、秦、晉、趙的分野，如果在這個(gè)時(shí)候發(fā)兵，將是得到好年頭的條件。以古代的故事來(lái)比照今天，陳朝的滅亡是無(wú)疑的。我以為午、未、申、酉同是術(shù)數(shù)中的極點(diǎn)。向來(lái)人們說(shuō)，天時(shí)不如地利，地利不如人和。況且皇上圣明，臣下賢良，兵強(qiáng)國(guó)富。陳朝在上的國(guó)君昏庸，在下的民眾怨恨，論險(xiǎn)沒(méi)有百二河山的堅(jiān)固，論兵眾又比不上當(dāng)年的九國(guó)之師，獨(dú)處一隅的蠻夷之眾，怎能擋得住奉天命進(jìn)行的討伐！

　　“我知道朝廷自有宏偉的謀略，而我不過(guò)是草野村民的見(jiàn)解，但還是想像螢火蟲(chóng)那樣發(fā)一點(diǎn)微光?，F(xiàn)在必須在武昌以下的蘄、和、滁、方、吳、海等各州，安排精兵，秘密準(zhǔn)備渡河，益州、信州、襄陽(yáng)、荊州、基州、郢州等地，加速建造船只，大造聲勢(shì)，制作水戰(zhàn)的各種用具。蜀、漢兩條江，是長(zhǎng)江上游，水路要塞，歷來(lái)是兵家必爭(zhēng)之地。賊人雖然在流頭、荊門、延洲、公安、巴陵、隱磯、夏首、蘄口、盆城設(shè)置船隊(duì)，但最終要聚集到漢口和峽口，以水上作戰(zhàn)一決勝負(fù)。如果賊人考慮上游有軍隊(duì)，命令精兵前去支援的話，我們?cè)谙掠蔚乃袑㈩I(lǐng)，立即應(yīng)選擇合適的地點(diǎn)橫渡南下。如果敵人聚集大兵自衛(wèi)，上游的水軍就應(yīng)一鼓作氣向前進(jìn)攻。這樣，敵方雖自恃有九江五湖的天險(xiǎn)，但沒(méi)有德行便缺乏穩(wěn)固的基礎(chǔ)；徒有三吳和百越之地的兵馬，但沒(méi)有恩義便難以自立。”

　　隋文帝看后，非常高興。他改任崔仲方為基州刺史，征召入朝。由于崔仲方奏上平陳的方略，深得皇帝嘉許，賜給他皇袍褲和綾羅綢緞五百段，晉位為開(kāi)府。當(dāng)隋朝大舉出兵攻陳時(shí)，任命崔仲方為行軍總管，和秦王相會(huì)合。平陳后，他因事而被免職。不久，又恢復(fù)職位。

　　幾年以后，被任命為會(huì)州總管。當(dāng)時(shí)，北方各部羌人還沒(méi)有歸順朝廷，皇帝傳旨命令崔仲方出征，他和敵人打了三十多仗，紫祖、四鄰、望方、涉題、干碉、小鐵圍山、白男、弱水等赭都的各部敵人均被征服。他被賞賜給奴婢一百二十人，黃金三十斤。晉升為代州總管，后來(lái)又被征召入朝。

　　正值隋文帝去世，漢王的余黨占據(jù)呂州，朝廷屢攻不下。隋煬帝派周羅目侯去攻打，卻被流箭射中身亡。當(dāng)派崔仲方帶領(lǐng)這支軍隊(duì)時(shí)，攻克了呂州，晉封他為大將軍。又歷官戶部、禮部尚書(shū)，因事而獲罪，免職。不久又被任命為國(guó)子祭酒，改為太常卿。朝廷因他已年老力衰，讓他出任上郡太守。因母親去世而離職服喪。一年多后又起用為信都太守。后來(lái)他年老請(qǐng)求退休，朝廷予以優(yōu)待，準(zhǔn)許他的請(qǐng)求，后死在家里。他兒子名燾，官定陶令。他的叔叔宣度，任齊王府司馬、恒農(nóng)太守。宣度的弟弟宣軌，頗有才學(xué)，任尚書(shū)考功郎中，宣軌和弟弟宣質(zhì)、宣靜、宣略都很早就去世。