化學(xué)信息學(xué)

第1章 概述1
1.1什么是化學(xué)信息學(xué)1
1.2化學(xué)信息學(xué)的誕生背景1
1.3信息科學(xué)在化學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用2
1.4化學(xué)信息采集接口2
1.5化學(xué)信息的結(jié)構(gòu)和特點(diǎn)3
1.6化學(xué)信息的工作方式4
1.7化學(xué)信息學(xué)的應(yīng)用4
1.7.1化合物結(jié)構(gòu)繪制4
1.7.2化學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)與開(kāi)發(fā)4
1.7.3化學(xué)反應(yīng)體系模擬5
1.7.4計(jì)算機(jī)輔助波譜解析5
1.7.5化合物結(jié)構(gòu)與活性關(guān)系預(yù)測(cè)5
1.7.6實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng)5
1.8展望5

第2章 化學(xué)信息來(lái)源7
2.1辭典7
2.2手冊(cè)7
2.3化學(xué)期刊9
2.3.1綜合類(lèi)期刊10
2.3.2有機(jī)化學(xué)期刊10
2.3.3分析化學(xué)期刊11
2.3.4無(wú)機(jī)化學(xué)期刊12
2.3.5物理化學(xué)期刊12
2.4圖書(shū)館資源13
2.4.1生命科學(xué)圖書(shū)館13
2.4.2中國(guó)科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所圖書(shū)館13
2.4.3中國(guó)科學(xué)院國(guó)家科學(xué)圖書(shū)館14
2.4.4國(guó)家科技圖書(shū)文獻(xiàn)中心16
2.4.5清華大學(xué)圖書(shū)館17
2.4.6中國(guó)國(guó)家圖書(shū)館18
2.4.7哈佛大學(xué)圖書(shū)館19
2.4.8斯坦福大學(xué)圖書(shū)館19
2.5化學(xué)化工資源信息平臺(tái)20
2.5.1化學(xué)信息網(wǎng)20
2.5.2Computer Aided Chemistry Tutorial21
2.5.3Wilton High School Chemistry22
擴(kuò)展閱讀：信息22

第3章 信息搜索引擎23
3.1概述23
3.1.1搜索引擎的原理23
3.1.2搜索引擎的歷史及發(fā)展趨勢(shì)24
3.2搜索引擎的定義及分類(lèi)27
3.2.1全文搜索引擎27
3.2.2目錄索引類(lèi)搜索引擎27
3.2.3元搜索引擎27
3.2.4垂直搜索引擎28
3.3搜索引擎查詢方法28
3.3.1模糊查詢28
3.3.2精確查詢29
3.3.3邏輯查詢29
3.3.4查詢范圍限制29
3.4常用的全文搜索引擎30
3.4.1百度30
3.4.2Google中國(guó)31
3.4.3維基百科31
3.5常用的學(xué)術(shù)搜索引擎33
3.5.1BASE33
3.5.2SciTech Connect34
3.5.3CiteSeerX35
3.6常用的元搜索引擎35
3.6.1Dogpile35
3.6.2Excite36
3.6.3Ixquick36
3.6.4Mamma37
3.6.5Metacrawler38
3.6.6ProFusion38
3.6.7Savvysearch39
3.7專(zhuān)業(yè)搜索引擎39
3.7.1專(zhuān)業(yè)搜索引擎的優(yōu)勢(shì)39
3.7.2著名的專(zhuān)業(yè)搜索引擎39
擴(kuò)展閱讀：百度搜索技巧41

第4章 文獻(xiàn)檢索概述42
4.1文獻(xiàn)檢索的意義42
4.1.1文獻(xiàn)的定義42
4.1.2信息檢索的含義42
4.1.3文獻(xiàn)檢索的意義42
4.2文獻(xiàn)檢索的基礎(chǔ)知識(shí)42
4.2.1邏輯運(yùn)算符42
4.2.2通配符43
4.2.3位置算符43
4.2.4主要檢索字段44
4.2.5文獻(xiàn)資源分類(lèi)45
4.2.6主要文獻(xiàn)類(lèi)型45
4.3文獻(xiàn)檢索基本流程46
4.4文獻(xiàn)檢索途徑及案例47
4.4.1研究類(lèi)文獻(xiàn)檢索47
4.4.2數(shù)據(jù)事實(shí)檢索50

第5章 中文學(xué)術(shù)論文資源數(shù)據(jù)庫(kù)65
5.1中國(guó)知網(wǎng)65
5.1.1中國(guó)知網(wǎng)概況65
5.1.2中國(guó)學(xué)術(shù)期刊(網(wǎng)絡(luò)版)65
5.1.3中國(guó)學(xué)術(shù)輯刊全文數(shù)據(jù)庫(kù)65
5.1.4中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)67
5.1.5中國(guó)優(yōu)秀碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)71
5.1.6中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)71
5.1.7CNKI國(guó)家科技成果數(shù)據(jù)庫(kù)72
5.2萬(wàn)方數(shù)據(jù)知識(shí)服務(wù)平臺(tái)73
5.2.1萬(wàn)方數(shù)據(jù)知識(shí)服務(wù)平臺(tái)概況73
5.2.2中國(guó)學(xué)術(shù)期刊數(shù)據(jù)庫(kù)74
5.2.3中國(guó)學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)74
5.2.4中國(guó)學(xué)術(shù)會(huì)議文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)75
5.2.5中文科技報(bào)告數(shù)據(jù)庫(kù)76
5.3維普網(wǎng)77
5.3.1維普期刊資源整合服務(wù)平臺(tái)概況77
5.3.2中文科技期刊數(shù)據(jù)庫(kù)77
5.3.3中國(guó)科學(xué)指標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)79

第6章 外文學(xué)術(shù)論文資源數(shù)據(jù)庫(kù)81
6.1Web of Science81
6.1.1Web of Science概況81
6.1.2Web of Science Core Collection83
6.1.3Derwent Innovations Index91
6.1.4INSPEC93
6.1.5Chinese Science Citation Database93
6.1.6Journal Citation Reports94
6.2美國(guó)《化學(xué)文摘》94
6.2.1美國(guó)化學(xué)文摘概況94
6.2.2美國(guó)《化學(xué)文摘》(網(wǎng)絡(luò)版)95
6.2.3SciFinder檢索方式及檢索結(jié)果95
6.3《工程索引》104
6.3.1Engineering Village概況104
6.3.2Ei Compendex檢索方式及檢索結(jié)果105
6.4ScienceDirect109
6.4.1ScienceDirect數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介109
6.4.2ScienceDirect檢索方式及結(jié)果109
6.5Wiley Online Library113
6.5.1Wiley Online Library 數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介113
6.5.2Wiley Online Library檢索方式及檢索結(jié)果114
6.6SpringerLink118
6.6.1SpringerLink數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介118
6.6.2SpringerLink檢索方式及檢索結(jié)果118
6.7其他外文文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)120
6.7.1Online Computer Library Center120
6.7.2ProQuest 平臺(tái)121

第7章 專(zhuān)利文獻(xiàn)與技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)123
7.1專(zhuān)利文獻(xiàn)123
7.1.1專(zhuān)利概述123
7.1.2美國(guó)專(zhuān)利文獻(xiàn)概述125
7.1.3中國(guó)專(zhuān)利文獻(xiàn)概述128
7.1.4中國(guó)專(zhuān)利全文數(shù)據(jù)庫(kù)129
7.1.5萬(wàn)方中外專(zhuān)利數(shù)據(jù)庫(kù)129
7.1.6SIPO中國(guó)及多國(guó)專(zhuān)利查詢系統(tǒng)130
7.2技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)132
7.2.1技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)概述132
7.2.2國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)化組織(ISO)簡(jiǎn)介132
7.2.3ISO9000族標(biāo)準(zhǔn)及ISO14000族標(biāo)準(zhǔn)簡(jiǎn)介132
7.2.4中國(guó)標(biāo)準(zhǔn)的分類(lèi)133
7.2.5國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)全文數(shù)據(jù)庫(kù)134
7.2.6中國(guó)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)全文數(shù)據(jù)庫(kù)134
7.2.7中外標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)135

第8章 化學(xué)信息數(shù)據(jù)庫(kù)資源136
8.1數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介136
8.1.1數(shù)據(jù)136
8.1.2數(shù)據(jù)庫(kù)136
8.1.3數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)136
8.1.4數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)(database system)137
8.2數(shù)據(jù)庫(kù)歷史及分類(lèi)137
8.2.1數(shù)據(jù)庫(kù)歷史137
8.2.2數(shù)據(jù)庫(kù)的模型分類(lèi)139
8.3三類(lèi)化學(xué)信息數(shù)據(jù)庫(kù)139
8.3.1文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)139
8.3.2事實(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)140
8.3.3結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)140
8.4Internet上的化學(xué)化工數(shù)據(jù)庫(kù)140
8.4.1Spectral Database for Organic Compounds140
8.4.2NIST Chemistry WebBook141
8.4.3NIST Atomic Spectra Database142
8.4.4Reaxys數(shù)據(jù)庫(kù)143
8.4.5劍橋晶體數(shù)據(jù)庫(kù)144

第9章 化學(xué)軟件147
9.1概述147
9.2化學(xué)軟件的分類(lèi)148
9.3語(yǔ)言軟件和依托算法的化學(xué)計(jì)算軟件149
9.3.1MATLAB149
9.3.2R語(yǔ)言161
9.4繪圖軟件170
9.4.1ChemBioOffice170
9.4.2ACD/ChemSketch5.0171
9.4.3Symyx Draw173
9.5化學(xué)分析儀器數(shù)據(jù)處理軟件174
9.5.1GRAMS174
9.5.2MestReNova177
9.5.3Origin178
9.6分子模擬軟件179
9.6.1分子對(duì)接軟件AutoDock179
9.6.2量子化學(xué)計(jì)算軟件——Gaussian程序180
9.6.3分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件182

第10章 信息處理與數(shù)據(jù)挖掘185
10.1概述185
10.2數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化186
10.3特征提取與優(yōu)化186
10.3.1主成分分析186
10.3.2偏最小二乘法189
10.3.3逐步回歸分析189
10.3.4遺傳算法191
10.4信號(hào)處理方法192
10.4.1協(xié)方差與相關(guān)系數(shù)193
10.4.2自、互相關(guān)分析193
10.4.3功率譜密度194
10.4.4傅里葉變換194
10.4.5小波變換195
10.5機(jī)器學(xué)習(xí)方法198
10.5.1K最近鄰法198
10.5.2概率神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)198
10.5.3分類(lèi)回歸樹(shù)199
10.5.4助推法200
10.5.5人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)201
10.5.6支持向量機(jī)204
10.6數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘技術(shù)206
10.6.1聚類(lèi)算法206
10.6.2決策樹(shù)算法207
10.7Web數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)207
10.7.1Web內(nèi)容挖掘207
10.7.2Web結(jié)構(gòu)挖掘207
10.7.3Web日志挖掘208
擴(kuò)展閱讀：化學(xué)計(jì)量學(xué)208

第11章 QSAR及藥物設(shè)計(jì)209
11.1概述209
11.2QSAR模型的分類(lèi)210
11.2.1二維定量構(gòu)效關(guān)系(2DQSAR)210
11.2.2三維定量構(gòu)效關(guān)系(3DQSAR)212
11.2.3多維定量構(gòu)效關(guān)系214
11.2.4方法評(píng)價(jià)215
11.3定量構(gòu)效關(guān)系研究中常用的回歸分析法216
11.3.1多元線性回歸216
11.3.2主成分回歸217
11.3.3偏最小二乘回歸217
11.3.4投影尋蹤回歸218
11.3.5非線性方法219
11.4藥物設(shè)計(jì)219
11.4.1類(lèi)藥性220
11.4.2脂水分布系數(shù)lgP220
11.4.3腦血分配系數(shù)220
11.4.4腸穿透性221
11.4.5水溶性221
11.4.6毒性221
11.5精準(zhǔn)醫(yī)療221
11.6高通量篩選222
11.7QSAR方法的應(yīng)用示例222
擴(kuò)展閱讀：定量構(gòu)效關(guān)系226

第12章 生物信息學(xué)227
12.1什么是生物信息學(xué)227
12.2生物信息學(xué)的發(fā)展歷程228
12.3生物信息學(xué)的研究?jī)?nèi)容230
12.3.1生物信息挖掘230
12.3.2藥物設(shè)計(jì)231
12.3.3基因組學(xué)231
12.3.4蛋白質(zhì)組學(xué)232
12.3.5代謝組學(xué)234
12.4生物信息學(xué)的研究方法235
12.4.1數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)方法235
12.4.2動(dòng)態(tài)規(guī)劃方法235
12.4.3模式識(shí)別技術(shù)235
12.4.4數(shù)據(jù)庫(kù)技術(shù)235
12.4.5分子模型化技術(shù)235
12.4.6分子力學(xué)和量子力學(xué)計(jì)算236
12.4.7分子動(dòng)力學(xué)模擬236
12.5生物信息學(xué)的應(yīng)用236
12.6生物信息學(xué)的研究趨勢(shì)及未來(lái)挑戰(zhàn)237
12.7蛋白質(zhì)功能研究238
12.8蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介239
12.8.1綜合性蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)240
12.8.2專(zhuān)用性蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)241
12.9蛋白質(zhì)序列的特征提取方法242
12.9.1基于氨基酸組成和位置的特征提取方法243
12.9.2基于氨基酸物理化學(xué)特性的特征提取方法244
12.9.3基于數(shù)據(jù)庫(kù)信息挖掘的特征提取方法245
12.10蛋白質(zhì)相互作用247
12.11蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)252
12.11.1蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)252
12.11.2氨基酸殘基網(wǎng)絡(luò)254
擴(kuò)展閱讀：高通量基因表達(dá)檢測(cè)技術(shù)255

參考文獻(xiàn)256