芽胞桿菌·第五卷 芽胞桿菌基因組學

目錄
**章基因組測序技術的發(fā)展及其應用 1
**節(jié)基因組測序技術的發(fā)展 1
一、基因組測序技術發(fā)展歷程中的關鍵事件 1
二、早期的生物大分子測序技術 4
三、**代自動化 DNA測序技術 10
四、第二代高通量 DNA測序技術 15
五、第三代納米孔單分子 DNA測序技術 30
第二節(jié)基因組測序技術的應用與基因組研究計劃 35
一、概述 35
二、人類基因組相關的研究計劃與精準醫(yī)學 36
三、動物基因組研究計劃 41
四、植物基因組研究計劃 44
五、地球生物基因組計劃 45
第二章主要生物類群的基因組研究進展 47
**節(jié)基因組研究的兩個發(fā)展時期 47
一、基因組測序的緩慢發(fā)展期 47
二、基因組測序的井噴式發(fā)展期 48
第二節(jié)動物界基因組研究進展 49
一、動物界的分類概況與基因組大小 49
二、原生動物門的基因組測序 49
三、中生動物門的基因組測序 51
四、多孔動物門的基因組測序 52
五、扁盤動物門的基因組測序 52
六、刺胞動物門的基因組測序 52
七、櫛水母動物門的基因組測序 54
八、扁形動物門的基因組測序 54
九、紐形動物門的基因組測序 56
十、輪蟲動物門的基因組測序 56
十一、腹毛動物門的基因組測序 56
十二、線蟲動物門的基因組測序 57
十三、鰓曳動物門的基因組測序 59
十四、內(nèi)肛動物門的基因組測序 59
十五、環(huán)節(jié)動物門的基因組測序 60
十六、緩步動物門的基因組測序 60
十七、有爪動物門的基因組測序 61
十八、節(jié)肢動物門的基因組測序 61
十九、軟體動物門的基因組測序 69
二十、腕足動物門的基因組測序 71
二十一、帚蟲動物門的基因組測序 71
二十二、棘皮動物門的基因組測序 71
二十三、半索動物門的基因組測序 72
二十四、脊索動物門的基因組測序 73
第三節(jié)植物界基因組測序進展 92
一、種子植物門的分類概況 92
二、裸子植物亞門的基因組測序 97
三、雙子葉植物綱或木蘭綱的基因組測序 97
四、單子葉植物綱或百合綱的基因組測序 106
五、其他植物的基因組測序 109
第四節(jié)微生物基因組的研究進展 111
一、微生物基因組測序進展 111
二、細菌基因組結(jié)構特點 114
三、微生物的全基因組測序計劃 120
四、微生物組計劃 122
第三章芽胞桿菌基因組測序進展 133
**節(jié)芽胞桿菌基因組測序的基礎信息 133
第二節(jié)芽胞桿菌目各分類階元的基因組測序進展 299
一、科水平的基因組測序情況 299
二、屬水平的基因組測序情況 303
三、蠟樣芽胞桿菌群的基因組測序情況 305
四、枯草芽胞桿菌群的基因組測序情況 307
五、種水平的基因組測序情況 308
第三節(jié)參與芽胞桿菌基因組測序的國家和機構 313
一、參與芽胞桿菌基因組測序的國家 313
二、參與芽胞桿菌基因組測序的機構 315
三、進行了大量基因組重測序的機構 316
四、特別關注某些特定種類基因組的機構 317
第四節(jié)芽胞桿菌基因組測序在年份上的進展 317
第五節(jié)芽胞桿菌基因組的拼接組裝水平統(tǒng)計 318
第四章芽胞桿菌基因組分類學與系統(tǒng)發(fā)育分析 320
**節(jié)細菌傳統(tǒng)分類學與基因組分類學 320
一、細菌分類學 320
二、芽胞桿菌的多相分類學 321
三、基因組分類學 324
第二節(jié)芽胞桿菌基因組分類學研究 327
一、基于基因組分類指標的芽胞桿菌新種鑒定 327
二、基于全基因組的芽胞桿菌種類的重分類研究 331
第三節(jié)基于全基因組直系同源基因的芽胞桿菌系統(tǒng)發(fā)育分析 334
一、基于全基因組直系同源基因的芽胞桿菌科系統(tǒng)發(fā)育分析 334
二、基于全基因組直系同源基因的脂環(huán)酸芽胞桿菌科系統(tǒng)發(fā)育分析 363
三、基于全基因組直系同源基因的類芽胞桿菌科系統(tǒng)發(fā)育分析 366
四、基于全基因組直系同源基因的顯核菌科/動球菌科系統(tǒng)發(fā)育分析 376
五、基于全基因組直系同源基因的嗜熱放線菌科系統(tǒng)發(fā)育分析 385
六、基于全基因組直系同源基因的芽胞桿菌目系統(tǒng)發(fā)育分析 386
七、討論 393
第五章芽胞桿菌基因組描述 397
**節(jié)芽胞桿菌科基因組描述 397
一、芽胞桿菌屬 397
二、好氧芽胞桿菌屬 621
三、堿芽胞桿菌屬 622
四、堿球菌屬 623
五、交替芽胞桿菌屬 625
六、兼性芽胞桿菌屬 628
七、居鹽水芽胞桿菌屬 630
八、熱堿芽胞桿菌屬 631
九、熱芽胞桿菌屬 632
十、居熱土菌屬 634
十一、房間芽胞桿菌屬 635
十二、假芽胞桿菌屬 645
十三、虛構芽胞桿菌屬 647
十四、地芽胞桿菌屬 655
十五、纖細芽胞桿菌屬 670
十六、喜鹽堿芽胞桿菌屬 681
十七、喜鹽芽胞桿菌屬 682
十八、鹽乳桿菌屬 695
十九、解氫芽胞桿菌屬 699
二十、慢生芽胞桿菌屬 700
二十一、海洋芽胞桿菌屬 707
二十二、海洋球菌屬 708
二十三、高鈉芽胞桿菌屬 712
二十四、大洋芽胞桿菌屬 713
二十五、鳥氨酸芽胞桿菌屬 735
二十六、副地芽胞桿菌屬 739
二十七、海境芽胞桿菌屬 744
二十八、少鹽芽胞桿菌屬 748
二十九、海洋桿菌屬 751
三十、魚芽胞桿菌屬 752
三十一、海芽胞桿菌屬 754
三十二、假纖細芽胞桿菌屬 760
三十三、類似芽胞桿菌屬 762
三十四、紅發(fā)嬰兒菌屬 763
三十五、鹽小桿菌屬 764
三十六、鹽微菌屬 766
三十七、鹽漬芽胞桿菌屬 772
三十八、鹽沼芽胞桿菌屬 774
三十九、居鹽桿菌屬 779
四十、鹽沉積物小桿菌屬 781
四十一、居鹽土芽胞桿菌屬 783
四十二、棲鹽水芽胞桿菌屬 785
四十三、沉積物芽胞桿菌屬 787
四十四、鏈喜鹽芽胞桿菌屬 791
四十五、細纖芽胞桿菌屬 792
四十六、微溫芽胞桿菌屬 793
四十七、土地芽胞桿菌屬 795
四十八、深海芽胞桿菌屬 800
四十九、枝芽胞桿菌屬 802
五十、火山芽胞桿菌屬 823
第二節(jié)脂環(huán)酸芽胞桿菌科基因組描述 824
一、脂環(huán)酸芽胞桿菌屬 824
二、多變芽胞桿菌屬 842
三、科魯比蒂斯氏菌屬 845
四、硫化芽胞桿菌屬 847
五、膨脹芽胞桿菌屬 851
第三節(jié)類芽胞桿菌科基因組描述 855
一、嗜氨菌屬 855
二、解硫胺素芽胞桿菌屬 857
三、短芽胞桿菌屬 864
四、科恩氏菌屬 882
五、溪苔芽胞桿菌屬 889
六、大猩猩小桿菌屬 891
七、類芽胞桿菌屬 894
八、糖芽胞桿菌屬 1042
九、嗜熱芽胞桿菌屬 1044
第四節(jié)巴斯德氏柄菌科基因組描述 1046
巴斯德氏柄菌屬 1046
第五節(jié)動球菌科基因組描述 1047
一、哈格瓦氏菌屬 1047
二、金黃微菌屬 1051
三、咸海鮮芽胞桿菌屬 1052
四、庫特氏菌屬 1059
五、賴氨酸芽胞桿菌屬 1066
六、類芽胞束菌屬 1096
七、動球菌屬 1099
八、動微菌屬 1116
九、嗜冷芽胞桿菌屬 1121
十、魯梅爾芽胞桿菌屬 1124
十一、土壤芽胞桿菌屬 1127
十二、芽胞束菌屬 1131
十三、尿素芽胞桿菌屬 1139
十四、綠芽胞桿菌屬 1140
第六節(jié)芽胞乳桿菌科基因組描述 1143
一、垃圾芽胞桿菌屬 1143
二、中華球菌屬 1144
三、芽胞乳桿菌屬 1145
四、腫塊芽胞桿菌屬 1153
第七節(jié)嗜熱放線菌科基因組描述 1154
一、芽胞鏈菌屬 1154
二、克羅彭施泰特氏菌屬 1155
三、萊西氏菌屬 1158
四、徐麗華菌屬 1160
五、海洋絲菌屬 1162
六、邁勒吉爾霉菌屬 1164
七、新建芽胞桿菌屬 1167
八、濕地絲菌屬 1168
九、平螺紋絲菌屬 1169
十、李城彬菌屬 1172
十一、制野氏菌屬 1173
十二、島津氏菌屬 1174
十三、嗜熱放線菌屬 1176
十四、嗜熱黃微菌屬 1178
第八節(jié)未定科芽胞桿菌基因組描述 1181
一、酸芽胞桿菌屬 1181
二、脫硫芽胞桿菌屬 1183
參考文獻 1186
附錄芽胞桿菌系統(tǒng)分類綱要 1367
**節(jié)概述 1367
一、已知的細菌和古菌門 1367
二、厚壁菌門 1367
三、芽胞桿菌綱 1368
四、芽胞桿菌目 1368
第二節(jié)脂環(huán)酸芽胞桿菌科分類綱要 1369
一、脂環(huán)酸芽胞桿菌屬（Alicyclobacillus Wisotzkey et al. 1992，gen. nov.） 1369
二、多變芽胞桿菌屬（Effusibacillus Watanabe et al. 2014，gen. nov.） 1371
三、科魯比蒂斯氏菌屬（Kyrpidia Klenk et al. 2011，gen. nov.） 1371
四、硫化芽胞桿菌屬（ Sulfobacillus Golovacheva and Karavaiko 1991，gen. nov.） 1371
五、膨脹芽胞桿菌屬（Tumebacillus Steven et al. 2008，gen. nov.） 1372
第三節(jié)芽胞桿菌科分類綱要 1372
一、好氧芽胞桿菌屬（ Aeribacillus Mi.ana-Galbis et al. 2010，gen. nov.） 1372
二、艾丁芽胞桿菌屬（Aidingibacillus Wang et al. 2018，gen. nov.） 1373
三、異芽胞桿菌屬（Aliibacillus Xu et al. 2018，gen. nov.） 1373
四、堿芽胞桿菌屬（Alkalibacillus Jeon et al. 2005，gen. nov.） 1373
五、堿球菌屬（Alkalicoccus Zhao et al. 2017，gen. nov.） 1373
六、別樣芽胞桿菌屬（Allobacillus Sheu et al. 2011，gen. nov.） 1374
七、交替芽胞桿菌屬（Alteribacillus Didari et al. 2012，gen. nov.） 1374
八、兼